TkA04G102460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G102460

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 26633799-26644326 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1840 bp · TkA04G102460|TK1151|cDNA

AAAAAAGAGAGAGAATGAGTACAGTTTTACCTTATGCTACTAATATAAGTTTCATACAAGCTTGGAATCTTATCCTCAAATCTCTGCAAGAAATCTTGAAATCTCAATTCTGGATAATTAACAAGTGTGATTAGAGACTTCCTTTCAACCAACATTCTCTCTTTCAAAATCTCCAAAACTTTGTTCCTAGGTTTCACTCTTTTCTCCAAACTTAATGAGAAAAGACTAGGGCAAGTTACTAAATAAGAAGTTTGCAGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · TkA04G102460|TK1151|CDS

ATGAGTACTTCTGCAAACGATGTTGAAGATCACGGCGACGTTTTCCTCGACGAGGACGACATCGTAGAAGAAATCAATGTAGACGAAGAAGATCTCCCTGATGCAGATGACGACGCGGGCTCTGACAACGAAGTTTTTGATGAAGCTGATGACTCAATGCACATCTTCACCGCTCACATCGGTGAACTATACACGGTTGCCTGTAGCCCTACAGATCCTACTTTAGTGGCCACAGGTGCAGGTGATGACAAAGGGTTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

390 aa · TkA04G102460|TK1151|PROTEIN

MSTSANDVEDHGDVFLDEDDIVEEINVDEEDLPDADDDAGSDNEVFDEADDSMHIFTAHIGELYTVACSPTDPTLVATGAGDDKGFLFKLGQGDWAFELQGHTDSVSSVSFSSDGQLVASGSFDGTIRVWDISSLTFKCALDGPGAGIEWVRWHPRGHLILAGSEDSSVWMWNADKGSYLNNFSGHASTVTCGDFTPDGKTICTGSDDASLRIWNPKTGDNIHVVRGHSYHTQGLTCLTITADSSLVLTGSKDGSVHIVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G102460`
TK1151 ID	TkA04G102460
OH-1004 ID	LXL04_035854
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G102460`
位置	Chr04:26633799-26644326 (+)
描述	Similar to AAMP: Angio-associated migratory cell protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035854` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0010595 positive regulation of endothelial cell migration 生物过程 GO:0014909 smooth muscle cell migration 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009986 cell surface 细胞组分 GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分 GO:0008201 heparin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:767919 cfa:478908 hsa:14 pon:100172186 spo:2542715 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.698

排名 1 · TkA04G102460 · TK1151

细胞质0.575

排名 2 · TkA04G102460 · TK1151

线粒体0.037

排名 3 · TkA04G102460 · TK1151

细胞膜0.029

排名 4 · TkA04G102460 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkA04G102460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26550Tricorn_2nd35-119 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR142-134 aa

PF30552CFAP251_N45-83 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st47-83 aa

PF25175Beta-prop_WDR551-134 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd51-84 aa

PF25174Beta-prop_THOC352-160 aa

PF23756Beta-prop_HPS552-79 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G102460	`PF26550`	Tricorn_2nd	35	119	0.048	13.1
TkA04G102460	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	42	134	2.7e-31	109.6
TkA04G102460	`PF30552`	CFAP251_N	45	83	1.5e-13	51.4
TkA04G102460	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	47	83	2e-56	192.0
TkA04G102460	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	51	134	4.2e-81	273.1
TkA04G102460	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	51	84	3.5e-41	142.1
TkA04G102460	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	52	160	1.9e-51	175.4
TkA04G102460	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	52	79	3.8e-10	40.3
TkA04G102460	`PF00400`	WD40	53	83	7.6e-60	197.5
TkA04G102460	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	54	215	4.7e-79	265.1
TkA04G102460	`PF24805`	EIF3I	54	93	4e-32	112.3
TkA04G102460	`PF25391`	WD40_Gbeta	57	168	1.1e-33	117.5
TkA04G102460	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	60	175	1.3e-26	94.3
TkA04G102460	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	62	183	1.8e-36	126.7
TkA04G102460	`PF17005`	WD40_like	62	133	1.9e-07	31.5
TkA04G102460	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	63	133	2e-56	192.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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