TkA04G069190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G069190

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 18343935-18348198 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3429 bp · TkA04G069190|TK1151|cDNA

ATGCCTGAATCATCGACCAATACGGAATCTCAATCCACTACTCTGGATTTTTCGAGCCCTTATTTCCTTGGATCTTCGGATAACCCAGGAAACGTTCTTGTTTCCAACATCTTTAACGGTCAAGGTTTCTCTTCTTGGAAGAGATCGATGTTAATTGCTCTTTCTGCGAAGAACAAAATGGCGTTCATCGACGGTTCTCTTCCTCAACCGTCTTCAACTTCTCCAACATTCGCCAATTGGGAGCGTGTCAACTCCATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3429 bp · TkA04G069190|TK1151|CDS

ATGCCTGAATCATCGACCAATACGGAATCTCAATCCACTACTCTGGATTTTTCGAGCCCTTATTTCCTTGGATCTTCGGATAACCCAGGAAACGTTCTTGTTTCCAACATCTTTAACGGTCAAGGTTTCTCTTCTTGGAAGAGATCGATGTTAATTGCTCTTTCTGCGAAGAACAAAATGGCGTTCATCGACGGTTCTCTTCCTCAACCGTCTTCAACTTCTCCAACATTCGCCAATTGGGAGCGTGTCAACTCCATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1142 aa · TkA04G069190|TK1151|PROTEIN

MPESSTNTESQSTTLDFSSPYFLGSSDNPGNVLVSNIFNGQGFSSWKRSMLIALSAKNKMAFIDGSLPQPSSTSPTFANWERVNSMVISWIINSLHRNIADSVLFLPTAAEIWNELKSRYELPDGALTYQIQQQLYSLSQGSDEFSTYFTKLTKIWDELRLVQDIPDCSCDAATGIRKYLEDQRLIQLLMGLNDSYKSLCAQILMTKPLPSVSATYSMIIQEERQREINIPHVLGTDSIAMQVSNEQQSSSSRKSLFCSH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G069190`
TK1151 ID	TkA04G069190
OH-1004 ID	LXL04_022410
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	39.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.723 / OH-1004 44.407 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G069190

位置 Chr04:18343935-18348198 (-)

描述 Similar to VIII-1: Myosin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P92519`	未表征的线粒体蛋白AtMg00810。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022410 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051645 Golgi localization 生物过程

GO:0051646 mitochondrion localization 生物过程

GO:0060151 peroxisome localization 生物过程

GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50360

ath:AT3G19960

ath:AT4G27370

ath:AT5G43900

ath:AT5G54280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.612

排名 1 · TkA04G069190 · TK1151

细胞核0.600

排名 2 · TkA04G069190 · TK1151

线粒体0.052

排名 3 · TkA04G069190 · TK1151

过氧化物酶体0.026

排名 4 · TkA04G069190 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA04G069190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14244Retrotran_gag_325-70 aa

PF14223Retrotran_gag_250-227 aa

PF13976gag_pre-integrs249-262 aa

PF16588zf-C2H2_10258-272 aa

PF16588zf-C2H2_10372-376 aa

PF13976gag_pre-integrs374-435 aa

PF00665rve411-436 aa

PF00665rve448-547 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G069190	`PF14244`	Retrotran_gag_3	25	70	6.3e-16	58.6
TkA04G069190	`PF14223`	Retrotran_gag_2	50	227	1.5e-11	45.1
TkA04G069190	`PF13976`	gag_pre-integrs	249	262	2.9e-11	43.7
TkA04G069190	`PF16588`	zf-C2H2_10	258	272	1.6	9.3
TkA04G069190	`PF16588`	zf-C2H2_10	372	376	1.6	9.3
TkA04G069190	`PF13976`	gag_pre-integrs	374	435	2.9e-11	43.7
TkA04G069190	`PF00665`	rve	411	436	3.8e-09	37.4
TkA04G069190	`PF00665`	rve	448	547	3.8e-09	37.4
TkA04G069190	`PF29688`	TnsB_C	515	563	0.13	12.8
TkA04G069190	`PF07727`	RVT_2	717	822	2.5e-55	188.5
TkA04G069190	`PF19960`	EAD7	760	792	0.14	12.8
TkA04G069190	`PF07727`	RVT_2	828	928	2.5e-55	188.5
TkA04G069190	`PF19960`	EAD7	871	914	0.14	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT94`	拟南芥	sp\|Q9ZT94\|POLR2_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	35.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q94HW2`	拟南芥	sp\|Q94HW2\|POLR1_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	35.700%	Swiss-Prot	低置信
`P92519`	拟南芥	sp\|P92519\|M810_ARATH Uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810	33.200%	Swiss-Prot	低置信

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