TkA04G113610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G113610

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29475980-29489075 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8442 bp · TkA04G113610|TK1151|cDNA

AAATGAGAAGAGGCGCATGCGACAGCGGCATACACCATTGCGTTTTGGTTTTGGCCACTCTCGTAATTGGCTTCCTAAAACCCTAAAACAAACACACCATCCGCCATAGTCCATCCATACAACACACTATCACTCCAACCTAACTTACAGCTCTAAATCGCTATCGATAAAACAAAGATCTTACAGCATTTCACAGTCGTTTGTAAGCTTGATCATCTTTCAAAATTGACTGAAAAAGATCAGTTATTTGATTAGCGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

4881 bp · TkA04G113610|TK1151|CDS

ATGTACTTCGGATACTTTTCCTACATATGGATCCGATTTTACCTCTTCCTAGACTTAAAATGCTTTCAGGTTCTGTATCATGTGCTTGGGGCCATACCTGCCTATCAAGGATCTGTTGCACCAGCATTGAATGAGTTATGTCTTGGTTTGCAACCCGAAGAAGTAGCACCTGCTTTATCTGGTGTTTATGCGAAAGACCTTCATGTTAGACTAGCTTGTTTAAATGCTGCAAAGTGCATTCCAGCTATATCCAGCCGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1626 aa · TkA04G113610|TK1151|PROTEIN

MYFGYFSYIWIRFYLFLDLKCFQVLYHVLGAIPAYQGSVAPALNELCLGLQPEEVAPALSGVYAKDLHVRLACLNAAKCIPAISSRSVPQNVEIATSIWIALHDPEKSVAEVAEDLWDRYDHEFGTDYSGLFRALSHVNYNVRVAASDALAAVLDEYPDTLQESLATLFSLYIRDGGAGEDMIDSGWLGRQGIALALHAAADVLRTKDLPVVMTFLISRALADTNADVRGRMINAGIMIIDKHGKDNVSLLFPIFENYLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G113610`
TK1151 ID	TkA04G113610
OH-1004 ID	LXL04_035724
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.893 / OH-1004 61.136 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G113610

位置 Chr04:29475980-29489075 (+)

描述 Similar to ILA: Protein ILITYHIA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64790`	参与针对细菌感染的免疫反应以及非宿主抗性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035724 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006414 translational elongation 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:0085020 protein K6-linked ubiquitination 生物过程

GO:0140469 GCN2-mediated signaling 生物过程

GO:0160127 protein-RNA covalent cross-linking repair 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64790

hsa:10985

mmu:231659

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.586

排名 1 · TkA04G113610 · TK1151

细胞核0.276

排名 2 · TkA04G113610 · TK1151

高尔基体0.171

排名 3 · TkA04G113610 · TK1151

溶酶体／液泡0.168

排名 4 · TkA04G113610 · TK1151

细胞膜0.130

排名 5 · TkA04G113610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22958Ltn1_1st69-117 aa

PF13001ECM29_N84-120 aa

PF08713DNA_alkylation88-124 aa

PF26715HEAT_GCN1_290-285 aa

PF23271HEAT_GCN1129-164 aa

PF24714TOR1L1_N129-169 aa

PF25757TPR_DNAAF5129-155 aa

PF13001ECM29_N130-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G113610	`PF22958`	Ltn1_1st	69	117	3e-18	67.0
TkA04G113610	`PF13001`	ECM29_N	84	120	1.4e-05	24.9
TkA04G113610	`PF08713`	DNA_alkylation	88	124	0.018	15.4
TkA04G113610	`PF26715`	HEAT_GCN1_2	90	285	2.3e-81	273.6
TkA04G113610	`PF23271`	HEAT_GCN1	129	164	3.6e-97	324.7
TkA04G113610	`PF24714`	TOR1L1_N	129	169	1.2e-42	146.9
TkA04G113610	`PF25757`	TPR_DNAAF5	129	155	2.5e-24	86.7
TkA04G113610	`PF13001`	ECM29_N	130	173	1.4e-05	24.9
TkA04G113610	`PF02985`	HEAT	131	154	1.6e-62	202.2
TkA04G113610	`PF13646`	HEAT_2	131	162	1.5e-39	134.9
TkA04G113610	`PF22958`	Ltn1_1st	131	174	3e-18	67.0
TkA04G113610	`PF12460`	MMS19_C	131	170	9.8e-12	45.3
TkA04G113610	`PF20926`	Htt_N-HEAT_1	131	160	2.1e-08	35.4
TkA04G113610	`PF24173`	TPR_TTI1_N	131	169	1.5e-06	28.1
TkA04G113610	`PF25151`	TPR_Trm732_C	133	156	3e-09	37.7
TkA04G113610	`PF25780`	TPR_IPO5	134	169	4.7e-28	99.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I893`	拟南芥	sp\|F4I893\|ILA_ARATH Protein ILITYHIA	74.200%	Swiss-Prot	高置信

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