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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G077360
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 20369255-20373723 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2845 bp · TkA04G077360|TK1151|cDNA

TTGCTTTCAAACCGCTAGCCCAGGAGGGAGAGAGAGAAAGAAGGGGCGTGTAAGAGAGCCAGTGAGGGTTTAGTTAAATTCTTCACGTAAATTCCTTGAATCTTCGTGAAAAATTTGTGCATTTTGTATTGGTCTTGTTTGATTTACCAGTTTTCAAACCAAGATATTGTAATTTGATGTACTTTCTTTAAATGAGTCGTTTAGGGTTTAATAAATCGGTGGTTTACCATGGGGAAGCTTGTTTGGGTGAATTGGATGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1428 bp · TkA04G077360|TK1151|CDS

ATGAGTCGTTTAGGGTTTAATAAATCGGTGGTTTACCATGGGGAAGCTTGTTTGGGTGAATTGGATGTAATTCATACCGGTGATAAGAATTTCCAATTCCCAAACAACGAGATTAGGATTCATCATTTCTCTCATGTCAGCGAGCGATGTCCACCTCTTTCAGTTTTGTTAACAATCTCCTCTTTCTCAGTTCGTTGCAAGCTTGAATCATCATCCCCTGTTCGACAACCCCTGCTCATCGATCTTCACGCTACTTGCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

475 aa · TkA04G077360|TK1151|PROTEIN

MSRLGFNKSVVYHGEACLGELDVIHTGDKNFQFPNNEIRIHHFSHVSERCPPLSVLLTISSFSVRCKLESSSPVRQPLLIDLHATCFYELKTAVVVIGDEEVHLVAMPSKLKKFPCFWCCVVPAQLYNACLGMLNMRCLAIVFDLDETLIVANTMKSFEDRIDVLTSWIGQESDPVRVSGMTSELKRFVEDRTLLKQYIENNAVTDNGQTYNVKLEEVHMNAAGNERVVRPVIRLPEKNIVLTRINPEIRDTSVLVRLRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G077360
TK1151 IDTkA04G077360
OH-1004 IDLXL04_027230
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)60.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 89.053 / OH-1004 45.714
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G077360
位置Chr04:20369255-20373723 (+)
描述Similar to CPL1: RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g01270 连续催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域中七肽重复序列YSPTSPS的Ser-5去磷酸化，但不催化Ser-2去磷酸化。
Arabidopsis C-terminal domain phosphatase-like 1 and 2 are essential Ser-5-specific C-terminal domain phosphatases.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0403174101
The Arabidopsis thaliana carboxyl-terminal domain phosphatase-like 2 regulates plant growth, stress and auxin responses.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9348-y
A protein complex regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1710683114
Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-20089-0
At4g21670 连续催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域中七肽重复序列YSPTSPS的Ser-5去磷酸化，但不催化Ser-2去磷酸化。
Fusion genetic analysis of jasmonate-signalling mutants in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2001.01241.x
C-terminal domain phosphatase-like family members (AtCPLs) differentially regulate Arabidopsis thaliana abiotic stress signaling, growth, and development.2002 · DOI: 10.1073/pnas.112276199
Repression of stress-responsive genes by FIERY2, a novel transcriptional regulator in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1073/pnas.162111599
Arabidopsis C-terminal domain phosphatase-like 1 and 2 are essential Ser-5-specific C-terminal domain phosphatases.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0403174101
CTD phosphatases in the attenuation of wound-induced transcription of jasmonic acid biosynthetic genes in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03663.x
The arabidopsis RNA binding protein with K homology motifs, SHINY1, interacts with the C-terminal domain phosphatase-like 1 (CPL1) to repress stress-inducible gene expression.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003625
The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751
The RNA Polymerase II C-Terminal Domain Phosphatase-Like Protein FIERY2/CPL1 Interacts with eIF4AIII and Is Essential for Nonsense-Mediated mRNA Decay in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00771

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027230 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G21670
ath:AT5G01270
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.470
排名 1 · TkA04G077360 · TK1151
细胞核0.434
排名 2 · TkA04G077360 · TK1151
线粒体0.124
排名 3 · TkA04G077360 · TK1151
细胞膜0.073
排名 4 · TkA04G077360 · TK1151
内质网0.053
排名 5 · TkA04G077360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28898SPOC_CPL1_28-120 aa
PF03031NIF140-159 aa
PF26347YtrI_C184-219 aa
PF03031NIF245-357 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G077360PF28898SPOC_CPL1_281202e-52177.1
TkA04G077360PF03031NIF1401598.1e-1142.6
TkA04G077360PF26347YtrI_C1842190.02316.0
TkA04G077360PF03031NIF2453578.1e-1142.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5YDB5拟南芥sp|Q5YDB5|CPL2_ARATH RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 270.800%Swiss-Prot高置信
Q5YDB6拟南芥sp|Q5YDB6|CPL1_ARATH RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 157.400%Swiss-Prot高置信

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