TkA04G114330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G114330

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29664869-29670707 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4862 bp · TkA04G114330|TK1151|cDNA

ACAATTGCCGGCCGGCAGTTTTGGAAGCCGGCCTCTCTCTAGAATACGTTTGATCATGAGTGTGAATCAAGCATTGGATTGGTCAATATCCAGTTTGTCAGTATAATTGTACCTGTCATCTTACTTTTTCATTGTTGAAATTTTAGTTTTTTACTCTTCTGCTTCAAGTTTATTGGATCATGACCGAGTACTGAGTGGTTACAGCAATCATTACTTCGTCACTGTTTTCAATGGACCAAAATGAAGTAGCGAGATCCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3414 bp · TkA04G114330|TK1151|CDS

ATGTTTCTAATACAGGAGGGAATACCAGAGGAAAACGACGAATCTGACTATGAACCAGATGAAGAGAGAAATCAAAGCATACAATCACTTCCAAGTGTTGAAACGAGCAATAATTACAGAACTGGACCTAATGAACACACATTGAAGGAAAAGAATCGACCTTTTTCTCCTCAGATGTTCTCCCCTGTAATCTCAAGTAAATCATCCCCAAAAGTTTCATCTCCAAAACAAGATGGAAACAATAAGGTCACGTCTACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1137 aa · TkA04G114330|TK1151|PROTEIN

MFLIQEGIPEENDESDYEPDEERNQSIQSLPSVETSNNYRTGPNEHTLKEKNRPFSPQMFSPVISSKSSPKVSSPKQDGNNKVTSTSTLRANRSMDYRVATSLPTSPLVHHDLSISSPDSDNESREHKKSVRTRVGHGRSSSHANLKSQTSDKSFHGEYDSGSPNFGSPQSSTHSRPPKDFVCPITSHLFTDPVTLETGQTYERKAIEEWVKRGNTTCPITRQPLSANSLPKTNYVLKRLITSWKEQHPDLAQELSYPAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G114330`
TK1151 ID	TkA04G114330
OH-1004 ID	LXL04_035709
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.736 / OH-1004 77.778 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G114330

位置 Chr04:29664869-29670707 (-)

描述 Similar to CERBERUS: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49780`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g19380`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os12g0570000

mtr:11418360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.461

排名 1 · TkA04G114330 · TK1151

细胞核0.334

排名 2 · TkA04G114330 · TK1151

细胞膜0.257

排名 3 · TkA04G114330 · TK1151

溶酶体／液泡0.073

排名 4 · TkA04G114330 · TK1151

高尔基体0.064

排名 5 · TkA04G114330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box178-248 aa

PF11789zf-Nse180-220 aa

PF13445zf-RING_UBOX183-219 aa

PF15227zf-C3HC4_4183-219 aa

PF23654ARM_LIN_2nd317-475 aa

PF23628ARM_LIN_C371-420 aa

PF23628ARM_LIN_C477-833 aa

PF23654ARM_LIN_2nd514-531 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G114330	`PF04564`	U-box	178	248	3.2e-17	63.1
TkA04G114330	`PF11789`	zf-Nse	180	220	8.9e-05	23.0
TkA04G114330	`PF13445`	zf-RING_UBOX	183	219	0.01	16.5
TkA04G114330	`PF15227`	zf-C3HC4_4	183	219	0.02	15.7
TkA04G114330	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	317	475	3.3e-54	183.6
TkA04G114330	`PF23628`	ARM_LIN_C	371	420	6.3e-111	371.6
TkA04G114330	`PF23628`	ARM_LIN_C	477	833	6.3e-111	371.6
TkA04G114330	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	514	531	3.3e-54	183.6
TkA04G114330	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	695	722	0.00033	20.9
TkA04G114330	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	709	752	0.0079	15.9
TkA04G114330	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	767	797	3.3e-54	183.6
TkA04G114330	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	862	890	0.0001	22.9
TkA04G114330	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	862	890	0.046	13.3
TkA04G114330	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	863	889	5.2e-07	29.8
TkA04G114330	`PF23754`	Beta-prop_IP5PC_F	865	930	0.019	14.6
TkA04G114330	`PF00400`	WD40	868	886	1.3e-16	61.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FXA4`	拟南芥	sp\|Q9FXA4\|PUB26_ARATH U-box domain-containing protein 26	52.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LT79`	拟南芥	sp\|Q9LT79\|PUB25_ARATH U-box domain-containing protein 25	55.900%	Swiss-Prot	低置信

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