TkA04G043800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G043800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11783080-11784308 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

801 bp · TkA04G043800|TK1151|cDNA

GTTGAGGCGCATCGTAAAACACATATATCGCGGCGGTCAAATAAATATGTCGGCGAAAGGGGTTTACCGGTTCTCTTCATCTCCACTATTCCGATGGATGTCGCGACGTCACTCCTCCAGCAAATTGTTCGTCGGAGGTATGTATAATGGTGATATATGTATGCACACAGGGCTTTCGTATGATACCAATGAACCAGTGTTGAAACATGTATTTGGGCAGCATGGAGAGTTAATTGAAGTTAAAGTTATATGCGATCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

348 bp · TkA04G043800|TK1151|CDS

ATGTCGGCGAAAGGGGTTTACCGGTTCTCTTCATCTCCACTATTCCGATGGATGTCGCGACGTCACTCCTCCAGCAAATTGTTCGTCGGAGGTATGTATAATGGTGATATATGTATGCACACAGGGCTTTCGTATGATACCAATGAACCAGTGTTGAAACATGTATTTGGGCAGCATGGAGAGTTAATTGAAGTTAAAGTTATATGCGATCACAAGAGTGGGAAATCAAAAGGATATGGATTTGTGCAGTTTGTTTCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

115 aa · TkA04G043800|TK1151|PROTEIN

MSAKGVYRFSSSPLFRWMSRRHSSSKLFVGGMYNGDICMHTGLSYDTNEPVLKHVFGQHGELIEVKVICDHKSGKSKGYGFVQFVSEESASKALTEMDGQVVDGRNIRIHYANKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G043800`
TK1151 ID	TkA04G043800
OH-1004 ID	LXL04_014533
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	41.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.609 / OH-1004 57.534 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G043800

位置 Chr04:11783080-11784308 (-)

描述 Similar to RBG2: Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13850`	促进若干线粒体 RNA（包括 NAD5 转录本）的顺式剪接和编辑。	暂无已核实直接文献
`At3g20930`	参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。	An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006858 extracellular transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0050658 RNA transport 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74230

ath:AT3G23830

ath:AT4G13850

ath:AT5G47320

ath:AT5G61030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.870

排名 1 · TkA04G043800 · TK1151

细胞质0.079

排名 2 · TkA04G043800 · TK1151

细胞核0.058

排名 3 · TkA04G043800 · TK1151

质体0.056

排名 4 · TkA04G043800 · TK1151

细胞外0.014

排名 5 · TkA04G043800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11608RRM_MARF16-12 aa

PF00076RRM_142-108 aa

PF28441RRM_1142-110 aa

PF22976RRM_1046-111 aa

PF16842RRM_occluded47-109 aa

PF26250RRM_RdRP1_260-94 aa

PF28442DUF840063-109 aa

PF11608RRM_MARF173-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G043800	`PF11608`	RRM_MARF1	6	12	0.17	12.8
TkA04G043800	`PF00076`	RRM_1	42	108	6.8e-19	68.2
TkA04G043800	`PF28441`	RRM_11	42	110	0.01	16.9
TkA04G043800	`PF22976`	RRM_10	46	111	0.1	13.5
TkA04G043800	`PF16842`	RRM_occluded	47	109	0.008	16.7
TkA04G043800	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	60	94	0.0022	19.1
TkA04G043800	`PF28442`	DUF8400	63	109	0.082	13.8
TkA04G043800	`PF11608`	RRM_MARF1	73	109	0.17	12.8
TkA04G043800	`PF29326`	RRM_MUD2_C	78	113	0.14	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVM8`	拟南芥	sp\|Q9SVM8\|RBG2_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8L440`	拟南芥	sp\|Q8L440\|ORRM1_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic	45.300%	Swiss-Prot	中等置信

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