TkA04G123920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G123920

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 32192487-32195772 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1992 bp · TkA04G123920|TK1151|cDNA

CACACACTTTAGTATCCAACTTGATTCACACCAGACCCGGATCCGCCAATTTTACCCAAATATCGTCTTTACGTTGTTTGCAATTGCAGTAGGATTTGGATTTCTGAAAGTTGAGAACCTGCTGCGCAATTGCCTTCTTGTTGTTGGTTAAACCAAACTGACAAAAGGGCTCGCGGTTATTACTAAAACCCTAAACCTTCCACTGATAGAGACGACACAGTGCGATGTCTGCCCTAGAAATCGAAGCTCGCGATGTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1542 bp · TkA04G123920|TK1151|CDS

ATGTCTGCCCTAGAAATCGAAGCTCGCGATGTGATAAAAATAGTTCTTCAATTCTGCAAAGAGAACTCTTTGCATCAAACATTCCAAACATTACAAAGCGAGTGCCAAGTGCCTTTAAACACAGTGGACAGCCTTGAAACATTTGTAGCTGATATCAACAGTGGTAGATGGGATACAATATTACCTCAAGTGGCACAACTTAAGCTTCCTAGAAAGAAACTTGAAGATTTATATGAGCAGATTGTTCTAGAAATGATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

513 aa · TkA04G123920|TK1151|PROTEIN

MSALEIEARDVIKIVLQFCKENSLHQTFQTLQSECQVPLNTVDSLETFVADINSGRWDTILPQVAQLKLPRKKLEDLYEQIVLEMIELRELDTARAILRQTQAMTVMKQEQPERYLRLEHLLVRTYFDPNEAYQESTKEKRRSQIAQGITEEVSVVPPSRLMALIGQALKWQQHQGLLPPGTQFDLFRGTAAMKQDVDDKYPTTLGHTIKFGKKSHPESARFSPDGQFLVSCSVDGFIEVWDHISGKLKKDLQYQAEESF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G123920`
TK1151 ID	TkA04G123920
OH-1004 ID	LXL04_035553
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G123920

位置 Chr04:32192487-32195772 (+)

描述 Similar to SMU1: Suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73720`	辅助剪接体蛋白，参与影响发育多个方面的特定前 mRNA 的剪接。	Plant SMU-1 and SMU-2 homologues regulate pre-mRNA splicing and multiple aspects of development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141705

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035553 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0071005 U2-type precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0071011 precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73720

bta:540842

cge:100736555

hsa:55234

mmu:74255

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.510

排名 1 · TkA04G123920 · TK1151

细胞质0.491

排名 2 · TkA04G123920 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA04G123920 · TK1151

线粒体0.048

排名 4 · TkA04G123920 · TK1151

溶酶体／液泡0.039

排名 5 · TkA04G123920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17814LisH_TPL7-37 aa

PF25391WD40_Gbeta11-59 aa

PF076977TMR-HDED49-151 aa

PF21359zf_topless159-174 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_160208-248 aa

PF16529Ge1_WD40209-242 aa

PF23383Beta-prop_IFT140_1st209-295 aa

PF21029RMC1_N209-241 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G123920	`PF17814`	LisH_TPL	7	37	1.3e-15	57.4
TkA04G123920	`PF25391`	WD40_Gbeta	11	59	7e-17	62.1
TkA04G123920	`PF07697`	7TMR-HDED	49	151	0.5	11.1
TkA04G123920	`PF21359`	zf_topless	159	174	0.096	13.0
TkA04G123920	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	208	248	6.2e-08	32.5
TkA04G123920	`PF16529`	Ge1_WD40	209	242	3.8e-07	30.1
TkA04G123920	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	209	295	5.2e-07	29.4
TkA04G123920	`PF21029`	RMC1_N	209	241	0.054	14.3
TkA04G123920	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	210	247	4.3e-22	79.2
TkA04G123920	`PF23409`	Beta-prop_EML	210	253	3.6e-17	63.5
TkA04G123920	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	212	256	2.7e-08	34.3
TkA04G123920	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	213	300	2.8e-26	93.2
TkA04G123920	`PF24814`	WD40_Prp19	214	322	2.4e-36	125.9
TkA04G123920	`PF23769`	Beta-prop_WDR75_2nd	214	252	0.00037	20.1
TkA04G123920	`PF23749`	DUF7165	216	329	1.7e-05	24.5
TkA04G123920	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	217	512	4.3e-57	194.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W117`	拟南芥	sp\|Q8W117\|SMU1_ARATH Suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog 1	84.000%	Swiss-Prot	高置信

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