TkA04G080280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G080280

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 21032881-21036591 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2032 bp · TkA04G080280|TK1151|cDNA

GTGATCGTTATATTCCGCTTGGATGAGTTCGGATCACTCGGTTCATCTGATCCCCGAAGTCCCGCACATGACACATATATGTCATCGATGGCAATGGCCCCTGTCGTGTACGGGATCGATTGATACCTCCGTCTTCAATGGGGCCATAGCAGCTGCAGCATATGCTGTTTCTTAAACTTCCAACTTATTATATGCCTCCATCGCCACCAATTGGAATATCCCTTCACCCATTTCAGATAAATCCTCTCTGATTCCCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1536 bp · TkA04G080280|TK1151|CDS

ATGTCAACATATTCGCTCTCTTTTAACCCCTCTCTCACTGTTCCATCCTCCTCTGCGTCTTCTTGCTCATCATCTTCTTCCATAGGTACTACTTCCAGAATTTCATGTTTCAATGCTTTTGAAACCAAACCCATCTGCTTTACCCCCTTCAAGAATCGGTCTTTTCATTGTAAACGAAGAACAAGAGCACCGATTATAGTTTCTTCAGCTGATAAAAGTACAATTGAAGAATTGAGAAAAGATGACGAAGAAGGCCCCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

511 aa · TkA04G080280|TK1151|PROTEIN

MSTYSLSFNPSLTVPSSSASSCSSSSSIGTTSRISCFNAFETKPICFTPFKNRSFHCKRRTRAPIIVSSADKSTIEELRKDDEEGPPSQVESEISTKPRRIALFVEPSPFAYVSGYKNRFQNFIRYLREMGDEVMVVTTHEGVPQEFYGAKIVGSKSFPCPWYQNVPLSLALSPRIINEVKKFKPDIIHASSPGIMVFGALAIAKMLCVPIVMSYHTHVPVYIPRYTFSWLVKPMWMIIKFLHRAADLTLVPSAAIAKDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G080280`
TK1151 ID	TkA04G080280
OH-1004 ID	LXL04_036070
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G080280

位置 Chr04:21032881-21036591 (-)

描述 Similar to SQD2: Sulfoquinovosyl transferase SQD2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01220`	在硫脂合成过程中催化UDP-硫醌糖向二酰基甘油的硫醌糖基转移。	Arabidopsis disrupted in SQD2 encoding sulfolipid synthase is impaired in phosphate-limited growth.2002 · DOI: 10.1073/pnas.082696499

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036070 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009247 glycolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0046488 phosphatidylinositol metabolic process 生物过程

GO:0046506 sulfolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0000030 mannosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G01220

cgb:cg0554

cgl:Cgl0469

msb:LJ00_05530

msg:MSMEI_1080

msm:MSMEG_1113

mtc:MT0583

mtu:Rv0557

mtv:RVBD_0557

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.963

排名 1 · TkA04G080280 · TK1151

线粒体0.038

排名 2 · TkA04G080280 · TK1151

细胞核0.020

排名 3 · TkA04G080280 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA04G080280 · TK1151

细胞质0.018

排名 5 · TkA04G080280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01994Trm56114-149 aa

PF13439Glyco_transf_4115-281 aa

PF13579Glyco_trans_4_4115-271 aa

PF13477Glyco_trans_4_2121-247 aa

PF00534Glycos_transf_1302-452 aa

PF13692Glyco_trans_1_4303-440 aa

PF13524Glyco_trans_1_2320-456 aa

PF01994Trm56352-381 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G080280	`PF01994`	Trm56	114	149	0.21	12.2
TkA04G080280	`PF13439`	Glyco_transf_4	115	281	4.4e-31	108.9
TkA04G080280	`PF13579`	Glyco_trans_4_4	115	271	2.1e-16	61.4
TkA04G080280	`PF13477`	Glyco_trans_4_2	121	247	6.9e-05	23.8
TkA04G080280	`PF00534`	Glycos_transf_1	302	452	5.9e-27	95.0
TkA04G080280	`PF13692`	Glyco_trans_1_4	303	440	3.3e-28	99.4
TkA04G080280	`PF13524`	Glyco_trans_1_2	320	456	4e-07	30.8
TkA04G080280	`PF01994`	Trm56	352	381	0.21	12.2
TkA04G080280	`PF20706`	GT4-conflict	363	464	5.3e-07	29.7
TkA04G080280	`PF13579`	Glyco_trans_4_4	392	407	2.1e-16	61.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S4F6`	拟南芥	sp\|Q8S4F6\|SQD2_ARATH Sulfoquinovosyl transferase SQD2	76.600%	Swiss-Prot	高置信

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