TkA04G116900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G116900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30402012-30404513 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1537 bp · TkA04G116900|TK1151|cDNA

CTGCTTATCACCTATCATTTCCAAACTTTAGTGATGTTATATGCAGTTTACTCTTACGTCTCTTTTGCAAATTGACCATTTGATTCCAAGTCAAAGATAAATCCTTATGAAAGCAAGCCGCAGCCAATCAGCGCGTCCTTCGATCCAGCCAATCAGCAATCGTTCTTTTATTCTAGGGTTTTGGACTTTGGAATCTGTTATCGATCTAATAGGGTTTTGATCAAATTCACCTCTTAATAGTGAAGTGTGTATAGTAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · TkA04G116900|TK1151|CDS

ATGACAGAATCCGGAGGGGAGAAAAAGAAGAGAGTGGTGGTTATTGGCGGCGGCGTAGCAGGTTCTCTTCTTTGCAAAACCCTTCAAAAACATCGACATTTTGATTTCACCCTCATTGATTCGAAAGAGTATTTTGAGGTCACATGGGCAAGATTAAGGTCAATGGTGGAACCATCATTTGCAAAAAGATCTATAATCAATCACCACGAATATCTTCAAGGAGCAAGCATTATCACATCTGATGCAAACGGGATTGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · TkA04G116900|TK1151|PROTEIN

MTESGGEKKKRVVVIGGGVAGSLLCKTLQKHRHFDFTLIDSKEYFEVTWARLRSMVEPSFAKRSIINHHEYLQGASIITSDANGIEDEEVSTTEGRLISYDYLVIATGHIGSKCVTKSEKLREYEADNEKIKSAESILIIGGGPTGVELAGEIAVDFPTKKVKLVHRGSRLLEFIDEKASKKVLDWLTIKKVEVILGQSVDLASRSEDGIYQTSEGETIMADCHFQCTSDPIGSSWLKNTILKDSLTDSGRLMVDPNMRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G116900`
TK1151 ID	TkA04G116900
OH-1004 ID	LXL04_035645
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.446 / OH-1004 55.401 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G116900`
位置	Chr04:30402012-30404513 (-)
描述	Similar to VPS60-2: Vacuolar protein sorting-associated protein 60.2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035645` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001919 regulation of receptor recycling 生物过程 GO:0006900 vesicle budding from membrane 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0006997 nucleus organization 生物过程 GO:0007040 lysosome organization 生物过程 GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程 GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程 GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程 GO:0032511 late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程 GO:0036258 multivesicular body assembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G10640 ath:AT5G04850 mmu:76959 pon:100172361 rno:297995 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.401

排名 1 · TkA04G116900 · TK1151

细胞核0.181

排名 2 · TkA04G116900 · TK1151

线粒体0.177

排名 3 · TkA04G116900 · TK1151

内质网0.164

排名 4 · TkA04G116900 · TK1151

细胞膜0.126

排名 5 · TkA04G116900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13434Lys_Orn_oxgnase6-40 aa

PF01488Shikimate_DH8-38 aa

PF06690HcgC8-44 aa

PF13241NAD_binding_78-77 aa

PF01262AlaDh_PNT_C8-22 aa

PF07992Pyr_redox_211-288 aa

PF00070Pyr_redox11-43 aa

PF03486HI0933_like11-43 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G116900	`PF13434`	Lys_Orn_oxgnase	6	40	1.5e-05	25.0
TkA04G116900	`PF01488`	Shikimate_DH	8	38	0.041	14.7
TkA04G116900	`PF06690`	HcgC	8	44	0.077	13.3
TkA04G116900	`PF13241`	NAD_binding_7	8	77	0.62	11.4
TkA04G116900	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	8	22	1.5	8.9
TkA04G116900	`PF07992`	Pyr_redox_2	11	288	5.3e-32	112.1
TkA04G116900	`PF00070`	Pyr_redox	11	43	1.7e-13	51.6
TkA04G116900	`PF03486`	HI0933_like	11	43	5.3e-05	23.5
TkA04G116900	`PF01266`	DAO	11	43	0.00036	20.9
TkA04G116900	`PF01494`	FAD_binding_3	11	31	0.03	14.3
TkA04G116900	`PF04820`	Trp_halogenase	11	46	0.052	13.1
TkA04G116900	`PF02254`	TrkA_N	12	43	0.0002	22.4
TkA04G116900	`PF05834`	Lycopene_cycl	12	43	0.0028	17.5
TkA04G116900	`PF00890`	FAD_binding_2	12	48	0.0091	15.9
TkA04G116900	`PF01134`	GIDA	12	22	0.018	14.8
TkA04G116900	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	12	43	0.032	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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