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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G058500
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 15594797-15596711 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1074 bp · TkA04G058500|TK1151|cDNA

ATGCCCGTTATCGCCATTACTTCTTCCAATCGCCATTACTGCTGGTCGCCTACCTGCTCGCCATCGAATCCGATTGCTTCTCTGGACGCTCGCCATTACTTCCAATCGCCATTATGGAGATTCCGGTCTTTTGGCGATTACAGTGGTGATTGGGATCTTTATTTCTTCATCTCCATAAGGCTGATGTTACCTGCTGTTGCTACCTGTTCTTATCTACCTGTTCTTTACCCTGGAATTTGCTGTGACGAGAACGTTATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1074 bp · TkA04G058500|TK1151|CDS

ATGCCCGTTATCGCCATTACTTCTTCCAATCGCCATTACTGCTGGTCGCCTACCTGCTCGCCATCGAATCCGATTGCTTCTCTGGACGCTCGCCATTACTTCCAATCGCCATTATGGAGATTCCGGTCTTTTGGCGATTACAGTGGTGATTGGGATCTTTATTTCTTCATCTCCATAAGGCTGATGTTACCTGCTGTTGCTACCTGTTCTTATCTACCTGTTCTTTACCCTGGAATTTGCTGTGACGAGAACGTTATCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

357 aa · TkA04G058500|TK1151|PROTEIN

MPVIAITSSNRHYCWSPTCSPSNPIASLDARHYFQSPLWRFRSFGDYSGDWDLYFFISIRLMLPAVATCSYLPVLYPGICCDENVIFDSRAVAHALTPIFISNRSSSFKRHCSQSSPSEFSTKPILNHQLPGPVSIISSFAQNDLPILALQYFKKMIDYGIRPDDHIFPSALKASAILSNYNIGRSVHCLSLKTRYDSDVFVASSVVDMYAKCGQIQDARNMFDEMPVKNVVSWSGMIYGYSQLNENEEALLLFKQALSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G058500
TK1151 IDTkA04G058500
OH-1004 IDLXL04_036278
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)81.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 90.476 / OH-1004 43.869
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G058500
位置Chr04:15594797-15596711 (+)
描述Similar to PCMP-H52: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g52630 假定含五聚肽重复序列蛋白 At5g52630。 暂无已核实直接文献
At5g04780 含五肽重复的蛋白 At5g04780，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g33680 含五肽重复序列的蛋白 At2g33680。 暂无已核实直接文献
At4g18520 对正常叶绿体发育是必需的。
Seedling Lethal1, a pentatricopeptide repeat protein lacking an E/E+ or DYW domain in Arabidopsis, is involved in plastid gene expression and early chloroplast development.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.227199
PPR protein PDM1/SEL1 is involved in RNA editing and splicing of plastid genes in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1007/s11120-015-0171-4
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036278 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G24000
ath:AT4G02750
ath:AT5G52630
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.518
排名 1 · TkA04G058500 · TK1151
线粒体0.312
排名 2 · TkA04G058500 · TK1151
细胞核0.077
排名 3 · TkA04G058500 · TK1151
细胞质0.048
排名 4 · TkA04G058500 · TK1151
细胞膜0.008
排名 5 · TkA04G058500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR135-161 aa
PF13041PPR_2136-166 aa
PF29070MSC6_N136-180 aa
PF17177PPR_long149-231 aa
PF00515TPR_1149-157 aa
PF13041PPR_2199-231 aa
PF01535PPR204-230 aa
PF12854PPR_1204-226 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G058500PF01535PPR1351611e-2073.2
TkA04G058500PF13041PPR_21361662.5e-1763.4
TkA04G058500PF29070MSC6_N1361800.004516.8
TkA04G058500PF17177PPR_long1492310.07613.1
TkA04G058500PF00515TPR_11491570.08413.4
TkA04G058500PF13041PPR_21992312.5e-1763.4
TkA04G058500PF01535PPR2042301e-2073.2
TkA04G058500PF12854PPR_12042262.5e-0524.6
TkA04G058500PF29070MSC6_N2062750.004516.8
TkA04G058500PF13374TPR_102082250.1113.3
TkA04G058500PF00515TPR_12092240.08413.4
TkA04G058500PF13041PPR_22292772.5e-1763.4
TkA04G058500PF12854PPR_12302562.5e-0524.6
TkA04G058500PF01535PPR2322591e-2073.2
TkA04G058500PF00515TPR_12342590.08413.4
TkA04G058500PF13374TPR_102412580.1113.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTF4拟南芥sp|Q9LTF4|PP429_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5263067.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LZ19拟南芥sp|Q9LZ19|PP364_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780, mitochondrial38.400%Swiss-Prot中等置信
P93005拟南芥sp|P93005|PP181_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3368035.600%Swiss-Prot中等置信
Q0WNP3拟南芥sp|Q0WNP3|PP319_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g18520, chloroplastic34.300%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic32.900%Swiss-Prot中等置信

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