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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G033310
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 8909531-8910855 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

354 bp · TkA04G033310|TK1151|cDNA

ATGCTGACGGCCGACATACCACCGAACCAGACAATTTACGTCAAGAATCTCAACGAGAAGGTCAAGAAAGAAGGCCGAAAGAAAAAAGATCCACATGCTCCACAACCTACTAATGGAGCTAGACCCGACACGAATGGCACCCCTGCTGGGTCATATGGAATGGGAGAGGACATGTTGGAGCTTCTGTTCAAACAGTTTCCTGGATTTAAGGAAAGTGAGAATGATAGATGCGAACCGGGAATTGCGTTTGTGGAGTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

354 bp · TkA04G033310|TK1151|CDS

ATGCTGACGGCCGACATACCACCGAACCAGACAATTTACGTCAAGAATCTCAACGAGAAGGTCAAGAAAGAAGGCCGAAAGAAAAAAGATCCACATGCTCCACAACCTACTAATGGAGCTAGACCCGACACGAATGGCACCCCTGCTGGGTCATATGGAATGGGAGAGGACATGTTGGAGCTTCTGTTCAAACAGTTTCCTGGATTTAAGGAAAGTGAGAATGATAGATGCGAACCGGGAATTGCGTTTGTGGAGTTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

117 aa · TkA04G033310|TK1151|PROTEIN

MLTADIPPNQTIYVKNLNEKVKKEGRKKKDPHAPQPTNGARPDTNGTPAGSYGMGEDMLELLFKQFPGFKESENDRCEPGIAFVEFDDDNQSSTAMQSLQGFKITPQKLMAISYAKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G033310
TK1151 IDTkA04G033310
OH-1004 IDLXL04_018896
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)55.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 51.282 / OH-1004 24.590
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G033310
位置Chr04:8909531-8910855 (+)
描述Similar to U1A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g06960 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
At2g30260 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: B8AM21 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
Os03g0298800 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2Y0J7 参与细胞核预mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000354 cis assembly of pre-catalytic spliceosome 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分
GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06960
ath:AT2G30260
ath:AT2G47580
dosa:Os05g0154800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.584
排名 1 · TkA04G033310 · TK1151
细胞质0.342
排名 2 · TkA04G033310 · TK1151
细胞外0.193
排名 3 · TkA04G033310 · TK1151
细胞膜0.043
排名 4 · TkA04G033310 · TK1151
线粒体0.039
排名 5 · TkA04G033310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_112-24 aa
PF00076RRM_152-106 aa
PF29326RRM_MUD2_C80-110 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G033310PF00076RRM_112241.4e-0732.0
TkA04G033310PF00076RRM_1521061.4e-0732.0
TkA04G033310PF29326RRM_MUD2_C801100.2412.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8H1S6拟南芥sp|Q8H1S6|RU2B2_ARATH U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' 266.700%Swiss-Prot中等置信
O22922拟南芥sp|O22922|RU2B1_ARATH U2 small nuclear ribonucleoprotein B''66.700%Swiss-Prot中等置信
B8AM21水稻sp|B8AM21|RU2B_ORYSI U2 small nuclear ribonucleoprotein B''65.000%Swiss-Prot中等置信
Q10MR0水稻sp|Q10MR0|RU2B_ORYSJ U2 small nuclear ribonucleoprotein B''65.000%Swiss-Prot中等置信
A2Y0J7水稻sp|A2Y0J7|RU1A_ORYSI U1 small nuclear ribonucleoprotein A58.300%Swiss-Prot中等置信

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