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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G147720
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 38265551-38266339 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

756 bp · TkA04G147720|TK1151|cDNA

ATGAAAAACTTCTCATCTGATCAAAACCACCCAAACCCACCACCAGATGATTCCGATCAACAGAACAGGTCGACACCGACGAAGTCTGAGTGGGACTTCCGCGTCTCCGCTGTGGTTTCATCCTCCGTTACCGGCGGACACATCTCGGACACTCTCGGCGTCGTAGAGGTTGACTCCTCCGGAAACCTCTTCGCTACCGGCGGTATTGCTAGGAAGATCCGAGTTTATAGCTTAAATTCCTTGCTATCATCAGAGTATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA04G147720|TK1151|CDS

ATGAAAAACTTCTCATCTGATCAAAACCACCCAAACCCACCACCAGATGATTCCGATCAACAGAACAGGTCGACACCGACGAAGTCTGAGTGGGACTTCCGCGTCTCCGCTGTGGTTTCATCCTCCGTTACCGGCGGACACATCTCGGACACTCTCGGCGTCGTAGAGGTTGACTCCTCCGGAAACCTCTTCGCTACCGGCGGTATTGCTAGGAAGATCCGAGTTTATAGCTTAAATTCCTTGCTATCATCAGAGTATTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

251 aa · TkA04G147720|TK1151|PROTEIN

MKNFSSDQNHPNPPPDDSDQQNRSTPTKSEWDFRVSAVVSSSVTGGHISDTLGVVEVDSSGNLFATGGIARKIRVYSLNSLLSSEYCICTPAKLSSLKWKPGSAGRIMGSADYDGVVTEYDLETKMPVYERDEHNGRRVWSMDYSHWDPVVGASGADDGTMQMWDPRHDSEKCVAKVALGSPVCCVEFSPFGGALVAVGCADRKAYVYDVRKIVDPIAVFDGHGRTVSYTRFLDDHTVVTSGTDGCLKMWT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G147720
TK1151 IDTkA04G147720
OH-1004 IDLXL04_035273
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)95.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.602 / OH-1004 71.117
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G147720
位置Chr04:38265551-38266339 (+)
描述Similar to RUP2: WD repeat-containing protein RUP2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g52250 与 RUP2 共同发挥功能，作为 UVR8 和 HY5 介导的 UV-B 诱导光形态建成的抑制因子，可能与 DHU1 协同作用。
Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107
EFO1 and EFO2, encoding putative WD-domain proteins, have overlapping and distinct roles in the regulation of vegetative development and flowering of Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq336
DHU1 negatively regulates UV-B signaling via its direct interaction with COP1 and RUP1.2017 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.07.110
At5g23730 与 RUP1 共同作用，作为 UVR8 和 HY5 介导的 UV-B 诱导的光形态发生的抑制因子。
Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107
EFO1 and EFO2, encoding putative WD-domain proteins, have overlapping and distinct roles in the regulation of vegetative development and flowering of Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq336
At3g15354 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
At2g32950 E3 泛素蛋白连接酶，作为光形态发生的阻遏物和黑暗中黄化的激活剂。
Two interacting bZIP proteins are direct targets of COP1-mediated control of light-dependent gene expression in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1101/gad.969702
Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184
PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515
Role of a COP1 interactive protein in mediating light-regulated gene expression in arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.7.1083
At1g53090 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035273 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程
GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G32950
ath:AT3G15354
ath:AT5G23730
ath:AT5G52250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879
排名 1 · TkA04G147720 · TK1151
细胞质0.207
排名 2 · TkA04G147720 · TK1151
细胞膜0.026
排名 3 · TkA04G147720 · TK1151
线粒体0.017
排名 4 · TkA04G147720 · TK1151
溶酶体／液泡0.017
排名 5 · TkA04G147720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173Beta-prop_WDR3_1st31-175 aa
PF24814WD40_Prp1931-111 aa
PF00400WD4046-77 aa
PF25174Beta-prop_THOC346-82 aa
PF23414Beta-prop_EML_247-151 aa
PF24814WD40_Prp1949-250 aa
PF24817WD40_WDHD1_1st50-142 aa
PF25175Beta-prop_WDR552-189 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G147720PF25173Beta-prop_WDR3_1st311752.3e-1454.2
TkA04G147720PF24814WD40_Prp19311114.5e-1349.6
TkA04G147720PF00400WD4046778.9e-1658.3
TkA04G147720PF25174Beta-prop_THOC346821.3e-1351.3
TkA04G147720PF23414Beta-prop_EML_2471515e-1349.7
TkA04G147720PF24814WD40_Prp19492504.5e-1349.6
TkA04G147720PF24817WD40_WDHD1_1st501421.6e-0834.8
TkA04G147720PF25175Beta-prop_WDR5521891.2e-1868.2
TkA04G147720PF24807WD40_CDC20-Fz532506.5e-1555.9
TkA04G147720PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd53801.6e-0731.3
TkA04G147720PF24805EIF3I53790.0002121.2
TkA04G147720PF23760Beta-prop_DCAF1253810.003816.9
TkA04G147720PF23381Beta-prop_IFT122_1st552503.6e-1350.2
TkA04G147720PF25172Beta-prop_WDR3_2nd55771.4e-0525.2
TkA04G147720PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd552142.2e-0524.6
TkA04G147720PF17005WD40_like55820.03714.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTJ6拟南芥sp|Q9LTJ6|RUP1_ARATH WD repeat-containing protein RUP158.600%Swiss-Prot高置信
Q9FFA7拟南芥sp|Q9FFA7|RUP2_ARATH WD repeat-containing protein RUP258.800%Swiss-Prot高置信
Q9LJR3拟南芥sp|Q9LJR3|SPA3_ARATH Protein SPA1-RELATED 339.000%Swiss-Prot中等置信
P43254拟南芥sp|P43254|COP1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase COP133.600%Swiss-Prot中等置信
Q94BM7拟南芥sp|Q94BM7|SPA4_ARATH Protein SPA1-RELATED 436.000%Swiss-Prot中等置信

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