TkA04G018780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G018780

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4707117-4709998 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1095 bp · TkA04G018780|TK1151|cDNA

ATGATGGCCCATCTCATAATCTCAGCACCCTGGTGGACCCACGAGAACCCTCTCCCCAATTATCTTCAAGACAGAGAAAATCAAAGAAAGATCACAACTTATCGCCGATTCGAGGCTGCGAAAACATCTGATGAAATGGTCAAAGCATTTCAAGAAATGGAAGCCATTTTGGACGAGAAGGAGCTTGGTTTAGCTTGCTTGAAAATCGGACTAAACTCGACGAAGAAGGTGAGTTTCCAGAAAAAAAGCATATATCGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · TkA04G018780|TK1151|CDS

ATGATGGCCCATCTCATAATCTCAGCACCCTGGTGGACCCACGAGAACCCTCTCCCCAATTATCTTCAAGACAGAGAAAATCAAAGAAAGATCACAACTTATCGCCGATTCGAGGCTGCGAAAACATCTGATGAAATGGTCAAAGCATTTCAAGAAATGGAAGCCATTTTGGACGAGAAGGAGCTTGGTTTAGCTTGCTTGAAAATCGGACTAAACTCGACGAAGAAGGTGAGTTTCCAGAAAAAAAGCATATATCGCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · TkA04G018780|TK1151|PROTEIN

MMAHLIISAPWWTHENPLPNYLQDRENQRKITTYRRFEAAKTSDEMVKAFQEMEAILDEKELGLACLKIGLNSTKKVSFQKKSIYRPLNFKEALPYCEKAIEIHKIQLGTNSVEVAHDRRLLEKKEKSSPLQVSEAYMEISMQYETMNEFETAILLLKKAQKILEKIPEEQHSVGSCCARIGWLLLLTGKVQESISYLEDAVERLKENFGSRHFGVGYVYNNLGAAYLELDRPQSAAQVFLLAKDIMDISLGPHHVDSIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G018780`
TK1151 ID	TkA04G018780
OH-1004 ID	LXL04_036887
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 56.319 / OH-1004 31.685 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G018780

位置 Chr04:4707117-4709998 (+)

描述 Similar to KLCR1: Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27960`	蛋白质相关动力蛋白轻链 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036887 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0060271 cilium assembly 生物过程

GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:2000095 regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005929 cilium 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27500

ath:AT3G27960

ath:AT4G10840

xla:446530

xtr:780190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · TkA04G018780 · TK1151

细胞核0.393

排名 2 · TkA04G018780 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA04G018780 · TK1151

细胞膜0.066

排名 4 · TkA04G018780 · TK1151

内质网0.053

排名 5 · TkA04G018780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18498DUF561820-58 aa

PF25058ARM_TT2138-52 aa

PF13424TPR_1289-120 aa

PF13374TPR_1089-112 aa

PF13181TPR_889-103 aa

PF07719TPR_289-103 aa

PF00515TPR_189-103 aa

PF19867DUF634089-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G018780	`PF18498`	DUF5618	20	58	0.11	13.4
TkA04G018780	`PF25058`	ARM_TT21	38	52	0.32	11.7
TkA04G018780	`PF13424`	TPR_12	89	120	2.1e-23	83.0
TkA04G018780	`PF13374`	TPR_10	89	112	4.7e-17	62.1
TkA04G018780	`PF13181`	TPR_8	89	103	1.1e-12	47.7
TkA04G018780	`PF07719`	TPR_2	89	103	5.9e-10	39.2
TkA04G018780	`PF00515`	TPR_1	89	103	1.3e-07	31.9
TkA04G018780	`PF19867`	DUF6340	89	107	0.097	13.6
TkA04G018780	`PF25058`	ARM_TT21	89	172	0.32	11.7
TkA04G018780	`PF13176`	TPR_7	90	105	8.3e-07	29.3
TkA04G018780	`PF21033`	RMD1-3	90	105	0.016	15.2
TkA04G018780	`PF21033`	RMD1-3	90	126	0.016	15.2
TkA04G018780	`PF24885`	TPR_NPHP3	92	237	0.00015	22.0
TkA04G018780	`PF13431`	TPR_17	96	104	2.6	9.2
TkA04G018780	`PF25515`	Arm_PDR	119	166	0.016	16.0
TkA04G018780	`PF18498`	DUF5618	121	167	0.11	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LII8`	拟南芥	sp\|Q9LII8\|KLCR2_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 2	25.800%	Swiss-Prot	低置信

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