TkA04G132600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G132600

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34511471-34521820 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1000 bp · TkA04G132600|TK1151|cDNA

AACACATTTACCTCCTTTTTGGCATTACCTATTCCACGCACACTATATGTAAACGGAGGCCATGAGCACATGATCCTCACTTACCTCGCAATTGCCTCACTTGTACAGAATCTCGCCCCTAGGTCCTACAAATCCCACCACCCTATCCCCCCTTCGCCGGGCACCGCCCCAGTCCTAATGGCCGCAAAAGTTATCTCAAGTGGAATCCGTTACACTACGTTACCAGAGAGCTACGTCCGCCCTGTTAACGATAGACCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1158 bp · TkA04G132600|TK1151|CDS

ATGATCCTCACTTACCTCGCAATTGCCTCACTTGTACAGAATCTCGCCCCTAGGTCCTACAAATCCCACCACCCTATCCCCCCTTCGCCGGGCACCGCCCCAGTCCTAATGGCCGCAAAAGTTATCTCAAGTGGAATCCGTTACACTACGTTACCAGAGAGCTACGTCCGCCCTGTTAACGATAGACCTAACCTATCTCAAGTCTCCAACTGCGACGATGTTCCTATTATCGACATCGGTTGTGGTGATCGACATCTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

385 aa · TkA04G132600|TK1151|PROTEIN

MILTYLAIASLVQNLAPRSYKSHHPIPPSPGTAPVLMAAKVISSGIRYTTLPESYVRPVNDRPNLSQVSNCDDVPIIDIGCGDRHLISQQIGYACRRYGFFQVVNHGVPDEIVQKMQQVGKEFFLLPIEEKMKHYSEDPAKTMRLSTSFNVQKEQVHNWRDYLRLHCYPLDQYSPEWPSNPSYFKLTHVEKSIRIREYVGNYCTAVRDLGMRILESISESLGLQKEQIKTILGEQGQHMAINHYPVCPEPELTYGLPGHT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G132600`
TK1151 ID	TkA04G132600
OH-1004 ID	LXL04_035408
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.247 / OH-1004 95.103 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G132600

位置 Chr04:34511471-34521820 (-)

描述 Similar to DMR6: Protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24530`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	Identification of arabidopsis loci required for susceptibility to the downy mildew pathogen Hyaloperonospora parasitica.2005 · DOI: 10.1094/mpmi-18-0583 Arabidopsis DMR6 encodes a putative 2OG-Fe(II) oxygenase that is defense-associated but required for susceptibility to downy mildew.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03427.x DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At4g10490`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At4g10500`	在体外将水杨酸转化为 2,3-二羟基苯甲酸和 2,5-DHBA，但在体内仅转化为 2,3-DHBA。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0536400`	催化 2S-黄烷酮 3-β-羟基化生成 2R,3R-二氢黄酮醇，后者是植物中黄酮醇、花青素、儿茶素和原花青素生物合成的中间体。	Flavanone 3beta-hydroxylases from rice: key enzymes for favonol and anthocyanin biosynthesis.2008 · DOI: 10.1016/s1016-8478(23)17587-x
`Os08g0560000`	参与芽发育和水杨酸（SA）稳态的调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035408 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046244 salicylic acid catabolic process 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10490

ath:AT4G10500

ath:AT5G24530

dosa:Os10g0536400

osa:4349238

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.708

排名 1 · TkA04G132600 · TK1151

细胞核0.301

排名 2 · TkA04G132600 · TK1151

过氧化物酶体0.081

排名 3 · TkA04G132600 · TK1151

线粒体0.068

排名 4 · TkA04G132600 · TK1151

质体0.056

排名 5 · TkA04G132600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226DIOX_N74-179 aa

PF031712OG-FeII_Oxy237-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G132600	`PF14226`	DIOX_N	74	179	1.9e-27	97.0
TkA04G132600	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	237	335	6.1e-35	120.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLV0`	拟南芥	sp\|Q9FLV0\|DMR6_ARATH Protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6	65.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZSA7`	拟南芥	sp\|Q9ZSA7\|DLO2_ARATH Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2	52.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZSA8`	拟南芥	sp\|Q9ZSA8\|DLO1_ARATH Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 1	54.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W2X5`	水稻	sp\|Q8W2X5\|FL3H2_ORYSJ Flavanone 3-dioxygenase 2	62.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YYX9`	水稻	sp\|Q6YYX9\|SLC1_ORYSJ Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC1	38.500%	Swiss-Prot	中等置信

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