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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G008230
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 1978970-1982646 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1621 bp · TkA04G008230|TK1151|cDNA

GAGAGAGAGAAGGGGAGAGAGAGAGAGACATATAGAGAGAGAGGCTTTGCTACAAAGTCAAGATCCCCATCGATCGCTTGCCGGAAAATGACTAGCCCTGTTGAAGAAACGGTGGTGATCATCGTCGGCGCTGGCCCATCCGGCCTTGCCACCGCCGCATGCCTCCACCAACTCTCAATTCCATACAGAATCCTCGAAAGAGAAGACTGTATTGCGTCATTATTCAGCAAGAAATCATACAATCGGCTTCACCTCCATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · TkA04G008230|TK1151|CDS

ATGACTAGCCCTGTTGAAGAAACGGTGGTGATCATCGTCGGCGCTGGCCCATCCGGCCTTGCCACCGCCGCATGCCTCCACCAACTCTCAATTCCATACAGAATCCTCGAAAGAGAAGACTGTATTGCGTCATTATTCAGCAAGAAATCATACAATCGGCTTCACCTCCATTTAGCTAAAAAGTTCTGCCAGCTTCCTCACTTCCGTTTCCCGGATACATTTCCGACGTATGTTTCTAGAGCCGACTTCTTAAAATACTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

390 aa · TkA04G008230|TK1151|PROTEIN

MTSPVEETVVIIVGAGPSGLATAACLHQLSIPYRILEREDCIASLFSKKSYNRLHLHLAKKFCQLPHFRFPDTFPTYVSRADFLKYLDDYASHFKINPMFGNLVQFAKYDEDRKKWSLKAKKIGGGNAEDGEVRCYEGRFLVVATGETSDLFIPEVEGLSEFKGEVIHSTEYKSGDRYEKKKVLVVGAGNSGMEIALDLANHGAKTSIVVRSPIHIVSRWSVNLGLMLSKFIPPYMVDSLLVLLSWVTYGDLRKYGIQRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G008230
TK1151 IDTkA04G008230
OH-1004 IDLXL04_037045
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G008230
位置Chr04:1978970-1982646 (-)
描述Similar to YUC10: Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g48910 参与生长素生物合成。
Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053009
At5g43890 参与生长素生物合成。
Interaction of auxin and ERECTA in elaborating Arabidopsis inflorescence architecture revealed by the activation tagging of a new member of the YUCCA family putative flavin monooxygenases.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.063495
At1g04180 参与生长素生物合成。 暂无已核实直接文献
At4g28720 参与生长素生物合成。 暂无已核实直接文献
At1g04610 参与生长素生物合成。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009635 response to herbicide 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程
GO:0010600 regulation of auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能
GO:0004499 N,N-dimethylaniline monooxygenase activity 分子功能
GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04180
ath:AT1G04610
ath:AT1G48910
ath:AT4G28720
ath:AT5G43890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.358
排名 1 · TkA04G008230 · TK1151
内质网0.199
排名 2 · TkA04G008230 · TK1151
过氧化物酶体0.148
排名 3 · TkA04G008230 · TK1151
细胞核0.130
排名 4 · TkA04G008230 · TK1151
线粒体0.102
排名 5 · TkA04G008230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF028262-Hacid_dh_C5-35 aa
PF01262AlaDh_PNT_C5-38 aa
PF01488Shikimate_DH6-55 aa
PF13241NAD_binding_76-23 aa
PF07991KARI_N6-87 aa
PF16912Glu_dehyd_C6-31 aa
PF01494FAD_binding_37-39 aa
PF01946Thi47-38 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G008230PF028262-Hacid_dh_C5350.01215.7
TkA04G008230PF01262AlaDh_PNT_C5380.1612.1
TkA04G008230PF01488Shikimate_DH6550.000123.1
TkA04G008230PF13241NAD_binding_76230.02515.9
TkA04G008230PF07991KARI_N6870.1112.8
TkA04G008230PF16912Glu_dehyd_C6310.1212.5
TkA04G008230PF01494FAD_binding_37391.2e-0835.3
TkA04G008230PF01946Thi47382.6e-0627.6
TkA04G008230PF00899ThiF7260.02414.5
TkA04G008230PF00743FMO-like103673.1e-2589.3
TkA04G008230PF13434Lys_Orn_oxgnase10381e-1661.8
TkA04G008230PF07992Pyr_redox_2102131e-1661.9
TkA04G008230PF00070Pyr_redox10593.8e-1040.9
TkA04G008230PF01266DAO10401.5e-0628.7
TkA04G008230PF01134GIDA10362.2e-0524.4
TkA04G008230PF00890FAD_binding_210295.1e-0523.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FVQ0拟南芥sp|Q9FVQ0|YUC10_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA1049.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LKC0拟南芥sp|Q9LKC0|YUC5_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA548.300%Swiss-Prot中等置信
O64489拟南芥sp|O64489|YUC9_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA947.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SVU0拟南芥sp|Q9SVU0|YUC8_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA847.500%Swiss-Prot中等置信
O23024拟南芥sp|O23024|YUC3_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA346.600%Swiss-Prot中等置信

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