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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G061700
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 16458059-16460441 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1244 bp · TkA04G061700|TK1151|cDNA

TACAATTTGTCGGCATACGAAATAAAAGAGAGCCTATAAAACACGATTAGGGCGCACATCAATCCAACAAACAAACTCCATTAACGAAATCCAACTTCAGGTCCATCATAGGGATTACAATCGCAAAAAATCGAACAGAAGAAAGAAAACACTCAATTAAATCAAAGAAACAATGGCAGATGCCTACTGCCTCGACTGCAAGAGGAACACGGAGGTGGTTTTCGATCATTCTGCCGGAGACACCGTCTGTTCTGAGTGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · TkA04G061700|TK1151|CDS

ATGGCAGATGCCTACTGCCTCGACTGCAAGAGGAACACGGAGGTGGTTTTCGATCATTCTGCCGGAGACACCGTCTGTTCTGAGTGTGGACTCGTCCTTGAATCCCACTCTATCGACGAAACCTCCGAATGGCGTACCTTCGCTAACGAGTCCGGAGACAATGATCCCGTTCGTGTCGGTGGTCCTACCAATATCCTCCTCAACGACGGTGGCTTGTCTACCGTAATTTCCAAACCTAACGGCGGCGGCACCAGCGATTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

313 aa · TkA04G061700|TK1151|PROTEIN

MADAYCLDCKRNTEVVFDHSAGDTVCSECGLVLESHSIDETSEWRTFANESGDNDPVRVGGPTNILLNDGGLSTVISKPNGGGTSDYLSSSLGRWQNRGSNPDRSLILAFKTIATMSDRLGLVATIKDRANEIYKKVEDQKSSRGRNQDAILAACLYIACRQEDKPRTVKEICSVANGASKKEIGRAKEYIVKQLELEMGQSVEMGTIHAGDFMRRFCSNLGMTNQTVKAAQESVQKSEEFDIRRSPISIAAAIIYIVTQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G061700
TK1151 IDTkA04G061700
OH-1004 IDLXL04_036239
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G061700
位置Chr04:16458059-16460441 (+)
描述Similar to TFIIB2: Transcription initiation factor IIB-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g10330 在由 RNA 聚合酶 II 转录的真核基因激活中起主要作用的一般因子。 暂无已核实直接文献
At2g41630 一种通用因子，在由RNA聚合酶II转录的真核基因激活中起主要作用（通过相似性）。
The Arabidopsis general transcription factor TFIIB1 (AtTFIIB1) is required for pollen tube growth and endosperm development.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert078

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0534800 在 RNA 聚合酶 II 转录的真核基因激活中起主要作用的通用因子。
Rice TATA binding protein interacts functionally with transcription factor IIB and the RF2a bZIP transcriptional activator in an enhanced plant in vitro transcription system.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010364
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036239 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001174 transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter 生物过程
GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程
GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程
GO:0009960 endosperm development 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0051123 RNA polymerase II preinitiation complex assembly 生物过程
GO:0070897 transcription preinitiation complex assembly 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0097550 transcription preinitiation complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G41630
ath:AT3G10330
dme:Dmel_CG5193
gmx:548070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950
排名 1 · TkA04G061700 · TK1151
细胞质0.130
排名 2 · TkA04G061700 · TK1151
细胞膜0.027
排名 3 · TkA04G061700 · TK1151
内质网0.018
排名 4 · TkA04G061700 · TK1151
线粒体0.009
排名 5 · TkA04G061700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23897DUF72451-37 aa
PF23477zf_Tbcl_21-29 aa
PF24458DUF75733-29 aa
PF08271Zn_Ribbon_TF5-47 aa
PF01667Ribosomal_S27e6-33 aa
PF23477zf_Tbcl_223-30 aa
PF01667Ribosomal_S27e73-82 aa
PF00382TFIIB103-186 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G061700PF23897DUF72451370.3211.8
TkA04G061700PF23477zf_Tbcl_21290.4910.8
TkA04G061700PF24458DUF75733290.2911.8
TkA04G061700PF08271Zn_Ribbon_TF5477.2e-1658.2
TkA04G061700PF01667Ribosomal_S27e6330.001518.9
TkA04G061700PF23477zf_Tbcl_223300.4910.8
TkA04G061700PF01667Ribosomal_S27e73820.001518.9
TkA04G061700PF00382TFIIB1031867e-37126.1
TkA04G061700PF29353B0403_31352360.01715.5
TkA04G061700PF00134Cyclin_N1411993.2e-0524.4
TkA04G061700PF25318WHD_GDS11471750.04414.6
TkA04G061700PF23897DUF72451652080.3211.8
TkA04G061700PF00382TFIIB2052917e-37126.1
TkA04G061700PF00134Cyclin_N2122283.2e-0524.4
TkA04G061700PF13542HTH_Tnp_ISL32552880.03614.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS44拟南芥sp|Q9SS44|TF2B2_ARATH Transcription initiation factor IIB-289.100%Swiss-Prot高置信
P48512拟南芥sp|P48512|TF2B1_ARATH Transcription initiation factor IIB-180.800%Swiss-Prot高置信
Q8W0W3水稻sp|Q8W0W3|TF2B_ORYSJ Transcription initiation factor IIB82.700%Swiss-Prot高置信

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