TkA04G013750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G013750

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3419296-3424195 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3822 bp · TkA04G013750|TK1151|cDNA

ATGCTAGAAGGTTTTGACGTATCTGAAATAAAGTATCTTGGTGGCCTTCAAGTTGTGCTGAAGTTCAAGTCTGAAAGGGTTGCACTTAACTTCAAAGCCAATAAGAACATTTGGCTTAAGTGGTTTTCGTGGGTCGATCTGCTTGGGAAAAAATTGATTCGTTTTGAACGAATTGCTTGGTTAAAAGTAGTTGGGCTACCGTCGGCAGCCTGGGATGAATCAAACTTTGATGCCGTAGCGGGAAGATACGGGAAAGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3822 bp · TkA04G013750|TK1151|CDS

ATGCTAGAAGGTTTTGACGTATCTGAAATAAAGTATCTTGGTGGCCTTCAAGTTGTGCTGAAGTTCAAGTCTGAAAGGGTTGCACTTAACTTCAAAGCCAATAAGAACATTTGGCTTAAGTGGTTTTCGTGGGTCGATCTGCTTGGGAAAAAATTGATTCGTTTTGAACGAATTGCTTGGTTAAAAGTAGTTGGGCTACCGTCGGCAGCCTGGGATGAATCAAACTTTGATGCCGTAGCGGGAAGATACGGGAAAGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1273 aa · TkA04G013750|TK1151|PROTEIN

MLEGFDVSEIKYLGGLQVVLKFKSERVALNFKANKNIWLKWFSWVDLLGKKLIRFERIAWLKVVGLPSAAWDESNFDAVAGRYGKVLVNVNPFWNCTDLSHGKICILTAQRRKINEEVSVMIDGVPHKIGIFEIENDWMPFKPFYDDSHEESDDDEDNGDGVSDTYEKAEMEIEVEEGEYIPEMGFPAGGPARREDEKLGDDELHGACRKSPREKKSSARVCLNSPSANSKMQTHLGGNAENASACNIHEGPASPAQLGP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G013750`
TK1151 ID	TkA04G013750
OH-1004 ID	LXL04_014455
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	47.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.921 / OH-1004 79.013 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G013750

位置 Chr04:3419296-3424195 (+)

描述 Similar to Os01g0810000: Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65750`	推定的核糖核酸酶H蛋白At1g65750。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014455 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0032197 retrotransposition 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0009036 type II site-specific deoxyribonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60360

dosa:Os01g0810000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.499

排名 1 · TkA04G013750 · TK1151

细胞质0.448

排名 2 · TkA04G013750 · TK1151

细胞膜0.105

排名 3 · TkA04G013750 · TK1151

内质网0.029

排名 4 · TkA04G013750 · TK1151

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · TkA04G013750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24265DUF746652-75 aa

PF03372Exo_endo_phos431-594 aa

PF14529Exo_endo_phos_2475-597 aa

PF00078RVT_1648-679 aa

PF09304Cortex-I_coil649-695 aa

PF13966zf-RVT676-707 aa

PF24265DUF7466690-703 aa

PF00078RVT_1762-830 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G013750	`PF24265`	DUF7466	52	75	0.22	12.3
TkA04G013750	`PF03372`	Exo_endo_phos	431	594	8.2e-11	42.8
TkA04G013750	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	475	597	0.004	17.7
TkA04G013750	`PF00078`	RVT_1	648	679	0.0077	16.8
TkA04G013750	`PF09304`	Cortex-I_coil	649	695	0.39	11.7
TkA04G013750	`PF13966`	zf-RVT	676	707	1.4e-13	52.0
TkA04G013750	`PF24265`	DUF7466	690	703	0.22	12.3
TkA04G013750	`PF00078`	RVT_1	762	830	0.0077	16.8
TkA04G013750	`PF13966`	zf-RVT	1089	1169	1.4e-13	52.0
TkA04G013750	`PF27807`	DNA_S_mod_dnd_assoc_4	1176	1209	0.11	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C2F6`	拟南芥	sp\|P0C2F6\|RNHX1_ARATH Putative ribonuclease H protein At1g65750	26.900%	Swiss-Prot	低置信

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