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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G028090
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7425377-7426053 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

375 bp · TkA04G028090|TK1151|cDNA

ATGCCTGAAAGAGATGTTATTTCATATACCACACTAATCGACGGGTTTGTGAAGAAAGGGGCATCCAGAAAGTCCCTCAACTATTTCTACCAGATGCAAAAAGATGGTTTCAAGCCAGATGAAGTGACCTTCACTGGTGCCCTTACTGCATGTACCCATGGTGGCTTAATCAATGAAAGTTTAAAACTTTTTGACATGATGAAACAAGACTACAAAATAACCCCAAGAATTGAACATTGCGGATGTCTAGTAGATCTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

375 bp · TkA04G028090|TK1151|CDS

ATGCCTGAAAGAGATGTTATTTCATATACCACACTAATCGACGGGTTTGTGAAGAAAGGGGCATCCAGAAAGTCCCTCAACTATTTCTACCAGATGCAAAAAGATGGTTTCAAGCCAGATGAAGTGACCTTCACTGGTGCCCTTACTGCATGTACCCATGGTGGCTTAATCAATGAAAGTTTAAAACTTTTTGACATGATGAAACAAGACTACAAAATAACCCCAAGAATTGAACATTGCGGATGTCTAGTAGATCTTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

124 aa · TkA04G028090|TK1151|PROTEIN

MPERDVISYTTLIDGFVKKGASRKSLNYFYQMQKDGFKPDEVTFTGALTACTHGGLINESLKLFDMMKQDYKITPRIEHCGCLVDLYSRARMLKQALNVIQNMPMKPNEVILGSVLAACGQLEM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G028090
TK1151 IDTkA04G028090
OH-1004 IDLXL04_013391
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)41.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.968 / OH-1004 21.795
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G028090
位置Chr04:7425377-7426053 (-)
描述Similar to PCMP-E27: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g05750 含五肽重复序列蛋白 At1g05750，叶绿体蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g14820 含五重复肽的蛋白 At4g14820。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献
At5g59200 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013391 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G29230
ath:AT3G49142
ath:AT4G37380
ath:AT5G06540
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.613
排名 1 · TkA04G028090 · TK1151
质体0.174
排名 2 · TkA04G028090 · TK1151
细胞质0.052
排名 3 · TkA04G028090 · TK1151
细胞核0.047
排名 4 · TkA04G028090 · TK1151
过氧化物酶体0.010
排名 5 · TkA04G028090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_24-51 aa
PF12854PPR_14-20 aa
PF13812PPR_35-51 aa
PF01535PPR7-37 aa
PF23276TPR_248-70 aa
PF29070MSC6_N10-101 aa
PF17177PPR_long19-103 aa
PF13812PPR_331-76 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G028090PF13041PPR_24516e-1659.0
TkA04G028090PF12854PPR_14201.1e-0938.6
TkA04G028090PF13812PPR_35517.1e-0936.3
TkA04G028090PF01535PPR7374.8e-1658.5
TkA04G028090PF23276TPR_248702.7e-0524.8
TkA04G028090PF29070MSC6_N101010.09112.6
TkA04G028090PF17177PPR_long191035.7e-0523.3
TkA04G028090PF13812PPR_331767.1e-0936.3
TkA04G028090PF12854PPR_135681.1e-0938.6
TkA04G028090PF01535PPR42694.8e-1658.5
TkA04G028090PF13627LptM_cons44517.97.2
TkA04G028090PF13041PPR_249696e-1659.0
TkA04G028090PF13812PPR_3721087.1e-0936.3
TkA04G028090PF23276TPR_24721052.7e-0524.8
TkA04G028090PF01535PPR811044.8e-1658.5
TkA04G028090PF13041PPR_2811046e-1659.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MA50拟南芥sp|Q9MA50|PPR13_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05750, chloroplastic61.300%Swiss-Prot高置信
O23337拟南芥sp|O23337|PP311_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1482043.300%Swiss-Prot中等置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654046.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FIF7拟南芥sp|Q9FIF7|PP435_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59200, chloroplastic42.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LS72拟南芥sp|Q9LS72|PP261_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923042.000%Swiss-Prot中等置信

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