TkA04G033890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G033890

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 9099871-9102415 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1855 bp · TkA04G033890|TK1151|cDNA

TTGAAAACTACAAACAAACATTAATTAATTACACGATGATTTTAATTGTTCGAGCTCTCTTGCTTTTCTCCCTTGCTTTTACTACATTCGCAGAAATACACCACCATGAGTTTAAAGTTCAAGAACTAGCTGTACGGAGGCTTTGTAGAAACCATAGAGTAGTAATGGTCAACGGACAGTTTCCAGGACCGACTCTACAAGTAAGAAATGGCGACAGTCTTGTTGTCAAAGTCACAAATGCTGCTCCTTATAATGTCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1668 bp · TkA04G033890|TK1151|CDS

ATGATTTTAATTGTTCGAGCTCTCTTGCTTTTCTCCCTTGCTTTTACTACATTCGCAGAAATACACCACCATGAGTTTAAAGTTCAAGAACTAGCTGTACGGAGGCTTTGTAGAAACCATAGAGTAGTAATGGTCAACGGACAGTTTCCAGGACCGACTCTACAAGTAAGAAATGGCGACAGTCTTGTTGTCAAAGTCACAAATGCTGCTCCTTATAATGTCACAATCCATTGGCATGGAATTCGTCAACTGAGAAACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

555 aa · TkA04G033890|TK1151|PROTEIN

MILIVRALLLFSLAFTTFAEIHHHEFKVQELAVRRLCRNHRVVMVNGQFPGPTLQVRNGDSLVVKVTNAAPYNVTIHWHGIRQLRNPWADGPEYVTQCPIQPGGSYTYRFTITDQEGTLWWHAHSRWLRTTVYGALVIRPKLGSPYPFPTPKIEFPVVLGEWWDRKVISVLRQALFTGAAPNVSDAITINGQPGDLFRCSSQGTTKLIVNQGDTVLLRVINAALNQQLFFSVANHQLTVVATDAIYTKQFTTNVIMVGPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G033890`
TK1151 ID	TkA04G033890
OH-1004 ID	LXL04_036610
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G033890

位置 Chr04:9099871-9102415 (+)

描述 Similar to LAC3: Laccase-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30210`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At5g07130`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At5g05390`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At2g40370`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0827300`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046274 lignin catabolic process 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0048226 Casparian strip 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0052716 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30210

ath:AT2G40370

ath:AT5G05390

ath:AT5G07130

dosa:Os01g0827300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.960

排名 1 · TkA04G033890 · TK1151

细胞质0.020

排名 2 · TkA04G033890 · TK1151

细胞膜0.014

排名 3 · TkA04G033890 · TK1151

内质网0.009

排名 4 · TkA04G033890 · TK1151

细胞核0.006

排名 5 · TkA04G033890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732Cu-oxidase_328-141 aa

PF00394Cu-oxidase38-69 aa

PF07731Cu-oxidase_251-127 aa

PF17357FIT1_253-76 aa

PF02753PapD_C57-111 aa

PF17357FIT1_295-121 aa

PF00394Cu-oxidase155-304 aa

PF17357FIT1_2204-278 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G033890	`PF07732`	Cu-oxidase_3	28	141	8.1e-46	155.7
TkA04G033890	`PF00394`	Cu-oxidase	38	69	1.8e-44	152.3
TkA04G033890	`PF07731`	Cu-oxidase_2	51	127	2.3e-46	157.7
TkA04G033890	`PF17357`	FIT1_2	53	76	0.24	12.3
TkA04G033890	`PF02753`	PapD_C	57	111	0.031	15.2
TkA04G033890	`PF17357`	FIT1_2	95	121	0.24	12.3
TkA04G033890	`PF00394`	Cu-oxidase	155	304	1.8e-44	152.3
TkA04G033890	`PF17357`	FIT1_2	204	278	0.24	12.3
TkA04G033890	`PF07732`	Cu-oxidase_3	206	277	8.1e-46	155.7
TkA04G033890	`PF07731`	Cu-oxidase_2	246	278	2.3e-46	157.7
TkA04G033890	`PF02753`	PapD_C	249	273	0.031	15.2
TkA04G033890	`PF07731`	Cu-oxidase_2	404	537	2.3e-46	157.7
TkA04G033890	`PF00394`	Cu-oxidase	483	524	1.8e-44	152.3
TkA04G033890	`PF07732`	Cu-oxidase_3	506	537	8.1e-46	155.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56YT0`	拟南芥	sp\|Q56YT0\|LAC3_ARATH Laccase-3	68.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LYQ2`	拟南芥	sp\|Q9LYQ2\|LAC13_ARATH Laccase-13	67.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLB5`	拟南芥	sp\|Q9FLB5\|LAC12_ARATH Laccase-12	65.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SIY8`	拟南芥	sp\|Q9SIY8\|LAC5_ARATH Laccase-5	63.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q941X2`	水稻	sp\|Q941X2\|LAC3_ORYSJ Laccase-3	64.400%	Swiss-Prot	高置信

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