TkA04G028670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G028670

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7555702-7556157 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

456 bp · TkA04G028670|TK1151|cDNA

ATGGACCTCTCCGATCTCCACCACCTTTTCCAGATGTTCGATCACAATGGTGATGGCAAGATCAGCATCCAAGAGCTATCAAAGTCTCTTGAAAGCCTCGGGATTGACATTCCTGATGCTGATCTTGCACACATGATCGATCATGTAGATACAGACGGTGATGGGATGGTGAACATGGACGAGTTTACAGGGTTGTATAAGATGATATTAATGGAGGAGGAGAGGGACGAAGAAGAGGATCTTCGAGAGGCGTTTAATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

456 bp · TkA04G028670|TK1151|CDS

ATGGACCTCTCCGATCTCCACCACCTTTTCCAGATGTTCGATCACAATGGTGATGGCAAGATCAGCATCCAAGAGCTATCAAAGTCTCTTGAAAGCCTCGGGATTGACATTCCTGATGCTGATCTTGCACACATGATCGATCATGTAGATACAGACGGTGATGGGATGGTGAACATGGACGAGTTTACAGGGTTGTATAAGATGATATTAATGGAGGAGGAGAGGGACGAAGAAGAGGATCTTCGAGAGGCGTTTAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

151 aa · TkA04G028670|TK1151|PROTEIN

MDLSDLHHLFQMFDHNGDGKISIQELSKSLESLGIDIPDADLAHMIDHVDTDGDGMVNMDEFTGLYKMILMEEERDEEEDLREAFNVFDKNGDGFISVEELQSVMMSLGLRQGRTIEDCQLMVNKVDVDGDGMVDYKEFRHMMKGGDFAAL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G028670`
TK1151 ID	TkA04G028670
OH-1004 ID	LXL04_036702
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G028670

位置 Chr04:7555702-7556157 (+)

描述 Similar to CML3: Calmodulin-like protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07490`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At4g12860`	潜在的钙离子感受器，所需于花粉管对胚珠受精的吸引。	暂无已核实直接文献
`At2g43290`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0228800`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os02g0606600`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036702 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05990

ath:AT2G43290

ath:AT3G07490

ath:AT3G59440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.676

排名 1 · TkA04G028670 · TK1151

细胞核0.328

排名 2 · TkA04G028670 · TK1151

过氧化物酶体0.094

排名 3 · TkA04G028670 · TK1151

内质网0.077

排名 4 · TkA04G028670 · TK1151

线粒体0.059

排名 5 · TkA04G028670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20742DUF5580_M2-67 aa

PF13499EF-hand_74-67 aa

PF13833EF-hand_84-31 aa

PF24548EF_EFCAB10_C4-48 aa

PF25825SAPC2_N4-75 aa

PF13405EF-hand_65-34 aa

PF00036EF-hand_16-31 aa

PF23564EF-hand_FSTL16-31 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G028670	`PF20742`	DUF5580_M	2	67	0.14	12.9
TkA04G028670	`PF13499`	EF-hand_7	4	67	5.7e-34	117.0
TkA04G028670	`PF13833`	EF-hand_8	4	31	1.6e-16	60.5
TkA04G028670	`PF24548`	EF_EFCAB10_C	4	48	6.4e-11	42.5
TkA04G028670	`PF25825`	SAPC2_N	4	75	3.7e-06	27.4
TkA04G028670	`PF13405`	EF-hand_6	5	34	1.5e-28	96.5
TkA04G028670	`PF00036`	EF-hand_1	6	31	1.7e-31	106.1
TkA04G028670	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	6	31	1.3e-09	39.1
TkA04G028670	`PF21008`	AIF-1	6	79	9.2e-09	36.4
TkA04G028670	`PF30624`	EF_SSP120	7	25	1.2e-05	26.6
TkA04G028670	`PF05042`	Caleosin	7	45	0.00018	22.2
TkA04G028670	`PF13202`	EF-hand_5	8	28	1.1e-29	101.2
TkA04G028670	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	8	26	2.4e-07	31.8
TkA04G028670	`PF17959`	EF-hand_14	8	51	2.7e-06	28.3
TkA04G028670	`PF22592`	FCaBP_EF-hand	8	32	7.2e-06	27.0
TkA04G028670	`PF14658`	EF-hand_9	9	63	1.4e-08	35.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRR7`	拟南芥	sp\|Q9SRR7\|CML3_ARATH Calmodulin-like protein 3	59.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SU00`	拟南芥	sp\|Q9SU00\|CML2_ARATH Calmodulin-like protein 2	53.600%	Swiss-Prot	高置信
`O22845`	拟南芥	sp\|O22845\|CML5_ARATH Calmodulin-like protein 5	45.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2QVI1`	水稻	sp\|Q2QVI1\|CML28_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML28	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0DZP5`	水稻	sp\|Q0DZP5\|CML17_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML17	43.300%	Swiss-Prot	中等置信

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