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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G142480
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36853654-36856630 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1676 bp · TkA04G142480|TK1151|cDNA

TTAATATTGTGAATATGTAAATTAAAATATAAATTATCCATCAATTTACGAATATTTTAGTTATATTTCCCCTATTTAATTTTTATATTTCTATTTTCCTACTTTAATTTTCTCCCTTCTTTTCCTGCAAAACCCTAATTTCATTTCCTTCAAAAATTTCCAGCAAGCAAACAAAAATTGATTTTGTATTTTCTTTTTTTCTTTTTTACTGTTGAAAATCGCTTATTCTGCTACAGCGAAAATTACGATCAACCAACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

501 bp · TkA04G142480|TK1151|CDS

ATGGAAGGTCAAGAAGAGCATCATAATTCCGGTACAGTTTCACTACCGCTGCCGGTTGTAGTAGTTGGCGAGGAAGGAAATTTCAGTGGATCAACGGTGGCGCCACCACCACCGGCGGAAGCGCTGGTGGGTGCTGCGACGCCTGGCTCAGATGGTTTTAAGAAAAAGAGGGGAAGACCGAGGAAGTACGGACCGGATGGAAAACCTAAAGTAACCTTATCTCCGATGCCTATTTCCTCATCGATTCCCCTCTCCGGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

166 aa · TkA04G142480|TK1151|PROTEIN

MEGQEEHHNSGTVSLPLPVVVVGEEGNFSGSTVAPPPPAEALVGAATPGSDGFKKKRGRPRKYGPDGKPKVTLSPMPISSSIPLSGDFPGWKQKQEKPVTSVKRKQKLEFRTSGAQVASSIGANFTPHVITVNSGEDVNMKIISFAQQGTKAICVLAANGAVQMLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G142480
TK1151 IDTkA04G142480
OH-1004 IDLXL04_035323
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.590 / OH-1004 52.769
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G142480
位置Chr04:36853654-36856630 (-)
描述Similar to AHL6: AT-hook motif nuclear-localized protein 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g25320 特异性结合富含AT的DNA序列的转录因子，与核基质附着区（MARs）相关（通过相似性）。
Cell-to-cell movement of two interacting AT-hook factors in Arabidopsis root vascular tissue patterning.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.102210
At5g62260 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At5g51590 特异性结合富含AT的DNA序列的转录因子，与核基质附着区（MARs）相关（通过相似性）。
Cell-to-cell movement of two interacting AT-hook factors in Arabidopsis root vascular tissue patterning.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.102210
At4g12080 特异性结合与核基质附着区 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。
Identification of a novel plant MAR DNA binding protein localized on chromosomal surfaces.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-3249-5
At4g22770 特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程
GO:0010089 xylem development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0098687 chromosomal region 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003680 minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G12080
ath:AT4G22770
ath:AT4G25320
ath:AT5G51590
ath:AT5G62260
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970
排名 1 · TkA04G142480 · TK1151
细胞质0.089
排名 2 · TkA04G142480 · TK1151
细胞膜0.031
排名 3 · TkA04G142480 · TK1151
内质网0.025
排名 4 · TkA04G142480 · TK1151
质体0.015
排名 5 · TkA04G142480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03479PCC18-22 aa
PF03535Paxillin31-125 aa
PF02178AT_hook54-65 aa
PF03479PCC122-163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G142480PF03479PCC18222.2e-0938.1
TkA04G142480PF03535Paxillin311250.04614.2
TkA04G142480PF02178AT_hook54650.04214.4
TkA04G142480PF03479PCC1221632.2e-0938.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SB31拟南芥sp|Q9SB31|AHL3_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 353.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LVB0拟南芥sp|Q9LVB0|AHL6_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 650.400%Swiss-Prot高置信
Q9FHM5拟南芥sp|Q9FHM5|AHL4_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 443.600%Swiss-Prot中等置信
Q8VYJ2拟南芥sp|Q8VYJ2|AHL1_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 150.800%Swiss-Prot中等置信
O49658拟南芥sp|O49658|AHL2_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 252.000%Swiss-Prot中等置信

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