TkA03G601030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G601030

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 152589021-152594403 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1948 bp · TkA03G601030|TK1151|cDNA

AGAACGCCGGTGTGGGTATAACGCTACGAGAACGCGGCTGAGGTGGAGAGCAGAACGCCGTTTTGGAGCTTGGCACACCGCGCCCGAATGCGCGTTTCCCTTCTTGGCGTTGCCTCGTGTCGCTTTTCCAACGTCGAGGAACGCGGCGTTCCTCATTTCCTTCCCTGCTCCAACGGCTATTTCTCAGTCCAACGAAAGTACAACTCACTGTACCATTCCTTGGTGGGACAACGATCCACTTCTCCGTGTCCACTAAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · TkA03G601030|TK1151|CDS

ATGAGATTTAATCCATGCCCATGCACATTGCCTATCCGATCACGACAACATGATCAAGAACATGAATTATCAGCTTCTCAAAGAATTCATGATCAATCCGATTCAAACTCTCTTTCTTCACTACCGAGTATGCCTTCAGTTGCTTCCTTAACTTCACATTCCCAACCACCATCAACCACCGCCACCCACCACTATATCACCACCTTCAAATCCCATACCTCCTCCATATTCTCTCTCGCTCTCACCGGAAAAAACCTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · TkA03G601030|TK1151|PROTEIN

MRFNPCPCTLPIRSRQHDQEHELSASQRIHDQSDSNSLSSLPSMPSVASLTSHSQPPSTTATHHYITTFKSHTSSIFSLALTGKNLLSASSDGQIRIWPRDPSSSSLSQSSPLPPIASGESSVKSMVIHGDKLFTGHQDHKIRVWKLDEKQETIKCVATLPTLNDRITKLLFAKNYIKIRRHRRCTWVHHVDAVSALALSTDGSLIYSGSWDRTFKVWRTTDYRCLESVWNAHDDAINAIAVSHDGYVYTGSADRKIKVW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G601030`
TK1151 ID	TkA03G601030
OH-1004 ID	LXL04_011546
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G601030

位置 Chr03:152589021-152594403 (+)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0031037 myosin II filament disassembly 生物过程

GO:1903013 response to differentiation-inducing factor 1 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005826 actomyosin contractile ring 细胞组分

GO:0004197 cysteine-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016905 myosin heavy chain kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:all2124

ath:AT2G26490

ddi:DDB_G0289115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.487

排名 1 · TkA03G601030 · TK1151

细胞质0.366

排名 2 · TkA03G601030 · TK1151

细胞膜0.152

排名 3 · TkA03G601030 · TK1151

内质网0.063

排名 4 · TkA03G601030 · TK1151

溶酶体／液泡0.058

排名 5 · TkA03G601030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017Beta-prop_SCAP20-310 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_16049-151 aa

PF31099SHKBP1_KCTD3_C58-98 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz60-178 aa

PF23869Beta-prop_WDR75_1st60-98 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st61-100 aa

PF24814WD40_Prp1961-129 aa

PF25175Beta-prop_WDR562-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G601030	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	20	310	3.8e-16	59.7
TkA03G601030	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	49	151	8.1e-05	22.2
TkA03G601030	`PF31099`	SHKBP1_KCTD3_C	58	98	0.062	12.6
TkA03G601030	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	60	178	1.4e-22	81.1
TkA03G601030	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	60	98	2e-13	51.1
TkA03G601030	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	61	100	4.6e-32	112.2
TkA03G601030	`PF24814`	WD40_Prp19	61	129	2e-30	106.6
TkA03G601030	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	62	173	4.9e-35	121.9
TkA03G601030	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	62	171	4.3e-31	108.8
TkA03G601030	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	62	168	8e-21	75.1
TkA03G601030	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	62	102	4.5e-12	46.7
TkA03G601030	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	62	98	2.2e-06	27.9
TkA03G601030	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	63	100	3.5e-28	99.4
TkA03G601030	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	63	105	6.6e-21	75.5
TkA03G601030	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	63	98	1.3e-05	25.3
TkA03G601030	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	63	101	0.00049	19.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	sp\|O48716\|JGB_ARATH Protein JINGUBANG	41.200%	Swiss-Prot	中等置信

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