TkA03G581070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G581070

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 147459010-147469140 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1853 bp · TkA03G581070|TK1151|cDNA

AACAATCGGAGCCGAGAAGATTTGTTAACGTTGGTGGACAAATTCAATCTCTCGTATTCGTCGATCATGTTTTCCAAGTCTTCATCGGTGGTTACGGAGATCAACGAATCAAGGTCTTCAGACGGTAATTGGTATTTAAGTGTAAATGACGCCGTCGTGGATGAAATAGAGGATCGGAGGAGGGTTTTCGCAAGACGGTGAGTGAGGTCCGAAAGAGTGGTGTGGCGGTCTACGACCACGATACGTGTATCTCCGCCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkA03G581070|TK1151|CDS

ATGAGTTTTCAGATCTTTCGGAATATATTTCAGGGGCCGCAGGGCATAGTTGAGGAAGCCGAGCTTGAATTCTACTACATCAAGTCTCATGGAAGAAAATTGGCCAGAGTTCACATGCAGGACTGGCTTATATTACTACTACTTGCCATGATTGAAATCATTCTAAACATCATCCATCCTTTCTACCGTTTCGTGGGCAAAGACATGATGACTGACCTTAAATACCCCATGAAAGATAGCACCGTCCCCTTGTGGGCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · TkA03G581070|TK1151|PROTEIN

MSFQIFRNIFQGPQGIVEEAELEFYYIKSHGRKLARVHMQDWLILLLLAMIEIILNIIHPFYRFVGKDMMTDLKYPMKDSTVPLWAVPVYAVLLPIVVFIFIYFKRRDVHDLHHAILGLLFSILITGVLTDAIKDATGRPRPDFFWRCFPDGVDSYDKWGNVVCHGDAGDIREGHKSFPSGHSSWSFAGLGFLAMYLAGKIKVFDRRGHVAKLCIVFLPLLMAALVAVSRVDDYWHHWQDVFAGGILGFTVAMFCYLQFF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G581070`
TK1151 ID	TkA03G581070
OH-1004 ID	LXL04_011294
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G581070

位置 Chr03:147459010-147469140 (+)

描述 Similar to LPP3: Putative lipid phosphate phosphatase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02600`	假定的脂质磷酸酶3，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At2g01180`	在细胞对应激的反应中发挥一般作用，可能是通过减弱磷脂酶产生的信号来实现的。	Lipid phosphate phosphatases in Arabidopsis. Regulation of the AtLPP1 gene in response to stress.2001 · DOI: 10.1074/jbc.m009726200
`At1g15080`	可能在脂质代谢中发挥一般的“管家作用”。	Lipid phosphate phosphatases in Arabidopsis. Regulation of the AtLPP1 gene in response to stress.2001 · DOI: 10.1074/jbc.m009726200 An important role of phosphatidic acid in ABA signaling during germination in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02431.x Arabidopsis thaliana lipid phosphate phosphatase 2 is involved in abscisic acid signalling in leaves.2011 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2011.01.010
`At3g18220`	可能的脂质磷酸酶4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011294 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006644 phospholipid metabolic process 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0046839 phospholipid dephosphorylation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0090279 regulation of calcium ion import 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0000810 diacylglycerol diphosphate phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15080

ath:AT2G01180

ath:AT3G02600

ath:AT3G18220

mmu:381925

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.392

排名 1 · TkA03G581070 · TK1151

溶酶体／液泡0.287

排名 2 · TkA03G581070 · TK1151

细胞质0.213

排名 3 · TkA03G581070 · TK1151

高尔基体0.163

排名 4 · TkA03G581070 · TK1151

内质网0.133

排名 5 · TkA03G581070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20990DUF2207_C6-105 aa

PF22497DUF698969-128 aa

PF03918CcmH76-107 aa

PF13515FUSC_289-126 aa

PF01569PAP297-103 aa

PF01569PAP2116-260 aa

PF13515FUSC_2182-251 aa

PF20990DUF2207_C211-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G581070	`PF20990`	DUF2207_C	6	105	1.4	9.2
TkA03G581070	`PF22497`	DUF6989	69	128	0.078	13.5
TkA03G581070	`PF03918`	CcmH	76	107	0.053	13.5
TkA03G581070	`PF13515`	FUSC_2	89	126	0.037	14.9
TkA03G581070	`PF01569`	PAP2	97	103	4.3e-32	111.3
TkA03G581070	`PF01569`	PAP2	116	260	4.3e-32	111.3
TkA03G581070	`PF13515`	FUSC_2	182	251	0.037	14.9
TkA03G581070	`PF20990`	DUF2207_C	211	262	1.4	9.2
TkA03G581070	`PF22497`	DUF6989	220	260	0.078	13.5
TkA03G581070	`PF26768`	YtrI_N	237	260	0.5	11.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LFD1`	拟南芥	sp\|Q8LFD1\|LPP3_ARATH Putative lipid phosphate phosphatase 3, chloroplastic	63.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZU49`	拟南芥	sp\|Q9ZU49\|LPP1_ARATH Lipid phosphate phosphatase 1	67.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XI60`	拟南芥	sp\|Q9XI60\|LPP2_ARATH Lipid phosphate phosphatase 2	63.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WNG6`	拟南芥	sp\|Q0WNG6\|LPP4_ARATH Probable lipid phosphate phosphatase 4	59.400%	Swiss-Prot	高置信

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