TkA04G114280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G114280

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29647606-29649488 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1466 bp · TkA04G114280|TK1151|cDNA

TTTAACGTATGCACGAGGTATAAATGGGACACCTATTCGACCGTTGTTCAATTTTTTCAAATTCATTAATCAGCCACTTTTTTCTACCAATCACAAAACAGCCCTAATTTTACCGTTTCCTGCTGCTGATTCCTGCCATCGTCTCCAATTTTCCAACTACACAAGAATTTTGAACCCTAGAATTCGCTAATCTGTGCAGATCAGACCATATTTATCCCCCTGGGTTGAGCAGAAAAGAGATTTCGGCTTCTTTCTTAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkA04G114280|TK1151|CDS

ATGGGAAGACGCAAAAATTCTTCGGCTGATAAACCTTCGAAAGATCGAGAAGGTTGCAACAATTCTTCGGCTGACAATCCTTCTAACGATCGAGAAGGTTCATGGAAAACGATCTTTGACGGACTCGTTGCCTTGGTACAAGACCAACAGCGACAGCTTGAGTCCCTCCTACAAGAAAGAAACTCCCTTAAAAAAAGACTCCAATCGCACCACAGTAGATGGGCGTTCGACGTTAAGCTACTAAAAGATCATATTTCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · TkA04G114280|TK1151|PROTEIN

MGRRKNSSADKPSKDREGCNNSSADNPSNDREGSWKTIFDGLVALVQDQQRQLESLLQERNSLKKRLQSHHSRWAFDVKLLKDHISQMMRGSKIKDIAHAVDAAKANLILSMKQKEAIMHKLKFEDADDERADLKLLFEELCQCLREPKHVTRSNSKNLDESALKAERDFAWNQFKKTDAQLQEHVKRTKSEIESANDKIEKLISELEQSVSSHMEKNKTISSLQDDVAVLESDSRRKSEEISRLTKELELLRGGSSNRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G114280`
TK1151 ID	TkA04G114280
OH-1004 ID	LXL04_035713
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G114280`
位置	Chr04:29647606-29649488 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035713` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.874

排名 1 · TkA04G114280 · TK1151

细胞质0.185

排名 2 · TkA04G114280 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkA04G114280 · TK1151

线粒体0.020

排名 4 · TkA04G114280 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA04G114280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30744Pex1725-101 aa

PF19443DAHL31-65 aa

PF11559ADIP35-89 aa

PF30966At4g38062_C40-123 aa

PF04513Baculo_PEP_C42-69 aa

PF08941USP8_interact42-102 aa

PF26030RUNDC142-129 aa

PF04102SlyX42-71 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G114280	`PF30744`	Pex17	25	101	0.0097	16.4
TkA04G114280	`PF19443`	DAHL	31	65	0.027	14.9
TkA04G114280	`PF11559`	ADIP	35	89	3.2	8.6
TkA04G114280	`PF30966`	At4g38062_C	40	123	0.22	11.1
TkA04G114280	`PF04513`	Baculo_PEP_C	42	69	0.26	12.0
TkA04G114280	`PF08941`	USP8_interact	42	102	2.9	8.3
TkA04G114280	`PF26030`	RUNDC1	42	129	4.5	8.5
TkA04G114280	`PF04102`	SlyX	42	71	7.6	8.0
TkA04G114280	`PF12329`	TMF_DNA_bd	45	70	0.0038	17.9
TkA04G114280	`PF00261`	Tropomyosin	45	188	0.013	15.7
TkA04G114280	`PF03938`	OmpH	45	69	0.047	14.6
TkA04G114280	`PF01724`	DUF29	45	71	0.053	14.4
TkA04G114280	`PF16526`	CLZ	45	68	0.12	13.5
TkA04G114280	`PF16716`	BST2	46	71	0.057	14.8
TkA04G114280	`PF14197`	Cep57_CLD_2	46	72	0.22	12.4
TkA04G114280	`PF28422`	CCDC89	46	122	0.26	11.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情