TkA04G085080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G085080

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 22303471-22304523 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

881 bp · TkA04G085080|TK1151|cDNA

CCGAGAGATCGATACTTCCCAAAAGAAACTCGCCCAAGTGGAAAAACAGCTGCTTGGATACGAAAGCATTGATCTTTCAACACCCAATATGCTGAATGAGTTGAAATTGTTTCTTCAAAGGAATCAGCTTCCATATGGTAAAGATTCGAGAACTGGGATCACGGAAATGGTGGCAAAAAAGGAGATGGGTTTCCTCAAATCAGTGAAGAGAAACAAGAATTTGTGCTTTGTTAGGGCAAAATCAGTGATGAATGTTACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

489 bp · TkA04G085080|TK1151|CDS

ATGCTGAATGAGTTGAAATTGTTTCTTCAAAGGAATCAGCTTCCATATGGTAAAGATTCGAGAACTGGGATCACGGAAATGGTGGCAAAAAAGGAGATGGGTTTCCTCAAATCAGTGAAGAGAAACAAGAATTTGTGCTTTGTTAGGGCAAAATCAGTGATGAATGTTACTAAAGTAGTCGAGAAAGACGATGTGAAAGAGGGGGAGAGCAAGAACAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTATGACGCAATTGTGATTGGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

162 aa · TkA04G085080|TK1151|PROTEIN

MLNELKLFLQRNQLPYGKDSRTGITEMVAKKEMGFLKSVKRNKNLCFVRAKSVMNVTKVVEKDDVKEGESKNSGGGGGGYDAIVIGSGIGRLVAATQLAVKGAKVLVLEKYVIPGGSSGFYERDGYTFDVGSSVMCGFSDKGNLNLITQALAAVECFSFRKW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G085080`
TK1151 ID	TkA04G085080
OH-1004 ID	LXL04_036640
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.395 / OH-1004 19.969 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G085080

位置 Chr04:22303471-22304523 (-)

描述 Similar to CRTISO: Prolycopene isomerase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06820`	胡萝卜素顺反异构酶，可将 7,9,9'-三顺式神经孢子烯转化为 9'-顺式神经孢子烯，并将 7,9,9',7'-四顺式番茄红素转化为全反式番茄红素。	Identification of the carotenoid isomerase provides insight into carotenoid biosynthesis, prolamellar body formation, and photomorphogenesis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010302

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036640 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009662 etioplast organization 生物过程

GO:0016117 carotenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0046608 carotenoid isomerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06820

dcr:108219304

sly:101267857

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.927

排名 1 · TkA04G085080 · TK1151

线粒体0.065

排名 2 · TkA04G085080 · TK1151

细胞核0.023

排名 3 · TkA04G085080 · TK1151

细胞质0.011

排名 4 · TkA04G085080 · TK1151

细胞膜0.007

排名 5 · TkA04G085080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00890FAD_binding_259-76 aa

PF01266DAO59-75 aa

PF00996GDI80-118 aa

PF07992Pyr_redox_280-110 aa

PF00890FAD_binding_281-111 aa

PF12831FAD_oxidored81-117 aa

PF01266DAO81-119 aa

PF01946Thi481-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G085080	`PF00890`	FAD_binding_2	59	76	0.0005	20.1
TkA04G085080	`PF01266`	DAO	59	75	0.00067	20.0
TkA04G085080	`PF00996`	GDI	80	118	0.028	13.7
TkA04G085080	`PF07992`	Pyr_redox_2	80	110	0.03	14.4
TkA04G085080	`PF00890`	FAD_binding_2	81	111	0.0005	20.1
TkA04G085080	`PF12831`	FAD_oxidored	81	117	0.0005	20.2
TkA04G085080	`PF01266`	DAO	81	119	0.00067	20.0
TkA04G085080	`PF01946`	Thi4	81	118	0.0016	18.5
TkA04G085080	`PF03486`	HI0933_like	81	111	0.038	14.2
TkA04G085080	`PF06100`	MCRA	81	132	0.089	12.3
TkA04G085080	`PF01494`	FAD_binding_3	81	111	0.32	10.9
TkA04G085080	`PF13450`	NAD_binding_8	84	145	1.9e-11	44.8
TkA04G085080	`PF01593`	Amino_oxidase	92	148	0.00024	21.2
TkA04G085080	`PF22061`	CSN7_HB_subdom	144	159	0.14	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9Y8`	拟南芥	sp\|Q9M9Y8\|CRTSO_ARATH Prolycopene isomerase, chloroplastic	92.000%	Swiss-Prot	低置信

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