RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G132220
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34413722-34415634 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1818 bp · TkA04G132220|TK1151|cDNA

GGCATCTCGAAGCCTGTTTTTGGGTTTTTTATTATAACAATTGGAGTCGCGTATTATAAACATGGAGCTAAAGAGAAAGTCGGATGGTATTCGTTACTTTTTTCTGCAATTGGTTTGCTTTCACTTATTAGCCACGCTTTACAGCATTACTATTATGGAGTAATTGGGGAAAAAGCAATGACAAATCTCCGACAAGCTTTATATTCAGTGGTTCTTCGCAATGAATTAGCGTGGTTTGATAAGTCGGAAAACAGCGTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1683 bp · TkA04G132220|TK1151|CDS

GGCATCTCGAAGCCTGTTTTTGGGTTTTTTATTATAACAATTGGAGTCGCGTATTATAAACATGGAGCTAAAGAGAAAGTCGGATGGTATTCGTTACTTTTTTCTGCAATTGGTTTGCTTTCACTTATTAGCCACGCTTTACAGCATTACTATTATGGAGTAATTGGGGAAAAAGCAATGACAAATCTCCGACAAGCTTTATATTCAGTGGTTCTTCGCAATGAATTAGCGTGGTTTGATAAGTCGGAAAACAGCGTTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

560 aa · TkA04G132220|TK1151|PROTEIN

GISKPVFGFFIITIGVAYYKHGAKEKVGWYSLLFSAIGLLSLISHALQHYYYGVIGEKAMTNLRQALYSVVLRNELAWFDKSENSVGSLTSRIIHETSTVKTIISDRMAVIVQCISSILIATGVSMYVNWRMGLVAWAVMPCHFIGGLIQAKSAKGFSGDISAAHSELVSLASESATNIRTVASFCHEEHILGKARLSLDTPLKKSRKESIWYGIIQGVSLCLWNIAHAVALWYSTVLVEKKQASFENGIRAYQIFSLTV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G132220
TK1151 IDTkA04G132220
OH-1004 IDLXL04_006274
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)42.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.286 / OH-1004 42.352
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G132220
位置Chr04:34413722-34415634 (+)
描述Similar to ABCB19: ABC transporter B family member 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g28010 ABC 转运蛋白 B 家族成员 14。 暂无已核实直接文献
At1g27940 ABC 转运蛋白 B 家族成员 13。 暂无已核实直接文献
At3g28860 可能参与油菜素甾醇的输出及相关信号转导。
TWISTED DWARF1, a unique plasma membrane-anchored immunophilin-like protein, interacts with Arabidopsis multidrug resistance-like transporters AtPGP1 and AtPGP19.2003 · DOI: 10.1091/mbc.e02-10-0698
Connective auxin transport contributes to strigolactone-mediated shoot branching control independent of the transcription factor BRC1.2019 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1008023
An ATP-Binding Cassette Transporter, ABCB19, Regulates Leaf Position and Morphology during Phototropin1-Mediated Blue Light Responses.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00223
Arabidopsis TWISTED DWARF1 regulates stamen elongation by differential activation of ABCB1,19-mediated auxin transport.2022 · DOI: 10.1093/jxb/erac185
Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260
Structure and function of the <i>Arabidopsis</i> ABC transporter ABCB19 in brassinosteroid export.2024 · DOI: 10.1126/science.adj4591
ABCB19 transporter: fostering brassinosteroid transport through membrane flexibility.2024 · DOI: 10.1016/j.tplants.2024.06.005
Structural insights into brassinosteroid export mediated by the Arabidopsis ABC transporter ABCB1.2025 · DOI: 10.1016/j.xplc.2024.101181
Quantitative analysis of the root posture of Arabidopsis thaliana mutants with wavy roots.2024 · DOI: 10.1017/qpb.2024.12
At1g10680 ABC 转运蛋白 B 家族成员 10。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0190300 推测的多药耐药蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006274 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0008361 regulation of cell size 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009926 auxin polar transport 生物过程
GO:0009958 positive gravitropism 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G10680
ath:AT1G27940
ath:AT2G36910
ath:AT3G28860
ath:AT4G25960
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.285
排名 1 · TkA04G132220 · TK1151
内质网0.252
排名 2 · TkA04G132220 · TK1151
细胞膜0.214
排名 3 · TkA04G132220 · TK1151
细胞质0.186
排名 4 · TkA04G132220 · TK1151
高尔基体0.101
排名 5 · TkA04G132220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane5-250 aa
PF20703nSTAND138-52 aa
PF02463SMC_N54-74 aa
PF30337TBC2_C57-163 aa
PF09818ABC_ATPase94-129 aa
PF30337TBC2_C229-286 aa
PF00005ABC_tran328-477 aa
PF13555AAA_29332-355 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G132220PF00664ABC_membrane52507.9e-47160.9
TkA04G132220PF20703nSTAND138520.03914.3
TkA04G132220PF02463SMC_N54745.1e-0626.8
TkA04G132220PF30337TBC2_C571630.0314.5
TkA04G132220PF09818ABC_ATPase941290.004316.8
TkA04G132220PF30337TBC2_C2292860.0314.5
TkA04G132220PF00005ABC_tran3284777.8e-34117.9
TkA04G132220PF13555AAA_293323550.01515.8
TkA04G132220PF13191AAA_163343630.03515.4
TkA04G132220PF20703nSTAND13343550.03914.3
TkA04G132220PF02463SMC_N3413565.1e-0626.8
TkA04G132220PF13401AAA_223413650.04214.9
TkA04G132220PF02224Cytidylate_kin3413560.3311.4
TkA04G132220PF13304AAA_213423870.0003521.3
TkA04G132220PF02224Cytidylate_kin3663790.3311.4
TkA04G132220PF02463SMC_N3694935.1e-0626.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C7F2拟南芥sp|Q9C7F2|AB14B_ARATH ABC transporter B family member 1442.400%Swiss-Prot中等置信
Q9C7F8拟南芥sp|Q9C7F8|AB13B_ARATH ABC transporter B family member 1340.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LJX0拟南芥sp|Q9LJX0|AB19B_ARATH ABC transporter B family member 1942.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SGY1拟南芥sp|Q9SGY1|AB10B_ARATH ABC transporter B family member 1041.600%Swiss-Prot中等置信
Q6YUU5水稻sp|Q6YUU5|MDR_ORYSJ Putative multidrug resistance protein41.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看