TkA04G058750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G058750

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 15674744-15675551 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

723 bp · TkA04G058750|TK1151|cDNA

CTTTGACAAATGAAATGCAGGAGCTATCAAAGTTGAATGTGCATTTGTTGAATGTTGAACATATGCATTTTGACAAGTCAAATTTCCACAGTTCATGTCTGTGACAAGCTTCAAGAAGGAAGAGGTTGAATGGAAGATAACAGCGTGGAAGACTGCGAAGGTTGCTGAAATCAACAATAGGTTTAAGTGCGAGGACGCCATAATCAACGGTTGGGAGAGCGAGGAAAGTCAGAAGTCTGCTTTACGAATGAAGAAAGTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · TkA04G058750|TK1151|CDS

ATGTCTGTGACAAGCTTCAAGAAGGAAGAGGTTGAATGGAAGATAACAGCGTGGAAGACTGCGAAGGTTGCTGAAATCAACAATAGGTTTAAGTGCGAGGACGCCATAATCAACGGTTGGGAGAGCGAGGAAAGTCAGAAGTCTGCTTTACGAATGAAGAAAGTCGAGAGAAAGCTTGAAGAGAAGCGAGTAAGAGCGATGGAGAAGATGGAGAATGAGATAGCAAAAGCGCATCATAAAGCAGAAGAAAGGAGAGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · TkA04G058750|TK1151|PROTEIN

MSVTSFKKEEVEWKITAWKTAKVAEINNRFKCEDAIINGWESEESQKSALRMKKVERKLEEKRVRAMEKMENEIAKAHHKAEERRASAEAKRGTKIARVLEVANMMKAVGRSPVKNSFF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G058750`
TK1151 ID	TkA04G058750
OH-1004 ID	LXL04_036272
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 53.363 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G058750

位置 Chr04:15674744-15675551 (-)

描述 Similar to REM4.1: Remorin 4.1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57540`	与REM4.2协同正向调控对BCTV和BSCTV的易感性。	Arabidopsis thaliana Remorins Interact with SnRK1 and Play a Role in Susceptibility to Beet Curly Top Virus and Beet Severe Curly Top Virus.2014 · DOI: 10.5423/ppj.oa.06.2014.0061
`At2g41870`	与 REM4.1 协作正向调控 BCTV 和 BSCTV 易感性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036272 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:1900458 negative regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41870

ath:AT3G57540

ath:AT5G23750

dosa:Os07g0569100

sot:102577743

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.385

排名 1 · TkA04G058750 · TK1151

细胞质0.341

排名 2 · TkA04G058750 · TK1151

细胞核0.262

排名 3 · TkA04G058750 · TK1151

质体0.066

排名 4 · TkA04G058750 · TK1151

线粒体0.055

排名 5 · TkA04G058750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03763Remorin_C10-115 aa

PF10147CR6_interact28-103 aa

PF29298APHB_HrpA51-85 aa

PF00682HMGL-like54-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G058750	`PF03763`	Remorin_C	10	115	1.2e-26	93.3
TkA04G058750	`PF10147`	CR6_interact	28	103	0.37	11.2
TkA04G058750	`PF29298`	APHB_HrpA	51	85	0.34	11.8
TkA04G058750	`PF00682`	HMGL-like	54	111	0.11	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YN8`	拟南芥	sp\|Q93YN8\|RMR41_ARATH Remorin 4.1	47.500%	Swiss-Prot	中等置信
`P93758`	拟南芥	sp\|P93758\|RMR42_ARATH Remorin 4.2	68.600%	Swiss-Prot	低置信

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