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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G609170
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 154692374-154695985 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2010 bp · TkA03G609170|TK1151|cDNA

ATGTCGGCAATGGTTTCGCAAGGCAAAATCCATCGAATCGAACTCGAAAACTTCAAATCTTACAAAGGTCACCAAGTCATCGGCCCTTTCTTTGATTTCACGGCGATCATTGGTCCCAACGGTTCTGGTAAGTCTAACCTCCTGGACGCTATAAGCTTCGTGCTCGGTGTTCGAACCAGTCAACTCAGGGGCGAGCAGTTGAAGGACTTGATTTACGCTTTTGACGACCGGGAAAGGGGACAAAGCGGTCGTAGGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2010 bp · TkA03G609170|TK1151|CDS

ATGTCGGCAATGGTTTCGCAAGGCAAAATCCATCGAATCGAACTCGAAAACTTCAAATCTTACAAAGGTCACCAAGTCATCGGCCCTTTCTTTGATTTCACGGCGATCATTGGTCCCAACGGTTCTGGTAAGTCTAACCTCCTGGACGCTATAAGCTTCGTGCTCGGTGTTCGAACCAGTCAACTCAGGGGCGAGCAGTTGAAGGACTTGATTTACGCTTTTGACGACCGGGAAAGGGGACAAAGCGGTCGTAGGGCTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

669 aa · TkA03G609170|TK1151|PROTEIN

MSAMVSQGKIHRIELENFKSYKGHQVIGPFFDFTAIIGPNGSGKSNLLDAISFVLGVRTSQLRGEQLKDLIYAFDDRERGQSGRRALVKLVYRLEDGTELLFTRTITSAGGSEYRIDNRVVNWNDYNARLKSLGILVKARNFLVFQGHVESIACKTPKELTALLEQISGSDEDKSLYKDLEEKKGAAEEKCTIAYQKKKTIIIDRKQKKVQKEVAQKHIHLQQELISLKKEHFLWQLFNVENDVEKSNKEIQAERSSLQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G609170
TK1151 IDTkA03G609170
OH-1004 IDLXL04_011654
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)96.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.701 / OH-1004 56.436
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G609170
位置Chr03:154692374-154695985 (-)
描述Similar to SMC1: Structural maintenance of chromosomes protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g54670 黏连蛋白复合物（cohesin）的核心组分；该复合物是细胞周期中染色体黏连所必需的。
Condensin and cohesin knockouts in Arabidopsis exhibit a titan seed phenotype.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01224.x
Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011654 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0007059 chromosome segregation 生物过程
GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0009314 response to radiation 生物过程
GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程
GO:0034087 establishment of mitotic sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
GO:0072423 response to DNA damage checkpoint signaling 生物过程
GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G54670
bta:282370
hsa:8243
mmu:24061
rno:63996
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.847
排名 1 · TkA03G609170 · TK1151
细胞质0.195
排名 2 · TkA03G609170 · TK1151
线粒体0.021
排名 3 · TkA03G609170 · TK1151
细胞膜0.021
排名 4 · TkA03G609170 · TK1151
细胞外0.014
排名 5 · TkA03G609170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13175AAA_159-359 aa
PF02463SMC_N10-138 aa
PF13555AAA_2911-55 aa
PF13476AAA_2312-306 aa
PF13304AAA_2133-65 aa
PF00005ABC_tran34-68 aa
PF13555AAA_29119-128 aa
PF06470SMC_hinge144-170 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G609170PF13175AAA_1593597.3e-1556.1
TkA03G609170PF02463SMC_N101387.1e-2795.0
TkA03G609170PF13555AAA_2911551e-0835.5
TkA03G609170PF13476AAA_23123062.8e-1145.2
TkA03G609170PF13304AAA_2133651.2e-0836.0
TkA03G609170PF00005ABC_tran34680.004618.3
TkA03G609170PF13555AAA_291191281e-0835.5
TkA03G609170PF06470SMC_hinge1441705e-2175.9
TkA03G609170PF30842LEKR11592250.02415.7
TkA03G609170PF24161CCDC391743681.57.3
TkA03G609170PF04513Baculo_PEP_C2072780.06514.0
TkA03G609170PF30842LEKR12083070.02415.7
TkA03G609170PF08286Spc242162320.01316.4
TkA03G609170PF28298SPG5_C2282669.27.4
TkA03G609170PF08286Spc242583050.01316.4
TkA03G609170PF13304AAA_212834051.2e-0836.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6Q1P4拟南芥sp|Q6Q1P4|SMC1_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 158.900%Swiss-Prot高置信

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