TkA04G048470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G048470

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 12990412-12998379 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1840 bp · TkA04G048470|TK1151|cDNA

TTTCCCTTTCATTTCCAGCCACATATCCTCAAAATAGAACACTACCATATCAATTCGCCAGGTCGTCATCATATATATTTGAAGATACTCAGTTCATTAATTGCAGTTGAAGAAGACCATGTCGTATTATGTCCGCCTTCTTGTTCTTTCTCTTTTTCTTATGATCAGAAACTATGACAATAAACTATGACAATGTATACGGTGTGGTTGATGAATATCGAAGAGATGATTTCCCTGCTGAATTCGTTTTTGGTTCCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · TkA04G048470|TK1151|CDS

ATGTCGTATTATGTCCGCCTTCTTGTTCTTTCTCTTTTTCTTATGATCAGAAACTATGACAATGTATACGGTGTGGTTGATGAATATCGAAGAGATGATTTCCCTGCTGAATTCGTTTTTGGTTCCGCAACCTCAGCTTATCAGTTGAAGAAGACCATGTCGTATTATGTCCGCCTTCTTGTTCTTTCTCTTTTTCTTATGATCAGAAACTATGACAATGTATACGGTGTGGTTGATGAATATCGAAGAGATGATTTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

565 aa · TkA04G048470|TK1151|PROTEIN

MSYYVRLLVLSLFLMIRNYDNVYGVVDEYRRDDFPAEFVFGSATSAYQLKKTMSYYVRLLVLSLFLMIRNYDNVYGVVDEYRRDDFPAEFVFGSATSAYQVEGAVVEDGRSFSIWDTFAHLGGPWYNGADGDIACDGYHKYKDDIQLMADIGLEAFRFSISWSRLIPNGRGTVNVKGLQFYNDFINNLIAHGIEPHVTLHHHDLPQILEDEYGGWLSRKSVKDFVAYADVCFREFGDRVLHWTTINEGNVFSLGGYDFGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G048470`
TK1151 ID	TkA04G048470
OH-1004 ID	LXL04_037063
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.230 / OH-1004 55.739 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G048470

位置 Chr04:12990412-12998379 (+)

描述 Similar to LCT: Lactase-phlorizin hydrolase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02850`	β-葡萄糖苷酶 11。	暂无已核实直接文献
`At4g22100`	β-葡萄糖苷酶3。	暂无已核实直接文献
`At1g45191`	β-葡萄糖苷酶 1。	暂无已核实直接文献
`At1g60270`	推定β-葡萄糖苷酶6。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0366600`	β-葡萄糖苷酶22。	暂无已核实直接文献
`Os05g0366000`	β-葡萄糖苷酶21。	暂无已核实直接文献
`Os05g0365700`	β-葡萄糖苷酶 20。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037063 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0005990 lactose catabolic process 生物过程

GO:0007584 response to nutrient 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0010040 response to iron(II) ion 生物过程

GO:0010045 response to nickel cation 生物过程

GO:0010288 response to lead ion 生物过程

GO:0042594 response to starvation 生物过程

GO:0043627 response to estrogen 生物过程

GO:0045471 response to ethanol 生物过程

KEGG 基因交叉引用

hsa:3938

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.498

排名 1 · TkA04G048470 · TK1151

内质网0.186

排名 2 · TkA04G048470 · TK1151

细胞膜0.127

排名 3 · TkA04G048470 · TK1151

细胞质0.095

排名 4 · TkA04G048470 · TK1151

细胞外0.067

排名 5 · TkA04G048470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12645HTH_163-32 aa

PF07127Nodulin_late3-20 aa

PF16069DUF48117-27 aa

PF00232Glyco_hydro_132-49 aa

PF07127Nodulin_late54-72 aa

PF12645HTH_1655-84 aa

PF16069DUF481157-79 aa

PF00232Glyco_hydro_184-546 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G048470	`PF12645`	HTH_16	3	32	0.032	15.0
TkA04G048470	`PF07127`	Nodulin_late	3	20	0.48	11.5
TkA04G048470	`PF16069`	DUF4811	7	27	0.26	11.8
TkA04G048470	`PF00232`	Glyco_hydro_1	32	49	8.2e-148	493.4
TkA04G048470	`PF07127`	Nodulin_late	54	72	0.48	11.5
TkA04G048470	`PF12645`	HTH_16	55	84	0.032	15.0
TkA04G048470	`PF16069`	DUF4811	57	79	0.26	11.8
TkA04G048470	`PF00232`	Glyco_hydro_1	84	546	8.2e-148	493.4
TkA04G048470	`PF00150`	Cellulase	140	216	0.00065	20.0
TkA04G048470	`PF12645`	HTH_16	178	188	0.032	15.0
TkA04G048470	`PF12645`	HTH_16	444	457	0.032	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B3H5Q1`	拟南芥	sp\|B3H5Q1\|BGL11_ARATH Beta-glucosidase 11	57.300%	Swiss-Prot	高置信
`O65458`	拟南芥	sp\|O65458\|BGL03_ARATH Beta-glucosidase 3	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q3ECW8`	拟南芥	sp\|Q3ECW8\|BGL01_ARATH Beta-glucosidase 1	55.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q682B4`	拟南芥	sp\|Q682B4\|BGL06_ARATH Putative beta-glucosidase 6	66.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q60DX8`	水稻	sp\|Q60DX8\|BGL22_ORYSJ Beta-glucosidase 22	56.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q60DY1`	水稻	sp\|Q60DY1\|BGL21_ORYSJ Beta-glucosidase 21	57.200%	Swiss-Prot	高置信
`B9FHH2`	水稻	sp\|B9FHH2\|BGL20_ORYSJ Beta-glucosidase 20	58.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情