TkA04G156350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G156350

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 40460036-40467293 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2943 bp · TkA04G156350|TK1151|cDNA

GGAAGTCAACAGTGGAATTGCGCAGTGTTCCACCAATTAAAACGCAGAGCACACCTTCTCTTTCTATATATACGTACATATGCTTATATCTATATCTTAATCTTCTCTCTCTAAAACTGTCTCCAAAATAATTCAACCAATGTCCCCTGCATAATACTTCGAAAGTTCACGTCTTCTTTCGCATGGTCACATATGGATTTGACTATGTTAGTCGTCTTATCGCAAATTTGAATGAGTCAGAACTTAGATCGGCGAAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2241 bp · TkA04G156350|TK1151|CDS

ATGGAACAGAAGCACGTTTTGTTGTCGGCGTTGAGCGTTGGTGTAGGTGTAGGTGTTGGTGTAGGGTTTGGAGTAAACAAATGGAGTAGCGGTGGTTCGGAAGAAAGCGTCACGGCAGCGCAAATTGAACAGGAGCTTCTCCGGCTTATCGTCGACGGTAGAGATGACAAGGTCACGTTTACGGAATTCCCTTATTACATCAGTGAAAGAACACGAGCATTATTAACAAGTGCAGCATATGTTCATTTGAAAGACTTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

746 aa · TkA04G156350|TK1151|PROTEIN

MEQKHVLLSALSVGVGVGVGVGFGVNKWSSGGSEESVTAAQIEQELLRLIVDGRDDKVTFTEFPYYISERTRALLTSAAYVHLKDLDVSKHTRNLSPASRAILLSGPAEFYHQHLAKALAHEFEAKLLVLDIIDFSVKMQSKYGTSKKDSPIKWSISDMGFDRVSSLLGSFSTTKEDNGASKKVVGMYPFDERVFLQELYKVLVSFSKKTGIILYIKDVEKFLQSKQTYKLFDKMLKRLSGSTLILASKISDAYNEKNEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G156350`
TK1151 ID	TkA04G156350
OH-1004 ID	LXL04_035197
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.917 / OH-1004 60.807 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G156350`
位置	Chr04:40460036-40467293 (-)
描述	Similar to MSP1: Protein MSP1 (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035197` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程 GO:0001578 microtubule bundle formation 生物过程 GO:0002092 positive regulation of receptor internalization 生物过程 GO:0006626 protein targeting to mitochondrion 生物过程 GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程 GO:0010458 exit from mitosis 生物过程 GO:0031117 positive regulation of microtubule depolymerization 生物过程 GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程 GO:0032506 cytokinetic process 生物过程 GO:0034214 protein hexamerization 生物过程 GO:0045047 protein targeting to ER 生物过程
KEGG 基因交叉引用	mmu:67979 rno:309532 sce:YGR028W xla:446560 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.373

排名 1 · TkA04G156350 · TK1151

过氧化物酶体0.287

排名 2 · TkA04G156350 · TK1151

细胞质0.187

排名 3 · TkA04G156350 · TK1151

细胞核0.112

排名 4 · TkA04G156350 · TK1151

内质网0.095

排名 5 · TkA04G156350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05729NACHT48-86 aa

PF05496RuvB_N98-127 aa

PF06068TIP4998-126 aa

PF01057Parvo_NS1101-123 aa

PF00004AAA115-239 aa

PF20030bpMoxR165-201 aa

PF14532Sigma54_activ_2208-229 aa

PF02492cobW211-257 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G156350	`PF05729`	NACHT	48	86	0.028	15.0
TkA04G156350	`PF05496`	RuvB_N	98	127	4.2e-06	27.3
TkA04G156350	`PF06068`	TIP49	98	126	0.0004	20.4
TkA04G156350	`PF01057`	Parvo_NS1	101	123	0.00074	19.3
TkA04G156350	`PF00004`	AAA	115	239	7.6e-41	140.3
TkA04G156350	`PF20030`	bpMoxR	165	201	0.07	12.9
TkA04G156350	`PF14532`	Sigma54_activ_2	208	229	0.0075	17.3
TkA04G156350	`PF02492`	cobW	211	257	0.1	12.9
TkA04G156350	`PF00308`	Bac_DnaA	213	240	0.031	15.2
TkA04G156350	`PF06745`	ATPase	229	253	0.2	11.7
TkA04G156350	`PF24933`	DUF7751	312	372	7.8e-31	107.0
TkA04G156350	`PF13481`	AAA_25	468	496	0.0089	16.4
TkA04G156350	`PF06745`	ATPase	469	496	0.2	11.7
TkA04G156350	`PF20720`	nSTAND3	475	509	0.0022	18.4
TkA04G156350	`PF02367`	TsaE	475	505	0.064	13.9
TkA04G156350	`PF12775`	AAA_7	476	515	0.023	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情