TkA04G121700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G121700

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 31636800-31644084 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4413 bp · TkA04G121700|TK1151|cDNA

TTAGCCGGTGATGACCTCATGAGGTCCATGAGCCGGAATATGAGCCGGAACATGAGCCGCAACTTGAGCCGAAGAGGTAGTCTAGCCTCAAGAAGCACCAGGGGTTGGGGTACCGCCAGTATCAGGGAAGCATTCACTACACCAGGTCCCGATATCTTCCAGAAAAGTGGGAGAGAAGATGATGAAGATGAACTCATGTGGGCTGCCATTGAAAGGCTCCCCACTTATGATCGATTAAGAAAAGGATTCTTGACTCAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3660 bp · TkA04G121700|TK1151|CDS

ATGAGGTCCATGAGCCGGAATATGAGCCGGAACATGAGCCGCAACTTGAGCCGAAGAGGTAGTCTAGCCTCAAGAAGCACCAGGGGTTGGGGTACCGCCAGTATCAGGGAAGCATTCACTACACCAGGTCCCGATATCTTCCAGAAAAGTGGGAGAGAAGATGATGAAGATGAACTCATGTGGGCTGCCATTGAAAGGCTCCCCACTTATGATCGATTAAGAAAAGGATTCTTGACTCAAGTTCTTGATGATGGGAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1219 aa · TkA04G121700|TK1151|PROTEIN

MRSMSRNMSRNMSRNLSRRGSLASRSTRGWGTASIREAFTTPGPDIFQKSGREDDEDELMWAAIERLPTYDRLRKGFLTQVLDDGKVVREEIDVANLGPEERQNLMKNIQEGIDNDNERLLERLRDRIDRVGIEVPRIEIRYQDLSIEGDAFVGSRALPTLLNSTINSIENVLGFMRLFPSKKRVVKILHEVSGIVTPSRMTLLLGPPGSGKTTLLKALAGKLERDLRVTGKVSYCGHEMNEFVPQRTCAYISQHDLHHG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G121700`
TK1151 ID	TkA04G121700
OH-1004 ID	LXL04_035590
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 84.160 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G121700

位置 Chr04:31636800-31644084 (+)

描述 Similar to PDR2: Pleiotropic drug resistance protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36380`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g66950`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0587600`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2WSH0`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0009914 hormone transport 生物过程

GO:0042908 xenobiotic transport 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66950

ath:AT2G36380

dosa:Os11g0587600

nta:107799533

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.659

排名 1 · TkA04G121700 · TK1151

内质网0.152

排名 2 · TkA04G121700 · TK1151

细胞质0.132

排名 3 · TkA04G121700 · TK1151

溶酶体／液泡0.093

排名 4 · TkA04G121700 · TK1151

高尔基体0.075

排名 5 · TkA04G121700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13207AAA_1772-129 aa

PF19993DO-GTPase292-129 aa

PF14510ABC_trans_N115-163 aa

PF04665Pox_A32162-190 aa

PF02367TsaE182-225 aa

PF01695IstB_IS21183-222 aa

PF00005ABC_tran189-370 aa

PF09818ABC_ATPase190-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G121700	`PF13207`	AAA_17	72	129	0.0001	23.3
TkA04G121700	`PF19993`	DO-GTPase2	92	129	0.025	15.0
TkA04G121700	`PF14510`	ABC_trans_N	115	163	3.1e-07	31.4
TkA04G121700	`PF04665`	Pox_A32	162	190	1.1	9.4
TkA04G121700	`PF02367`	TsaE	182	225	7.6e-05	23.4
TkA04G121700	`PF01695`	IstB_IS21	183	222	0.24	11.6
TkA04G121700	`PF00005`	ABC_tran	189	370	3.1e-40	138.7
TkA04G121700	`PF09818`	ABC_ATPase	190	220	0.0054	16.5
TkA04G121700	`PF20720`	nSTAND3	191	226	0.00018	21.9
TkA04G121700	`PF13481`	AAA_25	193	230	0.00015	22.2
TkA04G121700	`PF20703`	nSTAND1	193	218	0.13	12.6
TkA04G121700	`PF00437`	T2SSE	194	226	0.017	14.5
TkA04G121700	`PF13191`	AAA_16	195	236	2.1e-08	35.6
TkA04G121700	`PF03193`	RsgA_GTPase	195	226	1.1e-05	26.1
TkA04G121700	`PF12775`	AAA_7	195	226	0.019	15.2
TkA04G121700	`PF13086`	AAA_11	195	236	0.063	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7PC87`	拟南芥	sp\|Q7PC87\|AB34G_ARATH ABC transporter G family member 34	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7PC84`	拟南芥	sp\|Q7PC84\|AB39G_ARATH ABC transporter G family member 39	69.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GU84`	水稻	sp\|Q8GU84\|AB48G_ORYSJ ABC transporter G family member 48	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`A2WSH0`	水稻	sp\|A2WSH0\|AB36G_ORYSI ABC transporter G family member 36	67.000%	Swiss-Prot	高置信

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