TkA04G024900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G024900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6468705-6474022 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2429 bp · TkA04G024900|TK1151|cDNA

TTTAGGAAAAAAAGAAAAGAAAATGTGTGATGTTCCACCCGAAAGATTGCAAAAAGTTAACGTTCATAATTCATTCAAAAGCAATTTCTTTACAGCAAGACTGTAACCACTAAGCTTAAGACCCTTTAACTAATCGCAAATACCCAACTAATCATACACCATTCTTCTTCTTCATCATCATCATCATATAAACAATATAAACTAAATAAACAATGCAAAAGGCAGAGGCTTTGTGGGTTAAATCATAGCTACGTAAACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1671 bp · TkA04G024900|TK1151|CDS

ATGTCAGCAGTAAGATACGATTCAGGGAAATTTGAGGAAGAGAAGAGAAGGATCAAGGTTCGATCTTTGAAGAAAAAAGCTCTGGTTGCTTCAAGATTGTCGAACTCCCTCAAAAAACGACGCGTTTCTAATTGCCAATTTGCACACATTTCCATTGATGATGTTCGAGATGAAGAGGAAGAGAAGGCCGTTAATGCATTCCGGCAGGTGTTAATTGAGAAAGATTTGCTTCCTTATCGTCATGATGATTACCACACTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

556 aa · TkA04G024900|TK1151|PROTEIN

MSAVRYDSGKFEEEKRRIKVRSLKKKALVASRLSNSLKKRRVSNCQFAHISIDDVRDEEEEKAVNAFRQVLIEKDLLPYRHDDYHTLLRFLKARKFDLHKAVDMWAEMLNWRKEYGADSIIQEFKYEEYEEVQRYYPHGYHGVDKEGRPVYIERLGKVDPAKLMSVTTIERFLRYHVQGFEKAFSHRFPACSVSARRHINSCTTILDVHGMNWMSFGKIAHDLVMRMQKIDGDNYPETLHQMFIVNAGSGFKLLWNSAKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G024900`
TK1151 ID	TkA04G024900
OH-1004 ID	LXL04_000836
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.482 / OH-1004 91.708 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G024900

位置 Chr04:6468705-6474022 (+)

描述 Similar to SFH9: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24840`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At4g39170`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At2g21520`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At2g21540`	对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。	Identification of two phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein genes that are predominately transcribed in the flowers of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.jplph.2006.03.014
`At4g36490`	对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。	Identification of two phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein genes that are predominately transcribed in the flowers of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.jplph.2006.03.014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000836 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006656 phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008526 phosphatidylinositol transfer activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18180

ath:AT3G24840

ath:AT4G39170

ath:AT4G39180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.319

排名 1 · TkA04G024900 · TK1151

细胞膜0.178

排名 2 · TkA04G024900 · TK1151

细胞质0.174

排名 3 · TkA04G024900 · TK1151

细胞核0.131

排名 4 · TkA04G024900 · TK1151

内质网0.125

排名 5 · TkA04G024900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28528UBA_Pinta58-101 aa

PF03765CRAL_TRIO_N64-106 aa

PF00650CRAL_TRIO134-296 aa

PF13716CRAL_TRIO_2202-299 aa

PF03961FapA459-542 aa

PF03765CRAL_TRIO_N460-477 aa

PF02609Exonuc_VII_S465-481 aa

PF28528UBA_Pinta470-515 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G024900	`PF28528`	UBA_Pinta	58	101	0.00077	20.4
TkA04G024900	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	64	106	6.1e-07	30.2
TkA04G024900	`PF00650`	CRAL_TRIO	134	296	5e-31	108.3
TkA04G024900	`PF13716`	CRAL_TRIO_2	202	299	0.014	16.4
TkA04G024900	`PF03961`	FapA	459	542	0.067	13.5
TkA04G024900	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	460	477	6.1e-07	30.2
TkA04G024900	`PF02609`	Exonuc_VII_S	465	481	0.74	10.6
TkA04G024900	`PF28528`	UBA_Pinta	470	515	0.00077	20.4
TkA04G024900	`PF02609`	Exonuc_VII_S	520	538	0.74	10.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J7S8`	拟南芥	sp\|F4J7S8\|SFH9_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9	52.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4JVA6`	拟南芥	sp\|F4JVA6\|SFH6_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6	44.900%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IHJ0`	拟南芥	sp\|F4IHJ0\|SFH8_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH8	43.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93ZE9`	拟南芥	sp\|Q93ZE9\|SFH3_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3	44.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94A34`	拟南芥	sp\|Q94A34\|SFH12_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH12	45.800%	Swiss-Prot	中等置信

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