TkA04G012280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G012280

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3064640-3071238 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3252 bp · TkA04G012280|TK1151|cDNA

CGCCTAATATATGTTTTCTATATTTTGAGCCACGTGAAATTAGTGGCGGGAATGGAGGTCTTCCACTACCGACAAATCTACACACAGATAAGAAAAAGAGAGATCTCAGGATAACACACACACACACACCTCCACAGAAATCTGAAGATAACACACACACACACACACACACACACTTATCTTTCTGTTTGCACATCTTCTTCAACCTCTGGATCCAAAAACCCTAATGGTATCCCTCCTCCACCGTTCAATTTCATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2739 bp · TkA04G012280|TK1151|CDS

ATGGTATCCCTCCTCCACCGTTCAATTTCATTCCACACCCCATCCCATCTCCCACTCTTCACCCACCTCAACCACCACCACCACCACCATCGTACTCCCTCTCTATTAAATCTCCACCATCGTCACCCCGCCACTTCCCTCATAACCTGCATCGAGAAGAACGGCTCCTTCATCTCAAACAACAATGATCAACAGCCCCAGCGAACGCTGTTCCCCGGTGGTTACAAGCGGCCGGAAATCAAAATTCCCAATGTTGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

912 aa · TkA04G012280|TK1151|PROTEIN

MVSLLHRSISFHTPSHLPLFTHLNHHHHHHRTPSLLNLHHRHPATSLITCIEKNGSFISNNNDQQPQRTLFPGGYKRPEIKIPNVVLQLNPEDVLDDGKDVLGVVDQAVSGVVGVVVLNGGDGSGRNLYEAACLLKSVIRDRAYFLIAERVDIATAVNASGVVVSDQGLPAIVARNTIMDSKSDSVFLPLVGRNVQSLDAAMNTSTFEGADFLIYGEETIEKISVSMINQIKIPTFFTVNSNNKDKLSNDISYLLQSGAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G012280`
TK1151 ID	TkA04G012280
OH-1004 ID	LXL04_036980
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G012280

位置 Chr04:3064640-3071238 (-)

描述 Similar to FZL: Probable transmembrane GTPase FZO-like, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03160`	可能的膜重塑 GTP 酶，在类囊体和叶绿体形态的决定中发挥独特作用，并调节类囊体网络的组织。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008053 mitochondrial fusion 生物过程

GO:0009228 thiamine biosynthetic process 生物过程

GO:0009229 thiamine diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0034051 negative regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03160

cjj:CJJ81176_0436

nph:NP_4054A

npu:Npun_R6513

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.937

排名 1 · TkA04G012280 · TK1151

线粒体0.067

排名 2 · TkA04G012280 · TK1151

细胞质0.034

排名 3 · TkA04G012280 · TK1151

细胞核0.030

排名 4 · TkA04G012280 · TK1151

细胞膜0.021

排名 5 · TkA04G012280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02581TMP-TENI97-216 aa

PF00735Septin117-168 aa

PF26975DUF8308314-362 aa

PF05049IIGP330-378 aa

PF03193RsgA_GTPase352-384 aa

PF00005ABC_tran353-387 aa

PF00735Septin357-392 aa

PF00350Dynamin_N359-405 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G012280	`PF02581`	TMP-TENI	97	216	4.1e-08	33.5
TkA04G012280	`PF00735`	Septin	117	168	0.0032	17.5
TkA04G012280	`PF26975`	DUF8308	314	362	0.049	14.2
TkA04G012280	`PF05049`	IIGP	330	378	0.00083	19.3
TkA04G012280	`PF03193`	RsgA_GTPase	352	384	0.0002	21.9
TkA04G012280	`PF00005`	ABC_tran	353	387	0.17	13.2
TkA04G012280	`PF00735`	Septin	357	392	0.0032	17.5
TkA04G012280	`PF00350`	Dynamin_N	359	405	7.2e-23	82.1
TkA04G012280	`PF00009`	GTP_EFTU	359	534	2e-07	31.5
TkA04G012280	`PF02421`	FeoB_N	359	380	0.0058	16.9
TkA04G012280	`PF01926`	MMR_HSR1	360	492	1e-14	55.3
TkA04G012280	`PF00350`	Dynamin_N	411	492	7.2e-23	82.1
TkA04G012280	`PF05049`	IIGP	426	536	0.00083	19.3
TkA04G012280	`PF02421`	FeoB_N	428	497	0.0058	16.9
TkA04G012280	`PF03193`	RsgA_GTPase	438	520	0.0002	21.9
TkA04G012280	`PF00735`	Septin	457	526	0.0032	17.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1KPV0`	拟南芥	sp\|Q1KPV0\|FZL_ARATH Probable transmembrane GTPase FZO-like, chloroplastic	55.600%	Swiss-Prot	高置信

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