TkA04G153310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G153310

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 39628753-39632093 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1990 bp · TkA04G153310|TK1151|cDNA

AAGGGCAGTCGAAGTTTAGCAAGCAACTCAACATTTGGGACAAATTAAGAACAAAAATTAGTAGTAAACTTGTATTGATACGATAACGTGGACATATTTGTTTGGATAGAGTATTAGCAGTCAAATCAGTTGGTTCGATTCTTTCAACGAATGATGTTTGGATTGAAAGGCCCATCCGGGTTCTCAAGGTTCTCAACGGCTGAGGAAGTTACCCAAGGGATCGATGGATCGGGTCTCACTGCCATTGTCACAGGTATGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · TkA04G153310|TK1151|CDS

ATGTCTTTTCGCAAGCCATGCATAGAAGACTTACCTCAAGCTATCATGGCCGATATACTCTCAAGACTTCCTTTGAAGATGATCATCCGTTGCAAGGGTGTATGCAAGCAGTTGCAGAATATAGTTTTTGACTCTTACTTCGCTGATCTTCAACTCTCGAGATCACGTGTACGCTTCACGATTCATTATAACTCTAAAATATTGAAGTGGGTGGCGATTGAAGACGAACTCGGTCACCACAATCTACACCTCGACCCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · TkA04G153310|TK1151|PROTEIN

MSFRKPCIEDLPQAIMADILSRLPLKMIIRCKGVCKQLQNIVFDSYFADLQLSRSRVRFTIHYNSKILKWVAIEDELGHHNLHLDPVMSLKFKLAPIIQLVGSVNGLVCMWQVNKTTDNTYICNPITREYMILPLPSQQYNREGLATTVAYCFGVGLLTPAYKVIRILQKDMIREGSTPTYRVSDAEVYTLGTGQWRSLSDHVPYSFRENRGVFLNGHAHWTIYHDKICAFDFDNETFELIPSPPSQRRRVYRQKLGVLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G153310`
TK1151 ID	TkA04G153310
OH-1004 ID	LXL04_035224
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	82.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 59.332 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G153310

位置 Chr04:39628753-39632093 (+)

描述 Similar to TIC32: Short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07870`	F-box 蛋白 At3g07870。	暂无已核实直接文献
`At1g53550`	推测的 F-box 蛋白 At1g53550。	暂无已核实直接文献
`At1g55070`	假定的 F-box 蛋白 At1g55070。	暂无已核实直接文献
`At1g70960`	推测的 F-box 蛋白 At1g70960。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035224 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030178 negative regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0071560 cellular response to transforming growth factor beta stimulus 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G23430

bna:106397857

gga:415801

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.575

排名 1 · TkA04G153310 · TK1151

细胞核0.374

排名 2 · TkA04G153310 · TK1151

细胞膜0.157

排名 3 · TkA04G153310 · TK1151

内质网0.077

排名 4 · TkA04G153310 · TK1151

溶酶体／液泡0.047

排名 5 · TkA04G153310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like8-46 aa

PF00646F-box8-46 aa

PF29466F-box_COS1118-54 aa

PF08268FBA_381-292 aa

PF29466F-box_COS11196-118 aa

PF07734FBA_198-334 aa

PF03478Beta-prop_KIB1-498-266 aa

PF24750b-prop_At3g26010-like100-288 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G153310	`PF12937`	F-box-like	8	46	9.7e-07	29.2
TkA04G153310	`PF00646`	F-box	8	46	1.8e-05	25.1
TkA04G153310	`PF29466`	F-box_COS111	8	54	0.1	13.9
TkA04G153310	`PF08268`	FBA_3	81	292	3.2e-21	76.4
TkA04G153310	`PF29466`	F-box_COS111	96	118	0.1	13.9
TkA04G153310	`PF07734`	FBA_1	98	334	5.3e-20	72.4
TkA04G153310	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	98	266	0.0013	19.0
TkA04G153310	`PF24750`	b-prop_At3g26010-like	100	288	4.6e-12	46.4
TkA04G153310	`PF31067`	Endolysin_A	172	193	0.17	12.4
TkA04G153310	`PF01344`	Kelch_1	182	201	0.1	12.9
TkA04G153310	`PF00646`	F-box	195	203	1.8e-05	25.1
TkA04G153310	`PF14908`	HU-CCDC81_euk_1	196	239	0.29	11.9
TkA04G153310	`PF01344`	Kelch_1	225	245	0.1	12.9
TkA04G153310	`PF31067`	Endolysin_A	274	291	0.17	12.4
TkA04G153310	`PF31067`	Endolysin_A	326	352	0.17	12.4
TkA04G153310	`PF00646`	F-box	331	345	1.8e-05	25.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFC7`	拟南芥	sp\|Q9SFC7\|FB135_ARATH F-box protein At3g07870	29.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LPH0`	拟南芥	sp\|Q9LPH0\|FB57_ARATH Putative F-box protein At1g53550	26.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C725`	拟南芥	sp\|Q9C725\|FB61_ARATH Putative F-box protein At1g55070	24.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q3ECE2`	拟南芥	sp\|Q3ECE2\|FB85_ARATH Putative F-box protein At1g70960	23.100%	Swiss-Prot	低置信

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