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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G023900
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6171051-6174526 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1455 bp · TkA04G023900|TK1151|cDNA

ATGAATCCATGTACGTACATTCATATTCAACGGAATTTCGACGAACAGCAAACAGAAAAGGGGGTCAAAACCAAATTACATCCGAAGATAGGGTTTGATTGCCCTTTCAACTCTGCAAAATCAACGAATTGTTTGAATATATTACGAGGAAATGAGGACGCCATGTTGCCATTCATTTGTGGCATTCATTCTCAAATGCCTCATTTTCTTCCAAACATTCCTTGGAATTTCGATCATCGTGTACTCCGCGTATATGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · TkA04G023900|TK1151|CDS

ATGAGGACGCCATGTTGCCATTCATTTGTGGCATTCATTCTCAAATGCCTCATTTTCTTCCAAACATTCCTTGGAATTTCGATCATCGTGTACTCCGCGTATATGTTGAATCAGTGGGAGAAGCACTTGCCGATTCCTCCATCTCCACCTTCTCCGTCACCACCACCTACCGATTTTGCTCCCGCCCCATCGCCGGATTCATCAGAATCTGTTTTCTCCATTTTCAACACCGGTAGGGTTTCGAATGAACTAATTCATAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

294 aa · TkA04G023900|TK1151|PROTEIN

MRTPCCHSFVAFILKCLIFFQTFLGISIIVYSAYMLNQWEKHLPIPPSPPSPSPPPTDFAPAPSPDSSESVFSIFNTGRVSNELIHMNFGAGTISDVYGEINLVSNSIPAPWFIYAFMGLGVVLCCISCIGHIAAEAINGCCLCFYTILKIVLILLEVALVAFIALDHRWEKDLPADPTGEIDSIRDFVQDNIDVCKWVGIVIIVVQVVSLLLALVLGMMASSSRKKNDDMEEGSGSESRGKAWEPLLNSNSNQAASSST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G023900
TK1151 IDTkA04G023900
OH-1004 IDLXL04_036803
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G023900
位置Chr04:6171051-6174526 (-)
描述Similar to TOM2AH2: Tetraspanin-18
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g20230 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献
At4g28770 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献
At2g20740 可能参与细胞分化的调控。 暂无已核实直接文献
At1g32400 是烟草花叶病毒有效细胞内增殖所必需的，是复制复合体的组成部分。
Arabidopsis TOBAMOVIRUS MULTIPLICATION (TOM) 2 locus encodes a transmembrane protein that interacts with TOM1.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg034
Analysis of tobamovirus multiplication in Arabidopsis thaliana mutants defective in TOM2A homologues.2008 · DOI: 10.1099/vir.0.2008/000539-0

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036803 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32400
ath:AT2G20230
ath:AT2G20740
ath:AT4G28770
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.384
排名 1 · TkA04G023900 · TK1151
细胞膜0.325
排名 2 · TkA04G023900 · TK1151
细胞质0.208
排名 3 · TkA04G023900 · TK1151
内质网0.132
排名 4 · TkA04G023900 · TK1151
高尔基体0.126
排名 5 · TkA04G023900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00335Tetraspanin4-34 aa
PF25184YxzE14-29 aa
PF13800Sigma_reg_N16-43 aa
PF10176NEDD4_Bsd224-135 aa
PF04625DEC-1_N42-80 aa
PF16101PRIMA144-67 aa
PF06237SLC52_ribofla_tr86-172 aa
PF00335Tetraspanin103-168 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G023900PF00335Tetraspanin4348.3e-0729.6
TkA04G023900PF25184YxzE14290.6611.7
TkA04G023900PF13800Sigma_reg_N16433.18.8
TkA04G023900PF10176NEDD4_Bsd2241350.08213.9
TkA04G023900PF04625DEC-1_N42800.01415.1
TkA04G023900PF16101PRIMA144673.38.2
TkA04G023900PF06237SLC52_ribofla_tr861720.819.4
TkA04G023900PF00335Tetraspanin1031688.3e-0729.6
TkA04G023900PF14023Bestrophin-like1061550.06413.5
TkA04G023900PF13800Sigma_reg_N1471653.18.8
TkA04G023900PF25184YxzE1511650.6611.7
TkA04G023900PF00335Tetraspanin1832178.3e-0729.6
TkA04G023900PF16101PRIMA11982213.38.2
TkA04G023900PF13800Sigma_reg_N1992253.18.8
TkA04G023900PF14023Bestrophin-like2012380.06413.5
TkA04G023900PF25184YxzE2022620.6611.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93XY5拟南芥sp|Q93XY5|TET18_ARATH Tetraspanin-1843.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SVU4拟南芥sp|Q9SVU4|TET20_ARATH Tetraspanin-2043.200%Swiss-Prot中等置信
Q940P5拟南芥sp|Q940P5|TET19_ARATH Tetraspanin-1943.400%Swiss-Prot低置信
Q9C5W7拟南芥sp|Q9C5W7|TOM2A_ARATH Tobamovirus multiplication protein 2A30.000%Swiss-Prot中等置信

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