TkA04G127430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G127430

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 33113702-33118562 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2284 bp · TkA04G127430|TK1151|cDNA

ACTGTATAAATCAGTTGAAATCGCTCTTATGCTGCCGAGTGAGTTTATATTAAAACCGTGTTTGATTTTGCGACAAAATGTCGGAGAAAGAAGACGGAGGGGATTGCGGTGAATATGATGATGCGTGGAGAGATCTGATGAATACTCGTTTGATTTCGGACGAATTTCTTGTTCTGAAGACTGAAAATGTCGATGATCGTAGTGAGGTCGATGCCGGAAAAGATGGGAGGGGTACGGCGGAGGATAGAGTTAGGAGTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2031 bp · TkA04G127430|TK1151|CDS

ATGTCGGAGAAAGAAGACGGAGGGGATTGCGGTGAATATGATGATGCGTGGAGAGATCTGATGAATACTCGTTTGATTTCGGACGAATTTCTTGTTCTGAAGACTGAAAATGTCGATGATCGTAGTGAGGTCGATGCCGGAAAAGATGGGAGGGGTACGGCGGAGGATAGAGTTAGGAGTAGAAAAGTTAGTATTGCGGAGAGAAGGGCGGCAATGCGTGGTGGTTCCGATGGCATTCCTTCGAGTTTCAGTGTTTCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

676 aa · TkA04G127430|TK1151|PROTEIN

MSEKEDGGDCGEYDDAWRDLMNTRLISDEFLVLKTENVDDRSEVDAGKDGRGTAEDRVRSRKVSIAERRAAMRGGSDGIPSSFSVSVSSSRVTAWPPILTIPGGISPTSLLDSPIMLPNSQASPTTGSFQYPSLNQEMLGMKSEVEDMSCDSNSFLYQQPDGGALIWPSFSEVQNQNSTIQPPLMCEYPEALMEATVPKGSPVELDSAEGFKVPKSRIKSVNQDDTKRHTDGHQKDTSLSNMKNSEDGYNWRKYGQKQVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G127430`
TK1151 ID	TkA04G127430
OH-1004 ID	LXL04_035487
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G127430

位置 Chr04:33113702-33118562 (+)

描述 Similar to WRKY46: WRKY transcription factor SUSIBA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56270`	转录因子。	Transcriptional activation of Arabidopsis axis patterning genes WOX8/9 links zygote polarity to embryo development.2011 · DOI: 10.1016/j.devcel.2011.01.009
`At4g26440`	转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0826400`	可能参与脱落酸和赤霉素信号的转录调控。	Annotations and functional analyses of the rice WRKY gene superfamily reveal positive and negative regulators of abscisic acid signaling in aleurone cells.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.054312 A negative regulator encoded by a rice WRKY gene represses both abscisic acid and gibberellins signaling in aleurone cells.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9463-4
`UniProt: Q6B6R4`	转录抑制因子（根据相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035487 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26440

ath:AT5G56270

dosa:Os01g0826400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960

排名 1 · TkA04G127430 · TK1151

细胞质0.159

排名 2 · TkA04G127430 · TK1151

线粒体0.016

排名 3 · TkA04G127430 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA04G127430 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkA04G127430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03106WRKY246-302 aa

PF03101FAR1249-304 aa

PF23549Zn_ribbon_GRF_2266-277 aa

PF03106WRKY444-501 aa

PF03101FAR1451-502 aa

PF23549Zn_ribbon_GRF_2461-471 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G127430	`PF03106`	WRKY	246	302	4e-53	178.2
TkA04G127430	`PF03101`	FAR1	249	304	0.66	11.4
TkA04G127430	`PF23549`	Zn_ribbon_GRF_2	266	277	5.2	7.7
TkA04G127430	`PF03106`	WRKY	444	501	4e-53	178.2
TkA04G127430	`PF03101`	FAR1	451	502	0.66	11.4
TkA04G127430	`PF23549`	Zn_ribbon_GRF_2	461	471	5.2	7.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG77`	拟南芥	sp\|Q9FG77\|WRKY2_ARATH Probable WRKY transcription factor 2	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O65590`	拟南芥	sp\|O65590\|WRK34_ARATH Probable WRKY transcription factor 34	41.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6IEQ7`	水稻	sp\|Q6IEQ7\|WRK24_ORYSJ WRKY transcription factor WRKY24	56.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q6B6R4`	水稻	sp\|Q6B6R4\|WRK24_ORYSI WRKY transcription factor WRKY24	54.600%	Swiss-Prot	低置信

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