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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G116980
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30427925-30434243 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4452 bp · TkA04G116980|TK1151|cDNA

TTGCTAAATTTGGATAATATCGGTGAGATTCTTCATGGGTTTGGAATAAAACTTGGATTACATGAAAATGAAACCCCTCATGTTTCTGTCCAAAATGCTCTTGTTTCATTGTACTCAAAATGTGGAGATATTGATGATGCGGAGAATATTTTTAGAGGGATTTATGATAAGGATTTGGTTTCTTGGAATACAATGACTAACGGATTTGCATCAAATGGAATGATTCTTGAAACATTTGATCATTTGAGGGAAATGCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1935 bp · TkA04G116980|TK1151|CDS

TTGCTAAATTTGGATAATATCGGTGAGATTCTTCATGGGTTTGGAATAAAACTTGGATTACATGAAAATGAAACCCCTCATGTTTCTGTCCAAAATGCTCTTGTTTCATTGTACTCAAAATGTGGAGATATTGATGATGCGGAGAATATTTTTAGAGGGATTTATGATAAGGATTTGGTTTCTTGGAATACAATGACTAACGGATTTGCATCAAATGGAATGATTCTTGAAACATTTGATCATTTGAGGGAAATGCAATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

644 aa · TkA04G116980|TK1151|PROTEIN

LLNLDNIGEILHGFGIKLGLHENETPHVSVQNALVSLYSKCGDIDDAENIFRGIYDKDLVSWNTMTNGFASNGMILETFDHLREMQFREFIEPDIVTLLSVLSLCAESLLLEKGKTIHGFLIRRLYGFDLSINNSLMNMYAKCNKMDKAESLFMSIRDKDLVSWNTMILGYAKNGDSKFAQFLFKELLYRCLECSLSTVLSVLSSCDSPEFLKFGESLHSWQLKLGFLKNIHAVNSLLSMYTICGDLKASIALLRSVSMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G116980
TK1151 IDTkA04G116980
OH-1004 IDLXL04_035643
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 71.318
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G116980
位置Chr04:30427925-30434243 (-)
描述Similar to PCMP-E2: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19220, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g19220 含五十二肽重复序列的蛋白 At4g19220，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At1g18485 含五重复肽结构域的蛋白 At1g18485。 暂无已核实直接文献
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At4g30700 含五重复肽序列的蛋白At4g30700。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035643 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G69350
ath:AT4G13650
ath:AT4G19220
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.645
排名 1 · TkA04G116980 · TK1151
质体0.176
排名 2 · TkA04G116980 · TK1151
细胞核0.050
排名 3 · TkA04G116980 · TK1151
细胞质0.028
排名 4 · TkA04G116980 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA04G116980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2421-52 aa
PF00637Clathrin21-52 aa
PF29070MSC6_N26-51 aa
PF13041PPR_227-51 aa
PF18768RNPP_C27-58 aa
PF13374TPR_1030-52 aa
PF13428TPR_1431-56 aa
PF17177PPR_long31-53 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G116980PF23276TPR_2421522.6e-0731.3
TkA04G116980PF00637Clathrin21520.01116.2
TkA04G116980PF29070MSC6_N26512.5e-1040.7
TkA04G116980PF13041PPR_227513.2e-46155.9
TkA04G116980PF18768RNPP_C27580.0002321.5
TkA04G116980PF13374TPR_1030520.1313.0
TkA04G116980PF13428TPR_1431560.009117.3
TkA04G116980PF17177PPR_long31530.1312.4
TkA04G116980PF13181TPR_831520.2712.2
TkA04G116980PF01535PPR32525.2e-51168.1
TkA04G116980PF12854PPR_132523.8e-2381.6
TkA04G116980PF13812PPR_332522.3e-1247.5
TkA04G116980PF13176TPR_733520.00119.7
TkA04G116980PF22330Rib_mS39_PPR44700.311.5
TkA04G116980PF13041PPR_2581053.2e-46155.9
TkA04G116980PF12854PPR_158863.8e-2381.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49680拟南芥sp|O49680|PP324_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19220, mitochondrial45.600%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic32.600%Swiss-Prot中等置信
Q0WN60拟南芥sp|Q0WN60|PPR48_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1848533.100%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399031.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SUH6拟南芥sp|Q9SUH6|PP341_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3070031.900%Swiss-Prot中等置信

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