TkA04G152430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G152430

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 39397908-39402476 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3186 bp · TkA04G152430|TK1151|cDNA

TTTCTATCAGAATATGTTGATCATGGTGATCAGACCCATGAATGTGATATTTGTCATGCAAAGTTATGGAAAAATGAAGCGTTAAGAGGAAAAAGAGATGGAAAGAAAACTTCATATTCAATGTGTTGTTCTTATGGCAAAGTTCAGCTTCCTGAACTAAAAGAAGCACCCATAGATTACCAACATCTGTTTAGTTCTAATGACGCCAAAAGCAAATGTTTCTTGAAAAATATACGTCGCTTCAATTCTATTAAAGGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

3186 bp · TkA04G152430|TK1151|CDS

TTTCTATCAGAATATGTTGATCATGGTGATCAGACCCATGAATGTGATATTTGTCATGCAAAGTTATGGAAAAATGAAGCGTTAAGAGGAAAAAGAGATGGAAAGAAAACTTCATATTCAATGTGTTGTTCTTATGGCAAAGTTCAGCTTCCTGAACTAAAAGAAGCACCCATAGATTACCAACATCTGTTTAGTTCTAATGACGCCAAAAGCAAATGTTTCTTGAAAAATATACGTCGCTTCAATTCTATTAAAGGATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1061 aa · TkA04G152430|TK1151|PROTEIN

FLSEYVDHGDQTHECDICHAKLWKNEALRGKRDGKKTSYSMCCSYGKVQLPELKEAPIDYQHLFSSNDAKSKCFLKNIRRFNSIKGSEASSSTSKSLDVEIINFLKVMFDSTNELVKIYRMARDCFDENTEINLKIRLIGRRQQDGRTFNLPTTSEVAALIVGDINKDIENRDILITTKSGSIQRGEDGYRVDIPHRGVTPLTKSTRPNCTMREFFAYRFQDRNKGYSLILNARRLYQCESFETLNNIRKSGNNNVSNVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G152430`
TK1151 ID	TkA04G152430
OH-1004 ID	LXL04_005692
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	62.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.998 / OH-1004 73.640 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G152430`
位置	Chr04:39397908-39402476 (-)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase pif1 (Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005692` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0051276 chromosome organization 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0031981 nuclear lumen 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bba:Bd3546 cje:Cj0945c rno:367645 tbr:Tb11.01.6420 xla:734585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.912

排名 1 · TkA04G152430 · TK1151

细胞质0.147

排名 2 · TkA04G152430 · TK1151

线粒体0.035

排名 3 · TkA04G152430 · TK1151

细胞膜0.013

排名 4 · TkA04G152430 · TK1151

细胞外0.011

排名 5 · TkA04G152430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30188PF3D7_1446700_N93-144 aa

PF14214Helitron_like_N216-288 aa

PF30188PF3D7_1446700_N242-267 aa

PF14214Helitron_like_N287-313 aa

PF05970PIF1581-798 aa

PF25199nSTAND_NTPase5581-634 aa

PF13604AAA_30591-703 aa

PF13191AAA_16591-630 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G152430	`PF30188`	PF3D7_1446700_N	93	144	0.027	15.1
TkA04G152430	`PF14214`	Helitron_like_N	216	288	1.9e-08	35.5
TkA04G152430	`PF30188`	PF3D7_1446700_N	242	267	0.027	15.1
TkA04G152430	`PF14214`	Helitron_like_N	287	313	1.9e-08	35.5
TkA04G152430	`PF05970`	PIF1	581	798	4.8e-92	308.3
TkA04G152430	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	581	634	0.079	13.5
TkA04G152430	`PF13604`	AAA_30	591	703	2.7e-06	28.0
TkA04G152430	`PF13191`	AAA_16	591	630	0.013	16.8
TkA04G152430	`PF10923`	BrxC_BrxD	591	638	0.12	12.1
TkA04G152430	`PF13245`	AAA_19	598	702	0.05	14.5
TkA04G152430	`PF13481`	AAA_25	600	646	0.12	12.7
TkA04G152430	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	671	703	0.079	13.5
TkA04G152430	`PF21530`	Pif1_2B_dom	900	944	9.2e-19	67.6
TkA04G152430	`PF02689`	Herpes_Helicase	990	1036	7.4e-05	21.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情