TkA04G121800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G121800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 31663897-31667120 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1772 bp · TkA04G121800|TK1151|cDNA

CGGAGTCACGGTCTTGTATAAACCCCGTTTAGCTATGCGGTAAAGCTCCGATTCCCGAATAGTTTCGGATCTCCGACAGAGAGAGAGAGAGAGCGACACAGCAATGCATCACTGGGTTCGAGCTTCACCGTCCGATTTTGGTGGACCTCTTCCTACTCCTCGGAGTGGCCACACCGCAGTCAATGTTGGAAAGTCAAAGATCATAGTGTTTGGTGGTCTTGTGGATAAGAATTTCCTCGATGACATCTCTGTATACGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1458 bp · TkA04G121800|TK1151|CDS

ATGCATCACTGGGTTCGAGCTTCACCGTCCGATTTTGGTGGACCTCTTCCTACTCCTCGGAGTGGCCACACCGCAGTCAATGTTGGAAAGTCAAAGATCATAGTGTTTGGTGGTCTTGTGGATAAGAATTTCCTCGATGACATCTCTGTATACGACATCGATAACAAGTTATGGTTTCAGCCTCAGTGCACTGGTAGTGGTTCAGATGGCCAAACAGGTCCCAGTCCTAGAGCATTTCACATTGCCATTGCAATCGACTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

485 aa · TkA04G121800|TK1151|PROTEIN

MHHWVRASPSDFGGPLPTPRSGHTAVNVGKSKIIVFGGLVDKNFLDDISVYDIDNKLWFQPQCTGSGSDGQTGPSPRAFHIAIAIDCHMFVFGGRLGTKRLGDFWVLDTDIWQWSELTSFGDLPSPRDFAAASAIGNHKIVMYGGWDGKKWLSDVFVLDTMSLEWRELAVSGTLPPPRCGHTATMVEKRLLVYGGRGGGGPIMGDLWALKGLIEEDNEAPGWTHLKLPGQVPAARCGHTVTSGGHYLLMFGGHGTGGWLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G121800`
TK1151 ID	TkA04G121800
OH-1004 ID	LXL04_035587
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G121800

位置 Chr04:31663897-31667120 (-)

描述 Similar to GPA3: Protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0835800`	与 RAB5A 和 VPS9A 协同作用，调节籽粒灌浆和成熟过程中种子胚乳中主要储存蛋白的致密囊泡介导的高尔基后运输。	GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION3 encodes a regulator of post-Golgi vesicular traffic essential for vacuolar protein sorting in rice endosperm.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.121376

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0019046 release from viral latency 生物过程

GO:0043254 regulation of protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045931 positive regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os03g0835800

maua:101830931

osa:4334700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538

排名 1 · TkA04G121800 · TK1151

细胞核0.316

排名 2 · TkA04G121800 · TK1151

高尔基体0.130

排名 3 · TkA04G121800 · TK1151

细胞膜0.114

排名 4 · TkA04G121800 · TK1151

溶酶体／液泡0.095

排名 5 · TkA04G121800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13415Beta-prop_FBX423-160 aa

PF13854Kelch_HCF11-66 aa

PF03089RAG211-147 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC712-195 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR115-60 aa

PF13418Beta-prop_TYW415-58 aa

PF13964Beta-prop_Calicin17-175 aa

PF07646Kelch_219-59 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G121800	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	3	160	1.8e-60	204.8
TkA04G121800	`PF13854`	Kelch_HCF	11	66	1.1e-32	114.4
TkA04G121800	`PF03089`	RAG2	11	147	0.0036	17.1
TkA04G121800	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	12	195	6e-77	258.6
TkA04G121800	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	15	60	1.7e-34	120.1
TkA04G121800	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	15	58	3.2e-20	73.8
TkA04G121800	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	17	175	0.0023	17.7
TkA04G121800	`PF07646`	Kelch_2	19	59	6.3e-27	92.8
TkA04G121800	`PF01344`	Kelch_1	20	58	6.6e-29	99.8
TkA04G121800	`PF24996`	NANM	20	60	7.6e-06	25.7
TkA04G121800	`PF25210`	Kelch_FKB95	23	58	9.1e-07	29.5
TkA04G121800	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	71	313	1.7e-34	120.1
TkA04G121800	`PF13854`	Kelch_HCF	73	146	1.1e-32	114.4
TkA04G121800	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	74	162	3.2e-20	73.8
TkA04G121800	`PF01344`	Kelch_1	76	120	6.6e-29	99.8
TkA04G121800	`PF25210`	Kelch_FKB95	76	174	9.1e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q10AZ7`	水稻	sp\|Q10AZ7\|GPA3_ORYSJ Protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 3	65.800%	Swiss-Prot	高置信

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