TkA04G032890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G032890

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 8796617-8800972 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2004 bp · TkA04G032890|TK1151|cDNA

ATGGCGGAAGTGCATTCGACTTCGTCGTCTACGGCCGCAAAACCAGCGACTAGCCCCGATCCCGAAGCGATTCCCAACGAGAAATGGGTCGCCGGCGAAGACCCGATTCTTCAGGTGTTGAATTGTGTATACCCTACATTGGATTCGGAAGAGAAGAGGAAAGACGTGATTGAATTCATGCAGAAGCTCATCAGAAGTTCACTCGGAGTTGAGGTGTTCCCATATGGTTCAACACCACTCAAGACTTATCTCCCTGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2004 bp · TkA04G032890|TK1151|CDS

ATGGCGGAAGTGCATTCGACTTCGTCGTCTACGGCCGCAAAACCAGCGACTAGCCCCGATCCCGAAGCGATTCCCAACGAGAAATGGGTCGCCGGCGAAGACCCGATTCTTCAGGTGTTGAATTGTGTATACCCTACATTGGATTCGGAAGAGAAGAGGAAAGACGTGATTGAATTCATGCAGAAGCTCATCAGAAGTTCACTCGGAGTTGAGGTGTTCCCATATGGTTCAACACCACTCAAGACTTATCTCCCTGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

667 aa · TkA04G032890|TK1151|PROTEIN

MAEVHSTSSSTAAKPATSPDPEAIPNEKWVAGEDPILQVLNCVYPTLDSEEKRKDVIEFMQKLIRSSLGVEVFPYGSTPLKTYLPDGDIDFTAIGPPGRGNILPHDVLHLLQAQEYYGNNEFEIRDVTFIDAEVKLVKCIVSGIVIDISFNMLGGLCTLCFLEQVDRHIGNDHIFKRSIILIKTWCFYESRLLGANYGLLSTYALAVLVLYIFQVFGASITSPLMALYRFLDYYSKFDWDNYCINLNGVVNKSSLPDIVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G032890`
TK1151 ID	TkA04G032890
OH-1004 ID	LXL04_036639
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G032890`
位置	Chr04:8796617-8800972 (+)
描述	Similar to HESO1: Protein HESO1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036639` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0010587 miRNA catabolic process 生物过程 GO:0016077 sno(s)RNA catabolic process 生物过程 GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程 GO:0034475 U4 snRNA 3'-end processing 生物过程 GO:0043634 polyadenylation-dependent ncRNA catabolic process 生物过程 GO:0071035 nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process 生物过程 GO:0071038 TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway 生物过程 GO:0071040 nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process 生物过程 GO:0140746 siRNA catabolic process 生物过程 GO:1990431 priRNA 3'-end processing 生物过程 GO:0000932 P-body 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G39740 spo:3361384 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · TkA04G032890 · TK1151

细胞核0.361

排名 2 · TkA04G032890 · TK1151

细胞膜0.089

排名 3 · TkA04G032890 · TK1151

内质网0.064

排名 4 · TkA04G032890 · TK1151

溶酶体／液泡0.051

排名 5 · TkA04G032890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22600MTPAP-like_central36-156 aa

PF01909NTP_transf_257-119 aa

PF22812CR_prot_dom_plant114-162 aa

PF26180PAP-OAS1169-361 aa

PF17406Nrap_D5175-248 aa

PF03828PAP_assoc227-248 aa

PF22600MTPAP-like_central269-292 aa

PF03828PAP_assoc298-313 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G032890	`PF22600`	MTPAP-like_central	36	156	9.4e-05	23.2
TkA04G032890	`PF01909`	NTP_transf_2	57	119	0.0035	18.4
TkA04G032890	`PF22812`	CR_prot_dom_plant	114	162	1.2	10.4
TkA04G032890	`PF26180`	PAP-OAS1	169	361	1.1e-84	283.8
TkA04G032890	`PF17406`	Nrap_D5	175	248	0.21	12.1
TkA04G032890	`PF03828`	PAP_assoc	227	248	0.0007	20.6
TkA04G032890	`PF22600`	MTPAP-like_central	269	292	9.4e-05	23.2
TkA04G032890	`PF03828`	PAP_assoc	298	313	0.0007	20.6
TkA04G032890	`PF22812`	CR_prot_dom_plant	524	533	1.2	10.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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