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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G007500
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 1802171-1810802 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1351 bp · TkA04G007500|TK1151|cDNA

GGGCCAGGTGTCTCCACACAGTTGTTTCGCACATAAAGCCAAGCAAAAACAAAGGCATAATTCGTCTTGACTTTCTCCATTAACAACATATTTTATATATACGAAGAGTGTTGATGAATACAATCCCGTTTACCTTCATCACCAACACAATAACAATTAACACAGGTCGATTCACGTCCAATAAACAATCGAATCGTCATCTGTATAATTGTATTGTTTGTCTCTTGATAGTATCGATTGAAGGTAGAAGATGAAGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · TkA04G007500|TK1151|CDS

ATGAAGTTCTGTAAGAAATACGAGGAGTACATGCAAACGCAAGATCAGAAGAGATTGCCTGGTGTAGGTTTTAAAAATCTCAAAAAAATCCTGAAGCGATGTCGTAGAAAGACGATTCATTCACAGAATTCGTTGCAATCAGATTCGTCATTGCTTCTCAATGACTCTGCAGCTGATAACACTCATGCGCCTTGCCTCCAGCCTTGCCCTGTCTGCGATGGAAGTTTCTTTCCATCCCTTATGAAGGAGATGTCGGTGGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

338 aa · TkA04G007500|TK1151|PROTEIN

MKFCKKYEEYMQTQDQKRLPGVGFKNLKKILKRCRRKTIHSQNSLQSDSSLLLNDSAADNTHAPCLQPCPVCDGSFFPSLMKEMSVVVGCFNERAQKVLDVHLATGFRKYFVWCKNKCQGNHGALIQEGKDLVGYAIINAIAMRKILKKYDKIHESKQGEAFRSQVQSMHMEILQSPWLCELIAFHINLRESKTAIKMGSELFFEGCSLIFNDEKPSLSCELSDTVKFEIDLTCSICLDTVFDAVYLSCGHIFCFMCACK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G007500
TK1151 IDTkA04G007500
OH-1004 IDLXL04_018885
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)77.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G007500
位置Chr04:1802171-1810802 (-)
描述Similar to BAH1: E3 ubiquitin-protein ligase BAH1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02860 E3 泛素蛋白连接酶，介导 E2 依赖性蛋白泛素化。
BAH1/NLA, a RING-type ubiquitin E3 ligase, regulates the accumulation of salicylic acid and immune responses to Pseudomonas syringae DC3000.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.124529

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: B8B5U8 可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。 暂无已核实直接文献
Os07g0673200 可能的E3泛素蛋白连接酶BAH1样2。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2XK56 可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。 暂无已核实直接文献
Os03g0650900 可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018885 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0009697 salicylic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0010167 response to nitrate 生物过程
GO:0010337 regulation of salicylic acid metabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0080021 response to benzoic acid 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02860
dosa:Os03g0650900
dosa:Os07g0673200
osa:4333590
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.535
排名 1 · TkA04G007500 · TK1151
细胞核0.379
排名 2 · TkA04G007500 · TK1151
细胞膜0.174
排名 3 · TkA04G007500 · TK1151
内质网0.073
排名 4 · TkA04G007500 · TK1151
溶酶体／液泡0.072
排名 5 · TkA04G007500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03105SPX25-56 aa
PF24921RING_XB3-XBAT3156-72 aa
PF00097zf-C3HC467-72 aa
PF13920zf-C3HC4_367-73 aa
PF14634zf-RING_567-73 aa
PF14835zf-RING_668-73 aa
PF13445zf-RING_UBOX69-74 aa
PF13923zf-C3HC4_269-76 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G007500PF03105SPX25563.3e-0524.8
TkA04G007500PF24921RING_XB3-XBAT3156722.1e-0731.6
TkA04G007500PF00097zf-C3HC467722.2e-0524.9
TkA04G007500PF13920zf-C3HC4_367730.0003121.2
TkA04G007500PF14634zf-RING_567730.0004220.9
TkA04G007500PF14835zf-RING_668731.39.7
TkA04G007500PF13445zf-RING_UBOX69744.6e-0524.1
TkA04G007500PF13923zf-C3HC4_269760.002618.2
TkA04G007500PF13639zf-RING_269720.004118.1
TkA04G007500PF15227zf-C3HC4_469720.005617.5
TkA04G007500PF25628Shotoku_capsid691180.2711.2
TkA04G007500PF17123zf-RING_1169778.66.9
TkA04G007500PF03105SPX1341553.3e-0524.8
TkA04G007500PF11515Cul71451780.1613.0
TkA04G007500PF17123zf-RING_111962088.66.9
TkA04G007500PF25628Shotoku_capsid2222580.2711.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRX9拟南芥sp|Q9SRX9|NLA_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase NLA61.400%Swiss-Prot高置信
B8B5U8水稻sp|B8B5U8|BAHL2_ORYSI Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 160.900%Swiss-Prot高置信
Q7XI73水稻sp|Q7XI73|BAHL2_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 260.700%Swiss-Prot高置信
A2XK56水稻sp|A2XK56|BAHL1_ORYSI Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 142.900%Swiss-Prot中等置信
Q7XZZ3水稻sp|Q7XZZ3|BAHL1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 142.900%Swiss-Prot中等置信

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