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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G110200
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28657849-28660719 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2536 bp · TkA04G110200|TK1151|cDNA

TTAAGAACCTGCTCAAAATGAACGCTCTCCTCCTCCCTCCACCCTTATCCACCACCAACCGCTTCCTCCGCCACCAGAACCTCTACCAACCACTGCCACAACCACTCTCCTCCTCCACCTTTTACATCAGCAACACACCTCTCCGTGCATCCCCCTCCTTTTCCTCTTCCCCCTTCTTATCCGAAGATGACACAATTACACAGGACGCCGTCGTTTCCCTCTACCCCTACCGCAGGTACGATTTCTCCCCCCTCCTCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1413 bp · TkA04G110200|TK1151|CDS

ATGAACGCTCTCCTCCTCCCTCCACCCTTATCCACCACCAACCGCTTCCTCCGCCACCAGAACCTCTACCAACCACTGCCACAACCACTCTCCTCCTCCACCTTTTACATCAGCAACACACCTCTCCGTGCATCCCCCTCCTTTTCCTCTTCCCCCTTCTTATCCGAAGATGACACAATTACACAGGACGCCGTCGTTTCCCTCTACCCCTACCGCAGGTACGATTTCTCCCCCCTCCTCGAGTTCCTTTCCACCTACAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

470 aa · TkA04G110200|TK1151|PROTEIN

MNALLLPPPLSTTNRFLRHQNLYQPLPQPLSSSTFYISNTPLRASPSFSSSPFLSEDDTITQDAVVSLYPYRRYDFSPLLEFLSTYNSDSDTNSPTSLDQTELRLAELYRVVPAPLWHSLLKSITSSSTSSFETAYALVTWLQKHNLCFSYELLYSILIHALGRSEKLYEAFLLSQKQALTPITYNALIGACARNNDLEKAINLMNRMRREGHQSDFVNYSLIIQSLVRSNKIDSALLEKLYDEMISDAIELDGQLLNDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G110200
TK1151 IDTkA04G110200
OH-1004 IDLXL04_035760
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 66.383 / OH-1004 44.571
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G110200
位置Chr04:28657849-28660719 (-)
描述Similar to CRP1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g42310 需要用于叶绿体蛋白合成以及类囊体蛋白复合体亚基的积累。
CRP1 Protein: (dis)similarities between Arabidopsis thaliana and Zea mays.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.00163

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0548300 对叶绿体mRNA的加工和翻译是必需的。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035760 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G42310
dosa:Os07g0548300
zma:100302579
zma:732792
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.735
排名 1 · TkA04G110200 · TK1151
线粒体0.178
排名 2 · TkA04G110200 · TK1151
细胞核0.057
排名 3 · TkA04G110200 · TK1151
细胞质0.024
排名 4 · TkA04G110200 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkA04G110200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N117-151 aa
PF12921ATP13119-138 aa
PF19189Mtf2129-145 aa
PF23276TPR_24130-171 aa
PF13041PPR_2155-172 aa
PF01535PPR155-173 aa
PF12854PPR_1155-172 aa
PF13432TPR_16164-211 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G110200PF29070MSC6_N1171513.2e-2279.9
TkA04G110200PF12921ATP131191380.0001822.1
TkA04G110200PF19189Mtf21291459.9e-0626.1
TkA04G110200PF23276TPR_241301717.8e-2484.8
TkA04G110200PF13041PPR_21551722.7e-52175.4
TkA04G110200PF01535PPR1551736.5e-44145.9
TkA04G110200PF12854PPR_11551727.5e-36122.3
TkA04G110200PF13432TPR_161642110.06114.5
TkA04G110200PF29070MSC6_N1672743.2e-2279.9
TkA04G110200PF23276TPR_241752377.8e-2484.8
TkA04G110200PF26719TPR_Atp25_C1762600.003217.4
TkA04G110200PF13041PPR_21832282.7e-52175.4
TkA04G110200PF01535PPR1832126.5e-44145.9
TkA04G110200PF13812PPR_31832251.3e-37128.4
TkA04G110200PF12854PPR_11832097.5e-36122.3
TkA04G110200PF10037MRP-S271842364.5e-0626.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L844拟南芥sp|Q8L844|PP413_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic63.700%Swiss-Prot中等置信
Q84ZD2水稻sp|Q84ZD2|CRP1_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein CRP1 homolog, chloroplastic33.600%Swiss-Prot中等置信

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