TkA04G013470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G013470

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3353310-3354963 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1438 bp · TkA04G013470|TK1151|cDNA

TACGGATATTTTTGAACACCCCTACCACCACCTATAAATACGACCCGGATTTGTAACTCAAAAGACTTGTTGTCTCCTTCCACAAAATGGGCAGCAACTCCGTCCAACCACCACCGCAATACGCCCCCTACCGCCTCCTCAAAACCTTAACCGCCCACCAATCCGCCGTCTCCTGCGTCAAATTCTCCAACAGCGGCAAACTCCTCGCCTCCGCCTCCTTAGACAAAACCCTCATCCTCTGGAACGCCGAAAAACTAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · TkA04G013470|TK1151|CDS

ATGGGCAGCAACTCCGTCCAACCACCACCGCAATACGCCCCCTACCGCCTCCTCAAAACCTTAACCGCCCACCAATCCGCCGTCTCCTGCGTCAAATTCTCCAACAGCGGCAAACTCCTCGCCTCCGCCTCCTTAGACAAAACCCTCATCCTCTGGAACGCCGAAAAACTAACCCTAATCTCCCGCCTCGTCGGCCACACCGAAGGCGTCTCCGACCTCGCCTGGTCCTCCGACTCCCACTACATCTGCTCCGCCTCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · TkA04G013470|TK1151|PROTEIN

MGSNSVQPPPQYAPYRLLKTLTAHQSAVSCVKFSNSGKLLASASLDKTLILWNAEKLTLISRLVGHTEGVSDLAWSSDSHYICSASDDKTLRIWDARANECVKTLRGHTDFVFCVNFSVHSNLIVSGSFDETIRVWDVKTGKTNHVIRAHSLPVTSVHFNRDGSLIVSGSHDGSCKIWDTATGTCLKTLIDDKVPAVSFTKFSPNGKFILVATLDDNLKLWNYSTGKFLKMYTGHVNKKYCITPTFSVTNGKYIVSGSED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G013470`
TK1151 ID	TkA04G013470
OH-1004 ID	LXL04_013656
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 25.796 / OH-1004 24.471 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G013470

位置 Chr04:3353310-3354963 (+)

描述 Similar to WDR5A: COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02730`	类COMPASS H3K4组蛋白甲基转移酶组成部分 WDR5B。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0018022 peptidyl-lysine methylation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0045722 positive regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49660

bta:100125836

hsa:11091

mmu:140858

rno:362093

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.774

排名 1 · TkA04G013470 · TK1151

细胞质0.301

排名 2 · TkA04G013470 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA04G013470 · TK1151

线粒体0.025

排名 4 · TkA04G013470 · TK1151

溶酶体／液泡0.020

排名 5 · TkA04G013470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25178Beta-prop_WDR4113-73 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd15-178 aa

PF23756Beta-prop_HPS515-88 aa

PF31099SHKBP1_KCTD3_C15-43 aa

PF24814WD40_Prp1916-103 aa

PF20426NBCH_WD4016-60 aa

PF23798Beta-prop_SPT816-74 aa

PF00400WD4017-53 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G013470	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	13	73	5.4e-17	62.4
TkA04G013470	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	15	178	8.5e-24	84.8
TkA04G013470	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	15	88	2.6e-09	37.5
TkA04G013470	`PF31099`	SHKBP1_KCTD3_C	15	43	0.00051	19.4
TkA04G013470	`PF24814`	WD40_Prp19	16	103	2.6e-56	191.4
TkA04G013470	`PF20426`	NBCH_WD40	16	60	1.5e-22	80.7
TkA04G013470	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	16	74	2e-12	47.5
TkA04G013470	`PF00400`	WD40	17	53	1.6e-70	231.3
TkA04G013470	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	17	94	1.2e-68	232.1
TkA04G013470	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	17	98	3e-38	132.5
TkA04G013470	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	17	102	4.3e-35	121.8
TkA04G013470	`PF24796`	WDR55	17	179	6.8e-35	121.3
TkA04G013470	`PF25391`	WD40_Gbeta	17	116	4.3e-31	108.9
TkA04G013470	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	17	96	5.6e-30	105.5
TkA04G013470	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	18	76	2.6e-44	152.4
TkA04G013470	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	18	94	3.2e-35	122.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SY00`	拟南芥	sp\|Q9SY00\|WDR5B_ARATH COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5B	60.200%	Swiss-Prot	高置信

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