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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G606960
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 154156936-154160637 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

927 bp · TkA03G606960|TK1151|cDNA

TCAAGACATGATCAAAATGTATTCAGTTTTTATCCGGATTCGAATCCGTGTGAAGGATTTGAGGACGTATTGAAACGATATAGAGAGATAACTCCTCAACTTCGACTTTCAGGACCCACATCTTTTGCACCTATAATAGAAATGGCCACGACAATTGTTGAAGAAAGTGGTGGCCAATACCATGTTTTGTTGATTCTTGCGGATGGCCAGGTAACAAGAACTGGTGATAATGAGTTTGGTCAACTCAGTTCACAGGAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA03G606960|TK1151|CDS

TCAAGACATGATCAAAATGTATTCAGTTTTTATCCGGATTCGAATCCGTGTGAAGGATTTGAGGACGTATTGAAACGATATAGAGAGATAACTCCTCAACTTCGACTTTCAGGACCCACATCTTTTGCACCTATAATAGAAATGGCCACGACAATTGTTGAAGAAAGTGGTGGCCAATACCATGTTTTGTTGATTCTTGCGGATGGCCAGGTAACAAGAACTGGTGATAATGAGTTTGGTCAACTCAGTTCACAGGAACG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

259 aa · TkA03G606960|TK1151|PROTEIN

SRHDQNVFSFYPDSNPCEGFEDVLKRYREITPQLRLSGPTSFAPIIEMATTIVEESGGQYHVLLILADGQVTRTGDNEFGQLSSQERNTIDAIVKASNYPLSIILVGVGDGPWDMMEEFDDNIPSRDFDNFQFVNFTDTMSQKVDPLKKQTEFALTALMEIPSQYKTTLKLNLLGIRTGYCPNTIPLPPPYGGNLQILHPYSLTETASPSDNKMCALCLSNPKDMAFGCGHQTCCNCGLDLLSCPICQDLINTKIRLYQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G606960
TK1151 IDTkA03G606960
OH-1004 IDLXL04_011628
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)78.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 65.010
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G606960
位置Chr03:154156936-154160637 (+)
描述Similar to RGLG1: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g01650 E3 泛素蛋白连接酶，介导“Lys-63”连接泛素链的形成。
Ubiquitin lysine 63 chain forming ligases regulate apical dominance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052035
Arabidopsis RGLG2, functioning as a RING E3 ligase, interacts with AtERF53 and negatively regulates the plant drought stress response.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.189738
At5g14420 E3 泛素蛋白连接酶，介导“Lys-63”连接泛素链的形成。
Ubiquitin lysine 63 chain forming ligases regulate apical dominance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052035
Arabidopsis RGLG2, functioning as a RING E3 ligase, interacts with AtERF53 and negatively regulates the plant drought stress response.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.189738
At1g67800 与 RGLG1 一起介导目标蛋白 PP2CA 的泛素化及随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At5g63970 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。
Two novel RING-type ubiquitin ligases, RGLG3 and RGLG4, are essential for jasmonate-mediated responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.203422
Hijacking of the jasmonate pathway by the mycotoxin fumonisin B1 (FB1) to initiate programmed cell death in Arabidopsis is modulated by RGLG3 and RGLG4.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv068
The Arabidopsis Iron-Sulfur Protein GRXS17 is a Target of the Ubiquitin E3 Ligases RGLG3 and RGLG4.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw122
At1g79380 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。
Two novel RING-type ubiquitin ligases, RGLG3 and RGLG4, are essential for jasmonate-mediated responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.203422
Hijacking of the jasmonate pathway by the mycotoxin fumonisin B1 (FB1) to initiate programmed cell death in Arabidopsis is modulated by RGLG3 and RGLG4.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv068
The Arabidopsis Iron-Sulfur Protein GRXS17 is a Target of the Ubiquitin E3 Ligases RGLG3 and RGLG4.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw122

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009690 cytokinin metabolic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程
GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G01650
ath:AT5G14420
ath:AT5G63970
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.488
排名 1 · TkA03G606960 · TK1151
细胞核0.368
排名 2 · TkA03G606960 · TK1151
细胞膜0.149
排名 3 · TkA03G606960 · TK1151
溶酶体／液泡0.111
排名 4 · TkA03G606960 · TK1151
高尔基体0.082
排名 5 · TkA03G606960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07002Copine3-174 aa
PF25390WD40_RLD52-86 aa
PF13540RCC1_257-81 aa
PF10138vWA-TerF-like85-139 aa
PF13920zf-C3HC4_3212-252 aa
PF13923zf-C3HC4_2214-247 aa
PF24921RING_XB3-XBAT31214-243 aa
PF13639zf-RING_2214-248 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G606960PF07002Copine31742.3e-55188.1
TkA03G606960PF25390WD40_RLD52860.0005820.0
TkA03G606960PF13540RCC1_257810.01116.2
TkA03G606960PF10138vWA-TerF-like851390.000421.4
TkA03G606960PF13920zf-C3HC4_32122525.6e-0626.8
TkA03G606960PF13923zf-C3HC4_22142470.01415.9
TkA03G606960PF24921RING_XB3-XBAT312142431.99.3
TkA03G606960PF13639zf-RING_22142484.78.3
TkA03G606960PF00097zf-C3HC42152470.002218.5
TkA03G606960PF14447Prok-RING_42152540.511.0
TkA03G606960PF25390WD40_RLD2242390.0005820.0
TkA03G606960PF13540RCC1_22272330.01116.2
TkA03G606960PF24921RING_XB3-XBAT312432511.99.3
TkA03G606960PF13639zf-RING_22432524.78.3
TkA03G606960PF00097zf-C3HC42442540.002218.5
TkA03G606960PF13923zf-C3HC4_22442540.01415.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS90拟南芥sp|Q9SS90|RGLG1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG163.100%Swiss-Prot高置信
Q9LY87拟南芥sp|Q9LY87|RGLG2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG261.300%Swiss-Prot高置信
Q8LB88拟南芥sp|Q8LB88|RGLG5_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG560.900%Swiss-Prot高置信
Q8RX26拟南芥sp|Q8RX26|RGLG3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG356.600%Swiss-Prot高置信
Q9SAL0拟南芥sp|Q9SAL0|RGLG4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG453.900%Swiss-Prot高置信

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