TkA04G071870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G071870

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 19029362-19038170 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2630 bp · TkA04G071870|TK1151|cDNA

TTAACAACTACAAATTTGATCGTCAACTGAAGCTGTTTAGAGTTGGAAGGTTCAACGACAACACGATATGATTAAACTCATTCAAACCCATTCTAAAATTCAACTCTCACATGTCCTTCACGCAATCCATGGAAAAGTTCTTTGTTACAAACCTCATCTACCCATTATCGTATTCGTTAACACAATAAAATACTTAGGGGCAAGTTATTTTCTTTATATATACCGAACGTATGGAACCAAGTCATTTACAAATCTAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1911 bp · TkA04G071870|TK1151|CDS

ATGATTAAACTCATTCAAACCCATTCTAAAATTCAACTCTCACATGTCCTTCACGCAATCCATGGAAAAGTTCTTTGTTACAAACCTCATCTACCCATTATCGTATTCGTTAACACAATAAAATACTTAGGGGCAAGTTATTTTCTTTATATATACCGAACGTATGGAACCAAGTCATTTACAAATCTAAACTTTTCGACAATGGGTTCTTGGCTGTTCTCCATTGGGATCCTGCTAGCTTTTCTCTCTTTTTCTTTGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

636 aa · TkA04G071870|TK1151|PROTEIN

MIKLIQTHSKIQLSHVLHAIHGKVLCYKPHLPIIVFVNTIKYLGASYFLYIYRTYGTKSFTNLNFSTMGSWLFSIGILLAFLSFSLSTTSGAIVETSFQVKNLTTSRLCQNHVIVAVNGSLPGPTLRVKEGDTLIVHVFNQSPYNLTIHWHGVFQMRSQWMDGPEYVTQCPIMPGNSYTYRFNLTGQVGTLWWHAHTQWLRATVYGALIIRPRDGQKYPFVKPYREKTILLGEWWNANVIDVETSALVTGVSPNNSDAYT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G071870`
TK1151 ID	TkA04G071870
OH-1004 ID	LXL04_036140
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.843 / OH-1004 87.737 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G071870

位置 Chr04:19029362-19038170 (-)

描述 Similar to LAC7: Laccase-7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09220`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At5g01050`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At5g01040`	木质素降解和木质素衍生产物的解毒（通过相似性）。	Mutant identification and characterization of the laccase gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl022

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0258700`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`Os12g0259800`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036140 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0046274 lignin catabolic process 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0052716 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09220

ath:AT5G01040

ath:AT5G01050

ath:AT5G05390

dosa:Os12g0259800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.589

排名 1 · TkA04G071870 · TK1151

细胞质0.106

排名 2 · TkA04G071870 · TK1151

细胞膜0.105

排名 3 · TkA04G071870 · TK1151

内质网0.095

排名 4 · TkA04G071870 · TK1151

溶酶体／液泡0.076

排名 5 · TkA04G071870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732Cu-oxidase_3100-214 aa

PF00394Cu-oxidase120-195 aa

PF07731Cu-oxidase_2121-199 aa

PF07731Cu-oxidase_2193-233 aa

PF00394Cu-oxidase227-378 aa

PF07732Cu-oxidase_3280-347 aa

PF07731Cu-oxidase_2308-350 aa

PF07731Cu-oxidase_2482-618 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G071870	`PF07732`	Cu-oxidase_3	100	214	4.6e-43	146.8
TkA04G071870	`PF00394`	Cu-oxidase	120	195	6.4e-41	140.8
TkA04G071870	`PF07731`	Cu-oxidase_2	121	199	1.1e-45	155.5
TkA04G071870	`PF07731`	Cu-oxidase_2	193	233	1.1e-45	155.5
TkA04G071870	`PF00394`	Cu-oxidase	227	378	6.4e-41	140.8
TkA04G071870	`PF07732`	Cu-oxidase_3	280	347	4.6e-43	146.8
TkA04G071870	`PF07731`	Cu-oxidase_2	308	350	1.1e-45	155.5
TkA04G071870	`PF07731`	Cu-oxidase_2	482	618	1.1e-45	155.5
TkA04G071870	`PF00394`	Cu-oxidase	488	600	6.4e-41	140.8
TkA04G071870	`PF07732`	Cu-oxidase_3	518	545	4.6e-43	146.8
TkA04G071870	`PF07732`	Cu-oxidase_3	579	618	4.6e-43	146.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SR40`	拟南芥	sp\|Q9SR40\|LAC7_ARATH Laccase-7	61.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFD1`	拟南芥	sp\|Q9LFD1\|LAC9_ARATH Laccase-9	56.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFD2`	拟南芥	sp\|Q9LFD2\|LAC8_ARATH Laccase-8	55.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QUN2`	水稻	sp\|Q2QUN2\|LAC24_ORYSJ Laccase-24	56.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q0IP28`	水稻	sp\|Q0IP28\|LAC25_ORYSJ Laccase-25	54.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情