RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G589530
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 149760934-149764281 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1682 bp · TkA03G589530|TK1151|cDNA

CTAAAAACGTCCAGACTCGAACTTACCCAAAACTAATTACTGAAAATACTCTCTTCACTTCTCAGTTCTCACCCCCCACGAGTGTCTGCAGTAGTTAAGTCATTTTGAACCCTTTTTCCTGTTTCCCTTCAAAATCATCTCTCATTTCCAAGACTGTTTCCCCCTCAATATGACGTCTCTCTTCCCCTTTTCTCTCTTTCTCTCTCTATCTTTGTACATTCGCTCCTAACACCTAGCTAGAAACAAATAAAACTACAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA03G589530|TK1151|CDS

ATGGGAATGATTTATGCGGACACTTTTGGTTCTTTATCGATCACCAATGATAATAATAGCCCTCCAAAGATCAACGATCATTTCATTTTTAGCCGCCCCCTAACTGCTTCTTCATCGTCGTCGTCACTCACAACCAATAATCAATGTTTTTCGGTTAACTTCCATGAAGATGAAGATGATGATGAGGAAGATGAAGAAGAAGAAGAACGTGTTTATTCTTTAAATAGTAACATTGATGGCCATAAATATGGAAAGGTAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

358 aa · TkA03G589530|TK1151|PROTEIN

MGMIYADTFGSLSITNDNNSPPKINDHFIFSRPLTASSSSSSLTTNNQCFSVNFHEDEDDDEEDEEEEERVYSLNSNIDGHKYGKVRACEELKTSARGHWRPAEDSKLKELVGLYGPQNWNLIAENLQGRSGKSCRLRWFNQLDPRINRRAFSEEEEERLMAAHRVYGNKWALMARLFPGRTDNAIKNHWHVIMARKYREQSNACRRRKMMMISQSQSQNQSQTFVQPPPPLPPAVTGHLPYMTGGLHQSPPFDFVSGPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G589530
TK1151 IDTkA03G589530
OH-1004 IDLXL04_011462
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G589530
位置Chr03:149760934-149764281 (+)
描述Similar to MYB105: Transcription factor MYB105
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g69560 可能的转录因子，参与边界指定、分生组织启动和维持及器官模式形成。
LATERAL ORGAN FUSION1 and LATERAL ORGAN FUSION2 function in lateral organ separation and axillary meristem formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1242/dev.031971
At1g26780 可能的转录因子，参与边界指定、分生组织启动和维持及器官模式形成。
LATERAL ORGAN FUSION1 and LATERAL ORGAN FUSION2 function in lateral organ separation and axillary meristem formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1242/dev.031971
Characterization of constricted fruit (ctf) mutant uncovers a role for AtMYB117/LOF1 in ovule and fruit development in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0018760
At5g17800 通过原生根中的细胞分裂，作为静止中心（QC）自我更新的细胞特异性局部抑制因子。
MYB56 encoding a R2R3 MYB transcription factor regulates seed size in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/jipb.12094
Regulation of plant stem cell quiescence by a brassinosteroid signaling module.2014 · DOI: 10.1016/j.devcel.2014.05.020
Identification of Arabidopsis MYB56 as a novel substrate for CRL3BPM E3 ligases.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu120
At1g73410 调节次生细胞壁 生物合成的转录因子，特别是在束间纤维和木纤维中。
A battery of transcription factors involved in the regulation of secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061325

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0274800 转录因子，在雄性生殖发育期间负责将糖从叶片分配到花药。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011462 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001935 endothelial cell proliferation 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0010199 organ boundary specification between lateral organs and the meristem 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0051782 negative regulation of cell division 生物过程
GO:0071367 cellular response to brassinosteroid stimulus 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17950
ath:AT1G26780
ath:AT1G69560
ath:AT5G17800
dosa:Os01g0274800
osa:4325181
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973
排名 1 · TkA03G589530 · TK1151
细胞质0.088
排名 2 · TkA03G589530 · TK1151
细胞膜0.027
排名 3 · TkA03G589530 · TK1151
内质网0.018
排名 4 · TkA03G589530 · TK1151
质体0.013
排名 5 · TkA03G589530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_796-135 aa
PF00249Myb_DNA-binding97-143 aa
PF13921Myb_DNA-bind_6100-160 aa
PF20222DUF6581118-143 aa
PF15963Myb_DNA-bind_7148-219 aa
PF00249Myb_DNA-binding149-191 aa
PF13921Myb_DNA-bind_6152-196 aa
PF20222DUF6581170-201 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G589530PF15963Myb_DNA-bind_7961356e-0523.5
TkA03G589530PF00249Myb_DNA-binding971431.8e-32111.9
TkA03G589530PF13921Myb_DNA-bind_61001606.1e-2381.5
TkA03G589530PF20222DUF65811181430.00616.2
TkA03G589530PF15963Myb_DNA-bind_71482196e-0523.5
TkA03G589530PF00249Myb_DNA-binding1491911.8e-32111.9
TkA03G589530PF13921Myb_DNA-bind_61521966.1e-2381.5
TkA03G589530PF20222DUF65811702010.00616.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SEZ4拟南芥sp|Q9SEZ4|MY105_ARATH Transcription factor MYB10585.300%Swiss-Prot低置信
Q9LQX5拟南芥sp|Q9LQX5|MY117_ARATH Transcription factor MYB11786.100%Swiss-Prot低置信
Q6R053拟南芥sp|Q6R053|MYB56_ARATH Transcription factor MYB5679.600%Swiss-Prot低置信
Q9FX36拟南芥sp|Q9FX36|MYB54_ARATH Transcription factor MYB5476.600%Swiss-Prot低置信
Q5NBM8水稻sp|Q5NBM8|CSA_ORYSJ Transcription factor CSA85.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看