TkA04G131250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G131250

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34218278-34223259 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4822 bp · TkA04G131250|TK1151|cDNA

TTTTGCCCTAGGGTCTGGACCTTTTTGGAGGGAGAAGCAACAAAAAATTGGGATCTTTTTAGCCACGTTTCATTCATCGACGGTCTGTGTGGTCATCATCTACAAAACCTTCTCCCAATCCGCCAAAAGTTAATGTCTTCTCTCGGCCATCACATATACACACATACTCGATGACGAATTAGTTCTCCATTTTTGTAAAATCTTTGTAAAACCCGCAGGAGGATGTCATTCACGTCTGGAATCTTGGCTTTTGCTGCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

4359 bp · TkA04G131250|TK1151|CDS

ATGTCATTCACGTCTGGAATCTTGGCTTTTGCTGCACCTTCGCCAACACTAAACGCCATTAACGATACATCGAAGGTACGCAAAACCATTACTTCTCATGTTTCCTGCTCAACCTCTTCTTCTGCCGTTACAACCATCGAACAGCAAGAACCGTCCAAGAAATTTAGCTACAGCAGAGCATCTCCATCAGTCAGATGGCCTAACCGTAAAGAACCCGCCGATAATCATAACTCAGACAAAACGCAGTTCCCAATTTCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1452 aa · TkA04G131250|TK1151|PROTEIN

MSFTSGILAFAAPSPTLNAINDTSKVRKTITSHVSCSTSSSAVTTIEQQEPSKKFSYSRASPSVRWPNRKEPADNHNSDKTQFPISPTNPKIDVFVHEPLTEVEGETAPLEENNETLEYSGRNSRGVAKKMTKLALKRAKDWRQRVQFLTDRILGLKSHEFVADVLDDRQVQMTPTDFCFLVKGIGKSNWQRALEVYEWLNLRKWYSPNARMLATILGVLGKANQEALAMEIFHRSEEAIDSSVQVYNAMMGVYARNGRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G131250`
TK1151 ID	TkA04G131250
OH-1004 ID	LXL04_035431
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G131250

位置 Chr04:34218278-34223259 (+)

描述 Similar to EMB1270: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18110`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035431 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18110

ath:AT5G02860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.588

排名 1 · TkA04G131250 · TK1151

线粒体0.262

排名 2 · TkA04G131250 · TK1151

细胞核0.078

排名 3 · TkA04G131250 · TK1151

细胞质0.027

排名 4 · TkA04G131250 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA04G131250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_24162-200 aa

PF13432TPR_16188-213 aa

PF12921ATP13207-234 aa

PF13812PPR_3212-255 aa

PF23276TPR_24214-342 aa

PF31234TPR_Psidin_N214-265 aa

PF01535PPR216-235 aa

PF17177PPR_long222-365 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G131250	`PF23276`	TPR_24	162	200	1.1e-48	165.2
TkA04G131250	`PF13432`	TPR_16	188	213	0.00013	23.1
TkA04G131250	`PF12921`	ATP13	207	234	4.4e-08	33.7
TkA04G131250	`PF13812`	PPR_3	212	255	2.3e-86	284.5
TkA04G131250	`PF23276`	TPR_24	214	342	1.1e-48	165.2
TkA04G131250	`PF31234`	TPR_Psidin_N	214	265	0.026	14.7
TkA04G131250	`PF01535`	PPR	216	235	1.4e-103	332.8
TkA04G131250	`PF17177`	PPR_long	222	365	2.4e-47	161.8
TkA04G131250	`PF29070`	MSC6_N	222	288	5.6e-47	161.4
TkA04G131250	`PF18768`	RNPP_C	226	263	0.039	14.2
TkA04G131250	`PF14559`	TPR_19	229	273	3.5e-05	24.7
TkA04G131250	`PF25058`	ARM_TT21	232	309	3.7e-07	30.9
TkA04G131250	`PF12000`	Glyco_trans_4_3	233	280	0.13	12.7
TkA04G131250	`PF13812`	PPR_3	240	288	2.3e-86	284.5
TkA04G131250	`PF13041`	PPR_2	244	288	2.3e-123	402.9
TkA04G131250	`PF12854`	PPR_1	244	271	7.3e-82	269.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5G1S8`	拟南芥	sp\|Q5G1S8\|PP241_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic	59.500%	Swiss-Prot	高置信

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