TkA04G033860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G033860

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 9075478-9081944 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3325 bp · TkA04G033860|TK1151|cDNA

TCGGATTCTGATTCCTCTGATAATGTGCACGTCCAAACAACCCTAACTCCTATTCTCGTGTATTCCCGTTTTCAACTCCGTTATCTCTCGTTCAAGAAAAAACAACGTCTTCCATCTTCTCTACCCTTTCTCGCCGTTGCCAAAAACCCTAACAACTCTATAATGGCGTCGAAATTCGGGATGGCCGGCGGCATACCGGAGCGCCGTGTCCGGCCTGTTTGGGACGCAATCGACTCTCGACAGTTTAAAAATGCACTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3201 bp · TkA04G033860|TK1151|CDS

TCGGATTCTGATTCCTCTGATAATGTGCACGTCCAAACAACCCTAACTCCTATTCTCGTGTATTCCCGTTTTCAACTCCGTTATCTCTCGTTCAAGAAAAAACAACGTCTTCCATCTTCTCTACCCTTTCTCGCCGTTGCCAAAAACCCTAACAACTCTATAATGGCGTCGAAATTCGGGATGGCCGGCGGCATACCGGAGCGCCGTGTCCGGCCTGTTTGGGACGCAATCGACTCTCGACAGTTTAAAAATGCACTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1066 aa · TkA04G033860|TK1151|PROTEIN

SDSDSSDNVHVQTTLTPILVYSRFQLRYLSFKKKQRLPSSLPFLAVAKNPNNSIMASKFGMAGGIPERRVRPVWDAIDSRQFKNALKLSTTLLSKYPNSSYALALKALILERMGKLDEALSVCINAKELLYKNDLILIDDLTLSTLQIVFQRLDHLDMATSCYEYACGKFPNNLELMMGLFNCYVREYSFVKQQQIAIKMYKIAGEERFLLWAVCSIQLQVFCGNGGEKLLQLAEGLLKKHIASHSLHEPEALSVYISLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G033860`
TK1151 ID	TkA04G033860
OH-1004 ID	LXL04_001050
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 10.882 / OH-1004 73.885 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G033860

位置 Chr04:9075478-9081944 (+)

描述 Similar to NAA25: N-terminal acetyltransferase B complex auxiliary subunit NAA25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58450`	NatB N-α-乙酰转移酶复合物的辅助亚基。	Mutation of an Arabidopsis NatB N-alpha-terminal acetylation complex component causes pleiotropic developmental defects.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0080697

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001050 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002253 activation of immune response 生物过程

GO:0006911 phagocytosis, engulfment 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0010592 positive regulation of lamellipodium assembly 生物过程

GO:0030042 actin filament depolymerization 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G58450

dme:Dmel_CG4845

hsa:80018

mmu:231713

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.684

排名 1 · TkA04G033860 · TK1151

细胞质0.338

排名 2 · TkA04G033860 · TK1151

线粒体0.037

排名 3 · TkA04G033860 · TK1151

内质网0.036

排名 4 · TkA04G033860 · TK1151

高尔基体0.033

排名 5 · TkA04G033860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13431TPR_1745-53 aa

PF31234TPR_Psidin_N67-312 aa

PF13432TPR_1674-121 aa

PF14559TPR_1976-122 aa

PF13371TPR_977-120 aa

PF12895ANAPC379-126 aa

PF13428TPR_1480-107 aa

PF25064ARM_TT21_5th80-129 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G033860	`PF13431`	TPR_17	45	53	0.0049	17.7
TkA04G033860	`PF31234`	TPR_Psidin_N	67	312	8.5e-79	265.2
TkA04G033860	`PF13432`	TPR_16	74	121	6.4e-07	30.4
TkA04G033860	`PF14559`	TPR_19	76	122	3.2e-07	31.3
TkA04G033860	`PF13371`	TPR_9	77	120	0.001	19.8
TkA04G033860	`PF12895`	ANAPC3	79	126	0.11	13.5
TkA04G033860	`PF13428`	TPR_14	80	107	4.7e-07	30.6
TkA04G033860	`PF25064`	ARM_TT21_5th	80	129	0.0048	17.9
TkA04G033860	`PF14853`	Fis1_TPR_C	80	114	0.14	13.0
TkA04G033860	`PF13174`	TPR_6	81	99	0.0042	18.4
TkA04G033860	`PF12569`	NatA_aux_su	81	129	0.15	11.6
TkA04G033860	`PF13431`	TPR_17	91	120	0.0049	17.7
TkA04G033860	`PF07719`	TPR_2	101	123	1.9e-06	28.2
TkA04G033860	`PF00515`	TPR_1	101	128	0.012	16.1
TkA04G033860	`PF13176`	TPR_7	102	129	0.00023	21.7
TkA04G033860	`PF13181`	TPR_8	102	123	0.03	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KEY9`	拟南芥	sp\|F4KEY9\|NAA25_ARATH N-terminal acetyltransferase B complex auxiliary subunit NAA25	59.600%	Swiss-Prot	高置信

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