TkA04G141780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G141780

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36651220-36655615 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2782 bp · TkA04G141780|TK1151|cDNA

CGTGGTGAAAAATGAAAATTGGAGGGTAGTACCGCAACAAATTCCAAACCTAAGCGATCATGCTGCAAATATCACCAACTATCGTGAGTTCATAGTTCACCGACTGAAACATTTCGAGTGACCGGAGAAGATGATGATAGATTTGGGATCGTTCTCCGACGAGAAATTCGACGCCAAGAAATGGATAAACAATGCTTGCCAATCGCGGCACCCTCAGGATCCCTTAGACAAGCACCTAGTGGATCTCGAGATGAAGCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2451 bp · TkA04G141780|TK1151|CDS

ATGATGATAGATTTGGGATCGTTCTCCGACGAGAAATTCGACGCCAAGAAATGGATAAACAATGCTTGCCAATCGCGGCACCCTCAGGATCCCTTAGACAAGCACCTAGTGGATCTCGAGATGAAGCTACAGATGGTGTCCGAGGAGATAGCCGCCTCACTCGAGGAACAGAGCTCCGCCGCCATCCTCCGTGTCCCTCGCGCTACTCGTGACGTGATCCGCCTCCGTGACGATGCTCTCTCCCTCCGACAATCCGTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

816 aa · TkA04G141780|TK1151|PROTEIN

MMIDLGSFSDEKFDAKKWINNACQSRHPQDPLDKHLVDLEMKLQMVSEEIAASLEEQSSAAILRVPRATRDVIRLRDDALSLRQSVASILLKLKKAEGSSAESIATLAKVDTVKQRMEAAYKTLQDAAGLTQLSSTVEDVFASNDLPRAAETLANMRHCLTAVGEVAEFANIRKQLEVLEDRLDSMVQPRLTDAITNRKVNVAQDLREILIRIGRYKSLESHYTKVHLKPIRQLWEDYELKQQRSKTGIERSQVETISSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G141780`
TK1151 ID	TkA04G141780
OH-1004 ID	LXL04_035337
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G141780

位置 Chr04:36651220-36655615 (-)

描述 Similar to COG7: Conserved oligomeric Golgi complex subunit 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51430`	正常高尔基体功能所需。	EMBRYO YELLOW gene, encoding a subunit of the conserved oligomeric Golgi complex, is required for appropriate cell expansion and meristem organization in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2008.01186.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035337 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000301 retrograde transport, vesicle recycling within Golgi 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0033365 protein localization to organelle 生物过程

GO:0034067 protein localization to Golgi apparatus 生物过程

GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51430

bta:504790

hsa:91949

mmu:233824

rno:293456

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.512

排名 1 · TkA04G141780 · TK1151

高尔基体0.503

排名 2 · TkA04G141780 · TK1151

细胞核0.134

排名 3 · TkA04G141780 · TK1151

溶酶体／液泡0.128

排名 4 · TkA04G141780 · TK1151

细胞膜0.111

排名 5 · TkA04G141780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10191COG74-812 aa

PF10475Vps54_N8-187 aa

PF20651EXOC6_Sec15_N43-175 aa

PF11254DUF305344-160 aa

PF04513Baculo_PEP_C85-176 aa

PF30512DNA_pol3_delp_C94-192 aa

PF07393Sec10_HB357-421 aa

PF04513Baculo_PEP_C434-499 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G141780	`PF10191`	COG7	4	812	8.1e-260	865.1
TkA04G141780	`PF10475`	Vps54_N	8	187	0.01	15.9
TkA04G141780	`PF20651`	EXOC6_Sec15_N	43	175	0.0032	18.1
TkA04G141780	`PF11254`	DUF3053	44	160	0.35	11.2
TkA04G141780	`PF04513`	Baculo_PEP_C	85	176	1.3	9.7
TkA04G141780	`PF30512`	DNA_pol3_delp_C	94	192	0.061	14.0
TkA04G141780	`PF07393`	Sec10_HB	357	421	0.016	14.5
TkA04G141780	`PF04513`	Baculo_PEP_C	434	499	1.3	9.7
TkA04G141780	`PF07393`	Sec10_HB	450	489	0.016	14.5
TkA04G141780	`PF04513`	Baculo_PEP_C	548	562	1.3	9.7
TkA04G141780	`PF04513`	Baculo_PEP_C	631	660	1.3	9.7
TkA04G141780	`PF30512`	DNA_pol3_delp_C	709	757	0.061	14.0
TkA04G141780	`PF04513`	Baculo_PEP_C	750	808	1.3	9.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGN0`	拟南芥	sp\|Q9FGN0\|COG7_ARATH Conserved oligomeric Golgi complex subunit 7	73.400%	Swiss-Prot	高置信

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