TkA03G608700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G608700

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 154575074-154577802 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1390 bp · TkA03G608700|TK1151|cDNA

GGGTGTGGCGGTAGAGTCATGTAAAGTCTAAACCATTCCTACCAGTTTTATCATGCAACTTTCGTGGCTTCTCTTCTTTTCTGTAATTGGTTTCCTTTTTCTTTTCAAACTCATTTTCGCTCTTCTCAAATGGGTTTTCATCACATTCTTCCGACCACCCAAGAACCTCAAGAACTACGGTTCATGGGCTATCATCACCGGTGCCACCGACGGCATAGGCAAAGCATTTGCCTTCCAACTAGCTCAAAAGGGTCTTCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

930 bp · TkA03G608700|TK1151|CDS

ATGCAACTTTCGTGGCTTCTCTTCTTTTCTGTAATTGGTTTCCTTTTTCTTTTCAAACTCATTTTCGCTCTTCTCAAATGGGTTTTCATCACATTCTTCCGACCACCCAAGAACCTCAAGAACTACGGTTCATGGGCTATCATCACCGGTGCCACCGACGGCATAGGCAAAGCATTTGCCTTCCAACTAGCTCAAAAGGGTCTTCACCTAATCTTGGTTAGTAGAAACATAGCCAAACTTAGAGAAGTTTCGGATGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

309 aa · TkA03G608700|TK1151|PROTEIN

MQLSWLLFFSVIGFLFLFKLIFALLKWVFITFFRPPKNLKNYGSWAIITGATDGIGKAFAFQLAQKGLHLILVSRNIAKLREVSDEIVSVYPTIKIKIFTLDFSSENVDAGVKEMQKVIYSEQLDVGVLVNNVGVTYPSARFFHEVEEEVWMNVMKVNVIGTSLVTRAVIEGMVERKRGAIVNIGSGAAIVVPSHPLYAIYAASKTYVDQLSRSLYVEYKSLGIDVQCQVPLYVSTKMASQVALVEKSSFFIPTANDYVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G608700`
TK1151 ID	TkA03G608700
OH-1004 ID	LXL04_011649
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	56.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.382 / OH-1004 93.438 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G608700

位置 Chr03:154575074-154577802 (-)

描述 Similar to KCR1: Very-long-chain 3-oxoacyl-CoA reductase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24470`	可能的还原酶，但与 KCR1 不同，没有 β-酮脂酰辅酶 A 还原酶活性。	Functional characterization of the Arabidopsis beta-ketoacyl-coenzyme A reductase candidates of the fatty acid elongase.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.137497
`At1g67730`	β-酮脂酰辅酶鞘脂、三酰甘油、角质蜡和木栓质的脂肪酸前体延长所需的还原酶。	Functional characterization of the Arabidopsis beta-ketoacyl-coenzyme A reductase candidates of the fatty acid elongase.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.137497

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011649 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程

GO:0006702 androgen biosynthetic process 生物过程

GO:0006703 estrogen biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0019367 fatty acid elongation, saturated fatty acid 生物过程

GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程

GO:0035338 long-chain fatty-acyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24470

ath:AT1G67730

cci:CC1G_02019

gga:415703

hsa:51144

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.778

排名 1 · TkA03G608700 · TK1151

细胞质0.111

排名 2 · TkA03G608700 · TK1151

细胞核0.080

排名 3 · TkA03G608700 · TK1151

高尔基体0.073

排名 4 · TkA03G608700 · TK1151

细胞膜0.067

排名 5 · TkA03G608700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short45-242 aa

PF08659KR46-214 aa

PF02719Polysacc_synt_247-176 aa

PF13561adh_short_C250-244 aa

PF13460NAD_binding_1050-86 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G608700	`PF00106`	adh_short	45	242	1.4e-40	139.6
TkA03G608700	`PF08659`	KR	46	214	1.2e-07	32.6
TkA03G608700	`PF02719`	Polysacc_synt_2	47	176	0.0052	16.7
TkA03G608700	`PF13561`	adh_short_C2	50	244	3.5e-24	86.4
TkA03G608700	`PF13460`	NAD_binding_10	50	86	0.27	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FYL6`	拟南芥	sp\|Q9FYL6\|KCR2_ARATH Very-long-chain 3-oxoacyl-CoA reductase-like protein At1g24470	60.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L9C4`	拟南芥	sp\|Q8L9C4\|KCR1_ARATH Very-long-chain 3-oxoacyl-CoA reductase 1	52.400%	Swiss-Prot	高置信

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